更新时间：2023-09-28 10:45
噶尔丹自康熙二十九年在乌兰木通战败后，虽曾向清廷认罪立誓，上书请降，但反叛之心并未改变。不久又在科布多（在今蒙古国西部）集合旧部，并向沙俄乞援，企图重整旗鼓，东山再起。
为防范噶尔丹再度来犯，康熙帝调整了北疆的兵力部署，加强各边境重镇的守备力量，将逃往漠南的喀尔喀蒙古分为左、中、右3路，编为37旗，与内蒙古49旗同列，并在收复漠北后加强守备。在内地与漠北之间设立蒙古驿站，在满蒙八旗兵中组建火器营，加紧训练。康熙三十三年，康熙帝诏噶尔丹参加喀尔喀会盟。噶尔丹不但拒不肯来，反而要清廷把土谢图汗及哲卜尊丹巴大喇嘛交给他处置，还遣使到内蒙古科尔沁等部，策动其背叛清朝。清廷得报，立即调集兵马，准备出师进击。
康熙三十四年九月，噶尔丹率骑兵3万，攻入喀尔喀蒙古车臣汗部，随后沿克鲁伦河（今蒙古国境内）东下，进抵巴颜乌兰（今蒙古乌兰巴托东南，克鲁伦河上游）。扬言过冬后，将借俄罗斯鸟枪兵6万，大举内犯。在这种形势下，康熙帝决定再次亲征噶尔丹。康熙三十五年二月，他下令发兵10万，分东、中、西3路进击。由黑龙江将军萨布素统兵9000组成东路军，越兴安岭，出克鲁伦河，侧击准噶尔军；由抚远大将军费扬古统兵4.6万组成西路军，由归化（呼和浩特）、宁夏越过沙漠，沿翁金河北上，切断噶尔丹退路；康熙帝自率3.4万人组成中路军，出独石口（今河北省赤城北），经克鲁伦河上游地区北上，切断噶尔丹退路，与东西两路军夹击噶尔丹军。
清康熙三十四年（1695年）十一月，康熙帝接到右卫将军费扬古于归化城（今内蒙古呼和浩特）的奏报，与文武大臣议定：于次年春天留皇太子守京师，自率京师八旗兵及火器营兵，共3.29万余人为中路，出独石口（今河北赤城北、长城隘口）北上；东路由黑龙江将军萨布素统领盛京（今沈阳）、宁古塔（今黑龙江宁安）、黑龙江（今爱珲）、科尔沁兵，共9000余人，出兴安岭沿克鲁伦河西进，堵住噶尔丹东进道路；西路命费扬古为抚远大将军，与振武将军孙思克，率军4.6万余人，分别自归化、宁夏（今银川）北上，切断敌归路，相机歼敌。三路大军约期夹攻。
康熙三十五年（1696年）二月十八日，费扬古军最先启程。二十二日，孙思克军启程。两军相约，于翁金（今蒙古海尔汗杜兰西）会师。二月三十日，康熙帝率中路军由京城启程。四月初六日，萨布素率东路军亦出发。中路、西路两军约于土喇（今蒙古乌兰巴托西南）会师，合兵进击噶尔丹；中路军进展顺利，但西路军遇到障碍。费扬古与孙思克原定于四月初九日会师于翁金，但孙思克部穿越大沙漠时，连日遇大风雨，马畜踣毙，水草益乏，兵寒且饿，以至于四月十一日，方在翁金附近之察罕和逆追上费扬古。
为加快行军速度，费扬古改变原计划，从孙思克军中挑选4000精兵随己同行，余者半留翁金守粮，半由尾后跟进；并奏报康熙帝，西路军约于四月三十日抵土喇。康熙帝遂令中路军缓行以待，以免中路过于突出，遭敌突袭；饰西路军加速前进。因噶尔丹将西路军所经之地青草尽焚，费扬古被迫绕行，以至五月四日才抵土喇。五月初八日，康熙帝率中路军抵克鲁伦河，接近噶尔丹大营。
噶尔丹得知御驾亲征，登山遥望，见大军分翼排列，营垒遍野，如从天而降，遂尽弃帐房、器械等逃去。康熙帝命内大臣马思喀为平北大将军，领兵追击数日，噶尔丹仓皇遁至特勒尔济口。抚远大将军费扬古正率西路军北进，得报噶尔丹踪迹，即令署前锋统领硕岱等且战且退，将噶尔丹诱至昭莫多，昭莫多北依肯特岭，东峙丘陵，西临河水。十三日，费扬古分兵4队：东翼为京城及西安八旗兵、察哈尔蒙古兵，屯营高处；西翼为大同总兵康调元所率绿旗兵及右卫八旗兵、喀尔喀蒙古兵，沿河布阵；将军孙思克率绿旗官兵居中占领山头，大将军费扬古统军列后。遵照康熙帝预授之策，清军一律下马步战，待令再行冲锋。
布阵方毕，噶尔丹率2000余骑已被诱至阵前，指挥所部下马拒战，集中兵力猛攻山头。噶尔丹及其妻阿努亦冒矢舍骑而战。孙思克命所部坚守阵地，用火器、弓箭猛烈还击。自中午至黄昏，双方难分胜负。阵中宁夏总兵殷化行建议；出两路奇兵，分别进攻准军侧后，加之正面合击，必胜。这一建议被费扬古采纳。费扬古命沿河伏骑，一横冲入阵，一袭其后辎重，山上孙思克军亦奋呼夹击。噶尔丹军立即大乱阵脚，噶尔丹夺路先逃，余众瓦解。费扬古鸣角号令上马追击，清军分路追至特勒尔济口，在月下追杀30余里。
此战，清军斩首2000余级，生擒百余人，噶尔丹仅率数骑逃脱，其妻阿努中枪死。从此，噶尔丹一蹶不振，无力发动分裂战争。昭莫多之战后，康熙帝率中路清军返京，命费扬古驻守科图（今内蒙古苏尼特左旗北）。
清军取胜的成功之处：一是出兵迅速，攻其不备。噶尔丹自乌兰木通战败，自知不敌清军。于是，再度兴兵叛乱时，只在漠北掳民占地，不复南下。自恃有大漠这道天然屏障，清军对他也无可奈何。针对噶尔丹的自负心理，康熙帝决定亲率三路大军征伐。噶尔丹没想到清军真的会长途跋涉越过大漠来攻，更没想到康熙帝会率军亲征，思想和物质上都没有做好准备，只得仓皇而逃，出征收到了出其不意的效果。
二是巧妙部署，出奇制胜。康熙帝知叛军士兵多来自草原部落，能征惯战，有一定战斗力；而且机动速度快，很难围歼。为此，制定出3路大军进行围剿的计划。当东、西两路清军未能及时赶到，中路清军首先近敌时，康熙帝又以兵分两路夹击的部署吓退叛军。同时命西路军火速赶到叛军西逃必经之地昭莫多，利用山势和密林巧布伏兵，终于一举歼敌。
三是后勤保障充分。中路清军为越过大漠，由数千辆大车组成了庞大的后勤运输部队。这支部队组织严密，又有专门的军队保卫，而且备有大量的铺路材料，因而能顺利地通过数百里大沙漠，较好地保障中路清军所需粮秣，同时为西路清军提供支援。这对于长途远征消灭噶尔丹叛军，起了非常重要的作用。
噶尔丹军的主要失误：一是过于自信，战备不足。噶尔丹自以为有数百里大漠的天险可依，清朝大军难于通过，康熙不会冒险出征，因此，没有进行任何作战准备。当清军突然出现在附近时，只能选择逃跑这条出路。二是审势不够，贸然追击，以致中伏被歼。噶尔丹摆脱中路清军追击后，又遇到西路清军400骑兵，未作详尽侦察和分析，即认为这不过是少量偏师，不堪一击，于是穷追不舍，结果误入清军伏击圈。三是家眷和辎重携带过多，行动不便，且容易遭受攻击。昭莫多之战就是由于后军首先溃乱导致全军失利的。