药王庙大殿是一座元代木结构建筑，坐北朝南，殿身为长方形，台基平面也呈长方形，月台前有古柏一株，相传为药王孙思邈所植。大殿面阔三间约8.54米，进深四架椽约6.44米，殿内用青方砖铺地。整体为单檐悬山式建筑，灰瓦覆顶。正脊覆以琉璃盖瓦，中有琉璃宝瓶，脊瓦浮雕龙凤图案，出檐深远，施以龙头鸱吻。瓦当为龙纹瓦当，滴水亦为龙、凤、莲花图案。大殿前檐明间设板门，门楣正面有四枚门簪，中间两枚正面为八角形，两侧为柿蒂形，两次间设有棂窗。

药王庙大殿门两侧悬挂着斑驳脱落的对联：“道合古今隐圣显凡龙虎伏，德配天地仙风道骨鬼神钦”。

药王庙大殿内供奉着孙思邈初来山阳行医，三十出头时的塑像，天庭饱满，胡须飞扬。塑像后墙顶端悬挂着匾额“妙应真人”。妙应真人是孙思邈的别称，孙思邈又称孙真人。

透灵碑又称“地天泰”碑。碑高1.23米，宽0.62米，厚0.266米，上下排列有通透方孔、圆孔各一，方孔长宽均为7.6厘米，圆孔直径8厘米。碑面中间有一白描绣像，头后有一圆环，应是虚拟的背光，人物身躯微侧，身穿铠甲，手持利器，赤脚立于莲花台上。碑刻四周阴刻缠枝花纹，碑侧及碑阴为原石。透灵碑皲裂崩缝，缺角少棱，残缺不全。

关于透灵碑有一副对联：一石无言，显五行八卦万物祥瑞气象；两孔有灵，融天地阴阳乾坤和谐情结。

透灵碑隐含了《易经·泰卦》的含义：方孔象征大地、坤、女、阴，阴柔向下而居于上；圆孔象征苍天、乾、男、阳，阳刚向上而居于下，人则立于天地之间，承天覆地。所以碑面形成天、地、人“三才”的景象，暗示通灵吉祥，国泰民安。正如孙思邈《千金要方·序》开头就写道：“夫清浊剖判，上下攸分，三才肇基，五行俶落，万物淳朴，无得而称”。

“千头柏”在透灵碑北面，独木成林，相传孙思邈在此居住行医时亲手种植此树。千头柏为普通侧柏，树干仅1米高，3人合抱不住。树干上叉出数枝分枝昂扬向上，故称“千头柏”。千头柏落下的柏籽，已长出数棵柏树。千头柏只有一头长着枝叶，其它枝头都已枯死。树干上悬挂着焦作市园林局和山阳区政府制作的“古树名木”保护牌。

汉代李贵作村建有庙宇，年久损毁。隋文帝年间，在其遗址上建天仙庙。唐高祖武德二年，孙思邈从家乡陕西耀县到此行医，在天仙庙后结草为庐，挖井取水，种植千头柏，炮制草药，治病救人，往返于太行山与王屋山之间。孙思邈自32岁始，长期居住在天仙庙，长达26年，完成了《千金要方》《千金翼方》等书籍初稿。

唐代昭惠王李建臣，常往返于太原至封地楚境内，经常路过此庙，昭惠王就把天仙庙作为行宫，经常和孙思邈攀谈交往，感情深厚。在孙思邈隐居之后，昭惠王怀着对孙思邈的思念和仰慕之情，把天仙庙作为正式行宫，以孙思邈草庐为中心实施扩建。扩修了庙宇，加固了药王井，把孙思邈种的药草园扩建为行宫花园。由于孙思邈在朝野的影响和他为皇室诊病的功绩，唐贞观年间，朝廷在庙内立下了象征国泰民安的“地天泰碑”即“透灵碑”，以示对孙思邈的崇敬和对时政安稳的见证。孙思邈是唐代昭惠王的救命恩人，孙思邈的“药王”也是在天仙庙被昭惠王戏封，后受到了唐太宗的认可。为纪念这位伟大的药王，宋代改昭惠王行宫为药王庙，并加封“妙应真人敕建药王庙”。

2005年，焦作李贵作药王庙被批准为河南省“药王孙思邈国际中医药文化苑”景点。

2013年，药王庙被批准为“河南省中医药文化宣传教育基地”。

药王庙内空地上，种植板蓝根、辛夷、金银花、菊花等中草药和杜仲树、茱萸树、杏树等药材树。药王庙逐渐成为人们养生、治病、旅游、观光的乐园。

药王庙后院有国医馆。国医馆内“中国历代名医圣像展览”以烙画的形式记载了扁鹊、华佗、张仲景、葛洪、皇甫谧等中国历代名医的事迹。烙画的文字清晰，人像真实庄严，既记载了名家的创举时代，又详细论证了医学的辉煌成就，具有很高的艺术成分。

新建成的药王文化展览馆，建筑呈八卦形，外墙刻有“孙真人摄养枕中方”。展览馆内的墙壁上，绘制了反映药王孙思邈成长历程、学术思想及行医救困事迹的壁画，馆内的玻璃展柜内放置了历代医学典籍及中草药标本。

1995年，在当地文物部门、宗教管理部门及道教协会的推动下，在庙内辟地重建了灵霄殿，开放了宗教活动，药王庙因而成为豫北地区道教活动中心。药王庙主持为贺宗定，曾任焦作市道教协会会长、焦作市政协常委、河南省道教协会常务副会长、河南省老子学会常务理事、中国道协常务理事等职。

2005年至2008年，药王庙先后重建了无极殿、三皇殿、慈航宫等宗教建筑。正在建设占地1300平米的中医药文化展示中心，筹划成立“道医理疗院”。药王庙成为一座儒、佛、道三教合一的活动场所。

药王庙大殿的时代蝉联了宋、金、元、明、清等多个重要时代，且能够展现文物古迹自身的发展变化脉络，文化内涵较为完整。

药王庙大殿，殿内柱全部减去，是早期建筑盛行的做法。铺作用材较大，结构简练，做法古朴，保留着较多早期木构建筑的特征证。其中壁内仅施泥道栱一层，其上以层层栱木相叠，枋木之间置散斗，枋正面仅刻出栱的式样和驼峰、馒头状昂嘴等做法，均为金代以前木构建筑所习用，壁内施单栱、柱头枋正面隐刻出驼峰式的作法在河南木构建筑中属首例，殿后檐铺作使用插昂的作法在河南少见，为第二例，具有较高科学价值。

2000年9月，药王庙被公布为河南省文物保护单位。

2013年3月5日，药王庙大殿被中华人民共和国国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。

2014年3月2日，焦作市举行全国重点文物保护单位药王庙大殿保护标志碑揭碑仪式，完善文物保护单位“四有”工作。

2017年，焦作市文物局完成了药王庙大殿安全防范工程和安全预警智能监控系统项目招标，以提高文物保护的含金量及文物预防性保护能力和水平。

2019年，山阳区文旅居编制药王庙防雷消防设施等项目方案，争取项目资金。

2019年12月20日上午，山阳区文广旅局联合区消防大队在该辖区国家级文物保护单位药王庙大殿外，组织开展全区文物保护单位消防安全和实际操作应急演练，以增强“预防为主、防消结合”的消防安全意识和提高文物保护单位消防安全的业务水平。

药王庙大殿位于河南省焦作市山阳区中星街道李贵作村。

焦作市内乘坐3路、3路峪河口支线、Z3路旅游专线到百间房站，步行1.4千米。