普陀区疾病预防控制中心是实施区政府疾病预防控制职能的公共卫生核心专业机构，在区卫生局领导下和上海市疾控中心业务指导下，组织实施全区防病工作的技术保障部门。集疾病预防与控制、监测检验与评价、综合防治与健康促进为一体，加强对辖区内疾病预防的技术决策、信息综合、防治技术实施过程的工作监督、应用研究和预防服务等功能。

普陀区疾病预防控制中心设置了办公室、综合业务办、人事保卫科、质量管理科、行政科以及财务科等6个职能科室以及传染病控制科、性艾病防制科、免疫规划管理科、消毒与病媒控制科、卫生信息科、慢性非传染性疾病防制科、健康教育与促进科、环境卫生科、职业卫生科、检验科等10个业务科室。