智利国家图书馆建于1813年。在它诞生前的300多年殖民统治时期，尤其是在早期，智利“没有图书，也没有学校，纸张奇缺”。西班牙殖民者害怕殖民地居民有了文化，“社会道德堕落”，不准出版和进口书籍。只有教会有小部分藏书，主要是神学方面著作，专供神职人员阅读。直到独立运动前夕，才渐渐有些有学问的土生白人，不顾教会的禁令，借旅欧之机把少量书籍偷运送来，秘密传用，有的还建立了私用的小图书室。早期独立思想的倡导者何塞·安东尼奥·罗哈斯同两个法国人建立的小图书室就是其中之一。这是智利出现的最早的不同于教会的藏书。教会藏书在殖民后期也日趋增多。1767年耶稣会被驱逐之时，它们拥有藏书达2万册，其中除神学著作外.还有不少有关哲学、法律、历史和文学的书籍。

19世纪初在席卷拉丁美洲的独立运动高潮中，自由人民迈出的第一步即是成立规模巨大的图书馆。筹备工作由“洪达”委员会成员堂·胡安·埃加尼亚为首的一个名人委员会负责。经过一番精心筹划组织，1813年8月19日，智利国家图书馆正式宣告成立。馆址设在皇家海关大楼。1812年2月新政府刚刚通过一名叫马特奥·阿纳尔多·霍维尔的美国商人弄到一部印刷机，忙于印刷政府文件和报纸，远不能出版图书。同西班牙的关系中断又无法从国外购书。所以，建馆初期藏书不多只有5000册，主要来自卡洛斯三世国王时期被征收的耶稣会藏书，其次是一部分有名望的市民为响应政府号召提供的捐赠。藏书中大部分是拉丁文的神学和法学著作，古典著作和西班牙文图书不多。这所图书馆开办仅一年，由于西班牙军队卷土重来，复辟了血腥的殖民统治，1814年便被迫关闭。藏书亦损失不少。