具国际影响力的Wilson and Reeder《世界哺乳动物物种》（2005）新分类系统中，中国分布的鼹形鼠科竹鼠亚科为2属4种，中国汪松等《中国物种红色名录》（2004）、郑智民（马勇）等《啮齿动物学》（2012）皆采此说，潘清华与王应祥等（2007）则将原中华竹鼠云南亚种订正为暗褐竹鼠Rhizomys vestitus，列为独立物种。

一般认为中华竹鼠云南亚种（滇缅亚种）R.s.wradi Thomas,1921—分布于云南哀牢山以西地区，并见于缅甸北部，身体大小似四川亚种，但毛色较为深暗，呈暗褐灰色。

姜凤梧等《中国药用动物志》（1983）及王应祥（2003）将上述云南亚种列作独立物种——暗褐竹鼠，分布区记为“云南西部和贵州东北部”或“云南西部（怒江以西、以东）”。但王应祥（2003）同时又称，中华竹鼠第4亚种为滇西亚种R.s.pediculus Wang,2002，分布于云南西（腾冲）、北（丽江）部。