“暗部组织”属于学园都市上层所管理的机密组织，大部分被统括理事会直接掌控，部分直属于理事长亚雷斯塔·克劳利。

数据库有记载的至少五个，为各自目的而行动，其职责是维持学园都市内部的安定和执行“无法向光明表达的事”，包括暗杀、灭口、对抗外来威胁、研究黑科技、服务统括理事，暴力维和(包括武装镇压学生和反恐)和消除资料等，暗部成员所执行的绝大部分都是“黑暗”而“残酷”的恶行。

每个组织主要成员一般有四人，在四人的背后有着庞大的人员支持，如后勤保障、隐灭证据等等。一般暗部成员被杀后尸体会迅速焚烧消除痕迹。

此外许多统括理事为自身安全和其他目的也有个人组建的暗部，如药味久子理事的恋查，潮岸理事的杉谷，美浓部班和亡本理事的法式大餐