在吸血族离开萌学园之后，暗黑大帝逐渐谋划夺回属于自己的暗黑灵石，先是利用被暗黑咒印控制的Dr.维多利亚从乌克娜娜体内抽取走了冥月顽石，然后命令卧底在夸克族长老会的司徒朗盗走了黑磁石，但是由于里奥纳多·皮卡啾大长老在黑磁石中加入了已经牺牲的奈亚公主乔琪的悲伤之泪，导致黑磁石的暗黑能量受到巨大影响，暗黑大帝因此失去了左眼的视力。后来轮回血石被拍卖背包客B卡索从精灵王国处盗走，带入萌学园，巧合之下被桂恭仔得到，在轮回血石和黑女巫kiki的引诱下，桂恭仔进入地下水道寻找暗黑大帝，遭到暗黑族的攻击，轮回血石也因此回到暗黑大帝手中。之后，萌学园为了找出真正的智之星，举办了魔法大力士比赛，时任智之星哈利波波打开木兰花花的家传信物的盒子让海地司现身后，暗黑大帝派遣暗黑族军团大举进攻萌学园，抢夺海地司，但是最终被萌骑士团击退，地下水道被萌骑士五星的五芒星阵封印。

时空裂缝的封印入口被海地司打破后，暗黑大帝集结四颗暗黑灵石的力量幻化出秘形之身，曾经一度造成大量萌学园的学生感染弯魔兔魔病毒。无言被逮捕后，暗黑大帝使用暗黑气息将秘形之身回收。

在阴森女公爵逼迫萌骑士团打开地下水道之后，暗黑大帝从地下水道中逃脱出来，欺骗阴森女公爵与其合二为一，将自己的形体重新召唤了出来，并逃离了萌学园，回到属于暗黑族的领地暗黑国度，还顺便抓走了奈亚公主帝蒂娜和无言。但是阴森女公爵被吸收之前将海地司交给了无言，无言又把海地司投给了焰王，暗黑大帝一直没能拿到海地司。

为了取回海地司，暗黑大帝亲自假装成浩瀚银河爵士进入萌学园，趁机寻找海地司的下落。海地司被取出后，暗黑大帝接收到海地司传出的讯息，赶到萌学园，趁夸克族攻打暗黑巢穴、萌学园防备空虚之际，夺走了海地司，成功集齐了五颗暗黑灵石。但是同时，暗黑巢穴也被夸克族人打破，奈亚公主帝蒂娜被救走，暗黑大帝赶回暗黑巢穴之后，和肯豆基大长老率领的老兵军团比拼一番，能量遭到极大的耗损，被迫缓慢地进行恢复。

为了彻底消灭萌学园，暗黑大帝使恢复能量的轮回血石和塔塔鲁石的形体分身阴森女公爵和唤魂魔王再次现形，派遣他们前去夺取索雷伊圣剑和无极能量药水。阴森女公爵成功地夺得无极能量药水，因为无极能量药水中含有奈亚公主的喜悦之泪和萌骑士五星的能量，暗黑大帝将其吞噬后不仅修复了黑磁石，而且迅速地恢复了能量。

时空战役里，萌骑士与奈亚公主将暗黑大帝引诱到时空裂缝中，牺牲全部能量注入索雷伊圣剑中。最终邪不胜正，暗黑大帝被终极索雷伊圣剑贯穿消灭。

暗黑大帝被消灭以后，暗黑族的行动也一度陷入了沉寂。

极光之地一战中，达诺长老和毕程所愿同归于尽，产生的巨大辐能爆炸复活了暗黑大帝的形体分身阴森女公爵，暗黑大帝的五颗暗黑灵石也全都落入她的手中。

暗黑族为了复活暗黑大帝，试图借助复活石的力量，但是暗黑大帝的能量组成来源是五颗暗黑灵石，而被阴森女王带走的五颗暗黑灵石在异界对决之后已经被萌骑士五星净化，暗黑族只能借助萌骑士五星的能量来复活暗黑大帝。

在萌学园地下水道残留的暗黑族人成功地收集完五个萌骑士的能量后，加之诅咒石的暗黑能量，在陶喜儿的极冰能量的融合下，暗黑大帝成功复活，但需要一天一夜才能完全恢复能量和形体。

后来为了尽早消灭萌学园，暗黑大帝附身在了暗黑武士身上，对萌骑士五星发动攻击。重新成为奈亚公主的帝蒂娜带着终极索雷伊圣剑降临在萌学园。由于帕滑落地和大甜甜成功地将复活石和诅咒石分离，尚未完全复活的暗黑大帝承受不住萌骑士五星与奈亚公主结合的索雷伊圣剑之力，彻底灰飞烟灭，奈亚公主帝蒂娜则因暗黑大帝的能量不完全而没有牺牲。

暗黑灵石共有五颗，蕴含着邪恶的暗黑力量，由暗黑大帝创造，是暗黑大帝的能量根源。暗黑灵石具有独立的形体，可以幻化为暗黑大帝的分身。五颗暗黑灵石是与萌骑士五星相对应的邪恶力量，因此能够和萌骑士能量进行合力。异界对决之后，五颗暗黑灵石随着阴森女公爵一起被萌骑士团净化。

暗黑大帝被消灭、五颗暗黑灵石被净化之后，能让暗黑大帝再次复活的能量就只有吸收了萌骑士五星能量的复活石和诅咒石。复活石与诅咒石是非常邪恶、非常强大的灵石，当两者结合并启动后，暗黑大帝只需一天一夜就可以完全复活。