嘉靖三十年（公元1551年）七月，曹亨因奔父丧归里。三年孝满，念母老且病，申请终养，经批准在家服侍老母，不离左右，孝敬备至。嘉靖四十年（公元1561年），母亲去世，他悲痛欲绝。嘉靖四十三年（公元1564年），出任湖广参政，旋升副都御史、巡抚真定?治今河北省正定县。嘉靖四十五年（公元1566年）十二月，皇帝驾崩，山西边境一游牧民族首领俺答乘机侵大同，迫近太原，山西告警。曹亨披甲策马赴敌，立于风雪中。守边大将迟迟后至，对曹亨的勇敢非常惊奇。曹亨愤然说：“我年虽六十，率十数勇士，可挡一面。我以死拒敌，你能保全自己吗？”于是共同奋击，大破敌人于龙泉关下。

隆庆元年（公元1567年），升曹亨为兵部右侍郎，协理军政。以前京军惰慢，纪律涣散，曹亨到任后严加整顿，大有起色。皇帝亲自检阅，大加赞赏，赐给他绯鱼服，并且赐膳。曹亨的举动，虽有利于国家，但却触犯了权贵的利益，不久就被贬为南京都察院右都御史，顷升南京工部尚书。曹亨到任后，大刀阔斧裁减冗员，压缩开支，革除许多弊端。当他发现很多权宦冒领巨金，就请求革除，奈何朝廷不允许。他虽然办了不少利国利民的事，但却得罪了权贵，自觉难以善终，遂要求离职归养，获准后返乡。