顺治十四年（1657）九月，曹任顺天乡试主考官，呈《顺天乡试录序》。复奉命纂修《历代通鉴》。顺治每阅荐卷，多命其品评等第，决断去取。被取之人知其情往谢，则拒之不见，其不知者，亦未尝与人言。同年十月，任经筵讲官。十一月，因对同考官不法之事失察，降五级。次年十月，官复原职。十一月，顺治帝命曹与傅以渐同撰《易经通注》，上《进易经表》，阐述其修纂宗旨，后终成书九卷，该著广采众说，折衷诸论，词简意明，一时被学者为说《易》之圭臬。

曹氏学行颇得顺治青睐，曾称赞他说：“自得无欲，汝足当之矣。”曹还为传学而重视教士，其门人多有成就。在他病危时，仍以穷理尽性之学教诲守候在身旁的计东等诸弟子说：“当知此道极简易，勿过求之苦且难。”其学传至江苏、福建，颇有影响。当时著名理学家如孙奇逢、魏裔介、熊赐履、胡此庵、魏象枢等均与曹本荣过从甚密。

顺治十八年（1661）曹迁翰林院侍读学士，旋改国史院侍读学士。因多病，于清康熙三年乞归。同年十二月二十二日（1665年2月6日）舟次扬州，不幸因病去世，年仅四十四岁。所遗除书籍外，别无长物。对曹氏盛年早逝，学者无不惋惜，孙奇逢说：“商周之际，道在箕子；宋元之际，道在许子（衡）；明清之际，道在曹子。”高度赞扬了曹本荣在学术界的影响及其刻苦自励的精神。学者称文靖先生。

曹本荣居官清廉，其家素贫，虽在宫廷任“日讲官”三年，其家居北京时无宅第，故赁居黄冈会馆，四壁颓堕，不避风雨，甘于穷困，怡然自得。曾言“吾将以为学也。学贵淡泊明志，使吾学粗有成，得致吾君于尧舜，饥困非所惜也”。然遇人危难，则慷慨解囊。

汉阳谭风祯卒于京，贫不能殓，曹即为之治丧；并出金雇妪为之抚婴，视如己子。蔚州魏环极（象枢）作《古人交行》以纪之。清史有传。

生平著有《易经通注》9卷、《奏议稽询》44卷、《五大儒语要》、《周张精义》、《王罗择编》、《古文辑略》、《居学录》2卷、《崇正堂冬至日会说》1卷。

“诚宜开张圣听，修德勤学，举《四书》、《五经》及通鉴中有裨身心要务治平大道者，内则深宫燕闲，朝夕讨论，外则经筵进讲，敷对周详。君德既修，祈天永命，必基於此。”有诏嘉纳。

本荣之学，从阳明致知之说，故论次五大儒，以程、朱、薛与陆、王并行。既告归，宦橐萧然，晏如也。疾革，门生计东在侧，犹教以穷理尽性之学。卒之日，容城孙奇逢痛惜之。子宜溥，由荫生荐举博学鸿儒，试，授检讨。

2021年12月，武汉市新洲区徐古街克昌湾村一村民家中，发现两道顺治年间的圣旨。两道圣旨是清代顺治八年（1651年），顺治皇帝颁发给时任内翰林秘书院编修曹本荣的圣旨原件，超过370年历史。

两道圣旨已经泛黄且有破损，但大体保存完好。残存圣旨长120厘米，宽31厘米，材料为丝织品，左右两边分别用汉文和满文两种文字书写，中间盖有皇帝的玉玺，可见“敕命之宝”四个汉字。圣旨正文，汉文部分以端庄小楷书写，字体工整秀丽，行文简洁流畅。根据圣旨内容，可以推断该圣旨为两道敕命，一道是敕封曹本荣为文林郎、其妻李氏为孺人，另一道是敕封曹本荣的父亲和母亲的。

圣旨发于顺治八年，也就是顺治皇帝亲政的那一年，这是曹本荣中了二甲进士，到翰林院任职的圣旨，按照明清的规制，像这样官员的封赠，一道圣旨颁给他本人和夫人，同时还有一道圣旨给他的父亲和母亲，所以是两道圣旨。

圣旨反映了清代的推恩封赠制度。文林郎是清代正七品文官所授的散官名。曹本荣品行端正，办事认真，受到了朝廷的封赏，按照当时的制度，也要同时奖励他的父亲、母亲、妻子。圣旨封赠曹本荣、曹父为文林郎；曹母、曹妻为孺人。这种“爱屋及乌”的奖赏制度，在当时被称为“推恩封赠”。

该圣旨真实记录了中国封建社会的推恩制度，对于研究清前期社会文化具有很高的史料参考价值。