1932年，初调至瑞金，协助毛泽民筹建中华苏维埃共和国国家银行，建立国家总金库，整顿税收，统一财政等。3月国家银行正式营业，先后担任会计科科长、稽核处处长、国库处处长、业务处处长，以及党小组长、党支部干事、党支部书记；

1933年，曾任银行学校主任教员；

1934年，10月编入军委直属纵队，随中央红军长征。

1935年，11月担任中华苏维埃共和国国家银行西北分行副行长，兼任西北办事处财政部会计科科长。主持举办两期银行干部训练班。

1937年，10月任陕甘宁边区财政厅厅长、银行行长（至1941年3月）；

1938年，12月任中共中央财政经济部副部长；

1939年，1月起担任中共中央财政经济委员会副主任，中共中央生产运动委员会委员。同月在陕甘宁边区第一届参议会上，当选为陕甘宁边区政府委员。同月任陕甘宁边区财政厅代理厅长；

1940年10月至1941年9月，任陕甘宁边区建设厅副厅长；

1942年，4月进中共中央党校学习。同年10月后任边区银行工作检查委员会副主任；

1944年5月任西北财经办事处秘书长，协助副主任陈云领导边区银行工作。建立健全财经制度，通过重重封锁从敌占区购进急需物资，克服边区经济困难，培养金融工作干部等。其工作曾得到毛泽东的肯定和表扬；

1945年4月至6月作为陕甘宁边区代表团成员出席中共七大。解放战争时期奉命赴东北。途中因交通阻滞，就地参加晋察冀边区银行冀热辽分行筹建工作；

1946年2月分行成立时被任命为经理。6月对筹建热河省银行提出建议。8月辗转赴东北哈尔滨。同年9月至1949年7月任东北银行总经理；

1947年4月任东北行政委员会总会计局局长；

1948年10月至1949年9月，任中共中央东北局财政经济委员会委员、东北行政委员会财政经济委员会委员、东北财委秘书长（至1949年8月）。具体筹划东北地区金融事业的发展，促进统一全国财政金融，统一货币发行。中华人民共和国成立后，历任政务院财经委员会委员、副秘书长；

1950年之后

1953年9月至1954年9月，任中国人民银行副行长；

1954年11月至1964年10月，任中国人民银行行长；

1955年1月至1964年10月，兼任中国人民银行党组书记。致力于发展国家金融事业，建立独立的、统一的稳定的货币制度和社会主义金融体系；

1955年具体主持全国新人民币的发行工作，保证货币的正常流通和币值的长期稳定；

1965年1月至“文化大革命”初期、1977年12月至1978年2月，任中国人民政治协商会议第四届全国委员会常务委员；

1978年3月当选为第五届全国人大代表。中国共产党第八次全国代表大会代表；

1981年1月6日因病在北京逝世。主要文稿收入《曹菊如文稿》。

1930年11月7日，闽西工农银行正式成立，曹菊如任会计科科长。当时没有办银行的经验，也没有银行的规章制度，他们采用的是中式账簿和旧的记账方法。后来部队从豪绅家得到一本银行簿记讲义，曹菊如就把一张复杂的记账表画下来，进行研究。后来，毛泽民托人从广东买来一本《银行簿记实践》，他们才初步懂得了现代银行的一些制度和记账方法。

1932年初，曹菊如调瑞金中华苏维埃共和国国家银行任业务处长，就是用的闽西工农银行的这套制度。闽西工农银行是苏区成立较早的银行之一，后来又成为国家银行的分行，所以说闽西工农银行为国家银行做了准备。中式账簿旧的记账方法，是革命根据地银行会计的始祖，曹菊如则当之无愧地成为革命金融事业的奠基人之一。

曹菊如同志为发展我国的金融事业，建立独立的、统一的、稳定的货币制度和社会主义金融体系所做出的历史功绩是不可磨灭的。他是我国金融战线上富有实践经验的、具有求实精神的优秀领导干部。他把毕生精力献给了党的金融事业，在群众中享有很高的威望。

曹菊如同志深受党和人民的信任，曾先后被选为中国共产党第七次和第八次全国代表大会代表、第五届全国人民代表大会代表、第四届全国政协常务委员。曹菊如同志在长期的革命战争中，在社会主义革命和社会主义建设中，对党的事业无限忠诚，对工作勤勤恳恳，任劳任怨，维护党的团结和统一，严守党的纪律，服从党的决定，认真贯彻党的正确路线，按照党的正确的经济方针、政策办事，对于来自“左”的错误，进行了抵制和斗争，表现出一个共产党员高度的党性原则。