“工程师”的一系列成就引起了厄瓜多尔基多体育大学队的关注并于在1998年被球队聘任为教练。“工程师”很快带领球队取得了首次联赛冠军。

鉴于曼努埃尔在联赛夺冠和南美解放者杯上的优秀执教表现，有柏保路·萨巴莱塔效力的圣洛伦佐在2001年引进“工程师”。

在2001年“工程师”带领洛凯尔弗斯挺近秋季联赛冠军头衔和南方共同市场杯（相当于南美的欧洲足球协会联盟杯）时，柏保路仍在青年队执教。

“工程师”在2002年加盟阿根廷足球强队河床队，其执教的球员包括马斯切拉诺、安德列斯·达历山德罗和卡维纳吉，并迅速为球队带来了秋季联赛冠军杯的胜利。

2004年，“工程师”执教成为比利亚雷亚尔队的主教练，并成为少数进入欧洲执教的南美教练之一。

在比利亚雷亚尔执教的5年时间里，“工程师”帮助这个只有51000人口的小城开辟了一条通向冠军的道路，成就来西甲执教的一段传奇。

在智利人的带领下，“黄色潜水艇”在低预算的情况下打入欧冠四分之一决赛并在国家德比战中取得傲人成绩。

“黄色潜水艇”在西甲联赛中夺得第二的佳绩，为“工程师”拿下优秀教练的美名。

此后，皇家马德里相中“工程师”，于2009年6月聘请其为教练。虽然只执教了一个赛季，但佩莱格里尼仍然带领球队取得联赛96积分的优秀成绩，仅以3分惜败榜首巴塞罗那。

皇马是一只拥有9次欧冠冠军头衔的球队，在“工程师”执教的赛季里是球队胜率最高的赛季。

在优异的执教表现下，各大球队争相竞争曼努埃尔，而工程师选择执教马拉加，继续留任西甲。

时间再一次证明“工程师”的执教能力，球队在赛季取得联赛第四的成绩，并带领球队挺近欧冠半决赛。

可惜的是马拉加在两次伤停补时间断遭遇多特蒙德的进球而惜败。但不久之后，球队就在联赛积分榜上重整雄风，在“工程师”执教的最后一年取得了联赛第六的成绩。

作为世界顶级教练之一，曼努埃尔不仅拥有优秀的执教技术和经验，还拥有无数的球迷支持者，如今“工程师”入驻曼城伊蒂哈德球场，将用他26年的丰富执教经验带领曼城再一次走向辉煌。

2004年7月1日，佩莱格里尼来到西班牙球会比利亚雷亚尔，西甲的第一个赛季他带领队球获得了联赛第三名，进军次赛季欧洲冠军联赛，并且在欧洲联盟杯中晋级到四分之一决赛。之后的一年球队打进了2005/06赛季欧洲冠军联赛的半决赛，负于英超球队阿森纳，该季西甲联赛排名第七。而后的两个赛季球队分别排名联赛的第五位和亚军，亚军已经是比利亚雷亚尔的联赛队史最佳成绩。

2007年底，俱乐部与佩莱格里尼续签了合同，并且增加了每赛季400万欧元的违约金。

2008-2009赛季，比利亚雷亚尔再一次在欧冠淘汰赛中总比分1比4负于阿森纳，联赛获得了第五名。

2009年6月1日，佩莱格里尼被任命为皇家马德里新任主帅，为此皇马俱乐部为提前一年结束合同的比利亚雷亚尔支付了400万欧元的违约金。2009/10赛季皇家马德里获得了球队历史上最高的联赛积分96分，但是依旧无缘联赛冠军，在欧冠赛场及西班牙杯更是早早淘汰，最终在2010年5月26日遭到解雇。

西班牙当地时间2012年7月7日晚，西甲马拉加俱乐部官方宣布与主帅佩莱格里尼正式续约两年，智利人原有与俱乐部的合同到2013年，而续下新约后新合同到2015年结束。智利人在马拉加执教期间，帮助球队杀进欧冠八强，取得了不错的战绩。

2013年6月14日，英超曼城宣布佩莱格里尼接替遭到解雇的曼奇尼成为球队新任主教练。

2015年8月7日，曼城方面在与佩莱格里尼讨论后达成了协议，双方决定延长合同至2017年6月。

2016年2月1日，英超豪门曼城官方宣布2016夏天换帅，2015-2016赛季结束后，与拜仁慕尼黑合同到期的瓜迪奥拉将顶替佩莱格里尼出任蓝月亮新一任主教练。

2016年8月27日，河北华夏幸福官方宣布主教练李铁下课，前曼城主帅佩莱格里尼继任。　

2018年5月19日，河北华夏幸福俱乐部官宣主帅佩莱格里尼下课。

2018年5月22日，英超西汉姆官方宣布，佩莱格里尼成为球队新任主帅，双方签约三年。2019-20赛季英超19轮过后，佩莱格里尼执教下的西汉姆只拿到19分，仅比降级区高出1分。糟糕的战绩导致佩莱格里尼在2019年12月28日被西汉姆解雇。

2020年7月9日，佩莱格里尼成为皇家贝蒂斯主教练。

2021年12月21日，皇家贝蒂斯宣布与佩莱格里尼续约至2025年。

2022年4月25日，佩莱格里尼率领贝蒂斯夺得2021-22赛季西班牙国王杯冠军。

2022年9月，马卡2021-22赛季西甲各奖项颁奖仪式举行，佩莱格里尼当选西甲最佳主帅。

2023年7月，佩莱格里尼与皇家贝蒂斯续约至2026年。

2024年9月，西甲第4轮，皇家贝蒂斯客场0-2不敌皇家马德里。佩莱格里尼率队12次西甲客战伯纳乌均不胜，列历史第四。

南美起步

与许多名帅一样，佩莱格里尼在球员时代默默无名。在退役后，转向教练的职业后，佩莱格里尼起步十分艰辛。1988-1989年，他首次担当主教练，挂帅自己曾经的母队智利大学，不过那个赛季，球队的战绩糟糕，佩帅被迫离开，而在接下来，他又先后出任了帕莱斯蒂诺、奥希金斯等球队主帅，不过仍然战绩平平。

转机出现在1994-1996年，佩莱格里尼接过了卡托利卡大学的教鞭，而智利人的执教才华也在此得到了肯定，他在两年之内率队连续夺得了美洲洲际杯和智利杯，“工程师”开始崭露头角。

1999年，基多大学聘请佩莱格里尼为主帅，佩帅又不负众望的的率队夺得了当年厄瓜多尔联赛的冠军。

2001年，阿根廷劲旅圣洛伦索正式聘请佩莱格里尼为主帅。

2001-2002赛季，在佩莱格里尼的调教下，圣洛伦索不但在阿根廷联赛中表现出色，冲击了博卡和河床的垄断地位，并在当年的南美解放者杯中折桂，一举登上了南美足坛的巅峰。

2003年，佩莱格里尼转战河床，并帮助这支落寞豪门重新回到冠军级别，从此佩帅成为南美最炙手可热的教练之一。

转战西班牙，潜艇神话

2004年7月1日，佩莱格里尼来到西班牙球会比利亚雷亚尔，正式开始了他在欧陆足坛的闯荡。

比利亚雷亚尔在佩莱格里尼的指导下，逐步成为了西甲赛场和欧洲赛场上一只不容小视的力量。首个赛季他获得了联赛第三名，进军第二年的欧冠，并在这一年的联盟杯中晋级八强。之后一年又打进了05/06赛季欧洲冠军联赛的半决赛，负于英超球队阿森纳，西甲联赛第七。

而后的两个赛季球队分别排名联赛的第五名和亚军，亚军已经是比利亚雷亚尔的联赛历史最佳成绩。08-09赛季比利亚雷亚尔在欧冠中1比4负于阿森纳，联赛第五名。

比利亚雷亚尔在佩莱格里尼接手时只是一支刚刚升到顶级联赛四年的球队。然而，他却把他们带到了离欧洲足球的巅峰只有数步之遥的地方，即使他的预算一直并不宽裕，连那些球员也和他本人一样，在加盟时都只是一场赌博。出色的战绩和优秀的战术理念迅速使他得到了众多豪门的注意。

悲情银河战舰

2009年，弗洛伦蒂诺回归皇马，重金打造了银河战舰二期。佩莱格里尼被任命为这艘豪华战舰的指挥官。已经取得巨大成功的佩帅被寄予了厚望。

然而一个赛季过去了，皇马继续着四大皆空的局面。佩帅不可谓不尽心尽力，面对一只重组的球队，佩帅很好的贯彻了他的执教理念。在赛季中期，皇马经历了伤病的考验，佩帅在轮换上捉襟见肘，但是凭借他独特的眼光，充分发掘了伊瓜因，马塞洛，范德法特等人的才华，帮助皇马挺过了最困难的时期。尽管从赛季初到结束，佩莱格里尼始终不善处理更衣室内与大牌球星的关系。

尽管银河战舰在那一年重金引进了C罗、卡卡和阿隆索等球星，但在国内仍被全面压制，欧冠也止步16强，最终于2010年被穆里尼奥顶替。

一个赛季刚刚结束，很难完全去评定佩莱格里尼的执教。只能说失败中亦蕴含着成功，佩帅治下的皇马较上赛季还是有长足的进步，联赛96分就是最好的证明，这个创纪录的分数放在其它各大联赛早已是稳获冠军的积分。佩莱格里尼已经尽他最大的努力去掌舵银河战舰。赛季初皇马的建队方针就不是按照佩帅的思路进行的，他要求要买的卡索拉等人基本没到位，而他极力想挽留的罗本又被卖掉，可以说他治下的银河战舰是在一片质疑声中起航的。面对一支巨星云集的球队，难免传出不和谐的声音。

佩莱格里尼的另一大功劳就是针对皇马现有的阵容量身制定出了一个进攻体系。以C罗为核心，将攻防的速度无限度的提高。进攻时依靠球星超群的个人能力和团队配合，快速向对方禁区推进，强调一脚传球，在这个基础上，皇马的进攻火力十足，38场联赛下来一共打进了102粒进球，仅落后于最后一轮打进8球的切尔西1球。防守也不赖，35粒丢球在西甲排名第二。

虽然佩莱格里尼的皇马创下无数纪录，但没有冠军，一切成空。这位外号智利工程师的皇马前主帅或许真的难于在皇马这样的豪门成功！

光环褪去，重走平民路线

59岁的佩莱格里尼来到马拉加

2011/12赛季，马拉加收获西甲第四，历史上第一次获得欧冠参赛权。刚刚结束的这个赛季中，在球队经济状况不佳逆境中，佩帅带领马拉加挺进欧冠八强，可惜因补时阶段连丢两球而因恨出局。他率队历史上首次进军欧冠联赛（2012-2013赛季）。但马拉加在赛季后程乏力，排名第六已无望参加下赛季的欧冠联赛。

在曼城解雇意大利教头曼奇尼后，佩莱格里尼被认为很有希望在下赛季入主财大气粗的“蓝月亮”，但他本人表示金钱并不是他离开马拉加的原因。

“我在收入上并没有太大的野心，但我希望能有一个充满希望的蓝图能够让我去实现。”佩莱格里尼说。

1988-1989 智利大学

1990-1991 帕莱斯蒂诺

1991-1992 帕莱斯蒂诺

1992-1993 奥希金斯

1994-1996 卡托利卡大学

1998 帕莱斯蒂诺

1999-2000 基多大学

2001-2002 圣洛伦索

2002-2003 河床

2004-2009 比利亚雷亚尔

2009-2010 皇家马德里

2010-2013 马拉加

2013-2016 曼彻斯特城

2016赛季末离开曼彻斯特城

2016-2018 河北华夏幸福

2018-2019 西汉姆联

2020- 皇家贝蒂斯

卡托利卡大学

1994年 美洲洲际杯

1995年 智利杯

基多大学

1999年 厄瓜多尔联赛冠军

圣洛伦索

2001年 阿根廷足球甲级联赛

2001年 南美解放者杯

河床

2003年 阿根廷足球甲级联赛

比利亚雷亚尔

2004年 国际托托杯

2003-04赛季欧洲联盟杯四强

2004-05赛季西甲联赛季军

2005-06赛季欧洲冠军联赛四强

2007-08赛季西甲联赛亚军

2008-09赛季欧洲冠军联赛八强

皇家马德里

2009-10赛季西甲联赛亚军

马拉加

2011-12赛季西甲联赛殿军

曼城

2013-14赛季联赛杯冠军

2013-14赛季英超联赛冠军

皇家贝蒂斯

2021-22赛季西班牙国王杯冠军

胜率

执教生涯统计：执教圣洛伦索，共带队参加比赛538场，胜267场平131场负140场胜率49.63%（其中执教圣洛伦索共50场，21胜17平12负胜率42.00%；河床共53场，35胜7平11负胜率66.04%；比利亚雷亚尔共259场，123胜72平64负胜率47.49%；皇家马德里共48场，36胜5平7负胜率75.00%；马拉加共128场，52胜30平46负胜率40.63%）。

佩莱格里尼虽然外号也叫“佩工”，但和历史上的沛公差远了。他的职场故事堪称悲情，他是一个好教练不假，但处处不受待见。（网易评）