父亲曾存仁，任云南布政使。嘉靖三十八年（1559）进士，授官刑部主事，后改礼部，又迁任吏部文选主事。依照惯例，丞簿以下官职，听取小官吏们的衡量审核，曾同亨都是亲自办理，与陆光祖、李世达齐名。隆庆初年，任文选郎中，后进为太常少卿，请求马上辞去。万历初年，起用任大理少卿。历顺天府尹，以右副都御史之职巡抚贵州。张居正死，起用任南京太常卿。被召回任大理卿，升迁工作部右侍郎。督治寿宫时节约费用三十多万，同亨初次进入吏部，和严嵩是同乡，尚书吴鹏则是父亲同年，同亨从没有私自拜访。曾经住宿在官署宿舍中，一月都不回去。去世时年七十五岁。追赠少保，谥号为“恭端”。

居正卒，起南京太常卿。召为大理卿，迁工部右侍郎。督治寿宫，节浮费三十余万。由左侍郎进尚书。军器自外输，率不中程，奏请半收其直，又请减织造之半。皆报可。汝安王妃乞桥税，同亨拒之。帝竟如妃请。内府工匠，隆庆初数至万五千八百人，寻汰二千五百人，而中官滥增不已。同亨疏请清厘。已得旨，中官复奏寝之。给事中杨其休疏争，弗纳。同亨弟乾亨请裁冗员以裕经费，京卫诸武臣谓减己月俸也，大哗，伺同亨出朝，围而噪之。同亨再乞休，不得请。九门工成，加太子少保。力乞去，诏乘传归。起南京吏部尚书，辞不拜。久之，再起故官，累辞乃就职。税使所在虐民，同亨极谏。三十三年，大计京官，与考功郎徐必达持正不挠。是年，北察失执政意，中旨留给事中钱梦皋等；南察及同亨自陈疏，亦久不下。同亨适给由入都，遂引疾。诏加太子太保致仕。