1978年，由助理研究员被破格提升为研究员，而且还成为国家给知识分子发津贴的第一批受益者，拿的50块钱是当时的最高标准。

1979年12月，当选为全国劳动模范，是“文革”后中国第一批劳模。

1980年，当选中国科学院院士。同年12月，作为高级访问学者，到美国普林斯顿大学工作（至1982年4月）。

1984年，担任中国科学院大气物理研究所所长（-1993年）。

1985年，担任大气科学和地球流体力学数值模拟国家重点实验室主任（-1993年）。

1990年，兼任大气科学和地球流体力学数值模拟研究国家重点实验室主任、南京大学大气科学系教授。

1990年，参加世界气候大会，发现世界性气候问题研究水平很高，于是他就给时任国家科委主任的宋健写信，最后也有关领导批复了，还立了项，但经费却到了别人手里。后来，还是在科委工作的钱其琛的女儿为他筹来了10万块钱搞这个项目，也正是这笔不起眼的钱，使得对中国气候变暖的预测结果被收入了国际气候变化委员会的评估报告里。

1994年，当选俄罗斯科学院外籍院士。

1995年，担任中国工业与应用数学学会理事长（-2000年）。同年，当选第三世界科学院院士。

2014年，当选美国气象学会荣誉会员。

2016年6月，获得第61届国际气象组织奖。

2020年1月10日，获国家最高科学技术奖。

曾庆存在其博士论文中，他在国际上第一个用原始方程进行数值天气预报，“半隐式差分法”仍是天气和气候数值模式的核心技术之一，并且被广泛应用于各学科，成为当代超级计算的主流算法之一。半隐式差分法，提出最早的成功积分原始方程的方法，创立严格保持能量守恒从而完全克服非线性计算不稳定的差分格式，广泛应用；建立了严谨的地转适应过程理论；解决地球流体力学中的一些基本问题；提出最佳信息层理论以合理地选择遥感通道；他和他的研究集体设计的大气环流模式、海洋环流模式和气候系统模式，能成功地模拟出亚洲季风雨带的推移、大洋环流和中国近海环流流系（如南海暖流等），成功地用作中国跨季度旱涝预测；还成功地用数值方法模拟河湖沉积和三角洲发育过程。

截至2017年，曾庆存出版个人著专著二部、合著多部；发表论文近百篇。

出版著作

发表论文

截至2005年，曾庆存获得中国科学院自然科学奖一等奖四项，国家自然科学奖二等奖和三等奖各一项。

截至2016年，曾庆存已经培养出硕士生10多名，和博士生50多名，其中指导的博生生王会军2013年当选中国科学院院士。

曾庆存是国际著名大气科学家，国际数值天气预报奠基人之一，为现代大气科学和气象事业的两大标志——数值天气预报和气象卫星遥感做出了开创性贡献。

曾庆存喉咙动过两次手术，说起话来并不像以前那样顺畅，但身体的不适并没能消减他对科研的热情，他喜欢诗歌，希望有一天，能出版一个科学和文学结合的书，用诗歌的方式来介绍大气。

2023年3月，参加北京卫视《大先生》。

曾庆存在大气环流、季风系统及其动力学、“自然控制论”、 参与全球气候和环境变化研究等方面都有很高的建树。（新华网评）

曾庆存是中国最早从事气象遥感卫星研究的科学家之一，他第一次把大气遥感问题发展成系统理论，他所提出的“最佳信息层”理论，为卫星遥感通道的选择提供了重要指引。曾庆存不仅是一位优秀的气象科学家，还是一位推动中国科研发展的杰出领导者。如今耄耋之年的曾庆存院士，依然保持着对科研、对科普、对人才培养的热情，用自己的点滴行动，推动中国气象科学事业不断开拓前行，为创新性国家的建设多贡献一份力量。（新华网评）

1996年，曾庆存将他所获得的“何梁何利科学奖金”港币10万元捐赠给他们兄弟的母校——阳江市第一中学和广东两阳中学，设立“明耀庆丰奖学金”以纪念他的父兄，目的在于奖励母校的学生努力读书，为祖国学习成才。

科研报国永不悔 攀上珠峰踏北边 ——访2019年度国家最高科学技术奖获得者曾庆存。少年家贫立大志。矢志不渝攻难题。团结一心渡时艰。