曾樱，字仲含，号二云，江西临江府峡江县金坊（今峡江县砚溪镇金家坊）人。曾祖宣用，为人质朴。祖国相，廪贡，任广东始兴县丞，有惠政。父江，字清宇，县廪生（政府给予伙食补贴的成绩优异的秀才，明制，县学廪生月米6斗），为人刚正，曾樱为其次子。樱自幼聪颖，年十三即入县学为生员（俗称“秀才”）

万历四十年（1612）举人，四十四年（1616）登进士二甲第六十七名。给假归乡，家居时，喜读《王文成先生集》（王阳明，谥号“文成”）。当时“东林三君子”之一的吉水县人邹元标辞官归家，授徒讲学，樱与弟植同往吉水拜访邹元标，以师礼待之。樱居家三年，不与外事，惟心系家乡父老，为政务出谋划策，辅佐知县治理好峡江。

万历四十七年（1619），授工部营缮司主事，监琉璃厂，奉命修葺故宫三大殿。后督修神宗、光宗皇帝的陵墓工程，与阉宦共事，樱严格核查工程开支和预算，宦官们都很怕他。天启元年（1621），任广东乡试主考官，革繁文缛节、拒收馈赠。

天启二年（1622），迁工部郎中，不久又擢常州知府。时朝廷派往南直隶地区巡视的御史甚多，有巡视粮仓、盐政、江防、漕运以及提学、屯田等，都具有揭发弹劾的权力，每天都向上司投送弹劾文牒。曾樱于是上疏南京都察院说：“其他地方的官员，只需应付一个巡按官，唯独南直隶地区的官员要应付很多名御史。我请求下令戒饬，革除御史索贿不成便弹劾官员、枉加罪名等不良风气。”时任南京右佥都御史的熊明遇看到文书后，一开始颇感惊讶，但最终按照曾樱所说的办了。

樱为官清廉，不畏强权，为政和乐平易，务求公正（樱持身廉，为政恺悌公平，不畏强御。—清.张廷玉等修《明史.曾樱传》）。屯田御史向所管辖的地方官员索取应该弹劾的人的名单，曾樱没有回应。御史危言恐吓曾樱，樱遂答曰：“我的僚属都尽职尽责，并无过错，只是我这个知府没有什么功劳和政绩。”于是在官吏考核的时候把自己列为下等，闭门待罪。巡抚、巡按多次安抚和慰留曾樱，曾樱这才出来继续办公。织造局的太监李实强迫地方知府给他行僚属之礼，樱坚决不从。李实便发文书给曾樱，以“尔”、“汝”等词侮辱他，曾樱亦回以“尔”、“汝”，始终都不屈服。

时魏忠贤大肆迫害东林党人，无锡高攀龙，江阴缪昌期、李应昇皆被迫害逮捕，高攀龙不堪屈辱，投水自尽。曾樱为攀龙处理后事，并设法把他的儿子、家人及童仆都从狱中解救了出来。宜兴毛士龙触犯了魏忠贤，被发配戍边，樱暗示士龙逃走。上差搜捕其家人，幸赖曾樱保护才平安无事。武进孙慎行亦得罪了魏忠贤，被判戍边，樱拖延执行。后魏忠贤被崇祯帝罢黜，遣凤阳守陵，途中畏罪自杀，魏党遂败，这些事也就迎刃而解。曾樱在常州知府任上，选拔贤才，革除积弊，爱民如子，深受当地老百姓的爱戴。天启七年（1627）冬，樱赴京入觐，常州士民自行罢市，为樱送行者数万人，一直走到京口。

崇祯元年（1628）迁福建布政司右参政，分巡漳南道（辖汀州、漳州二府）。九连山贼匪略上杭县，樱招募乡勇将贼击退，并出其不意夜袭其老巢，剿灭殆尽。当地士民遂为樱建生祠，以表感激和爱戴。

崇祯二年（1629），母卒，樱回家奔丧，庐墓三年。四年（1631），服阕，恢复原官，分守兴泉道（辖兴化、泉州二府）。不久升福建按察使，分巡福宁（辖福州、建宁二府）。之前，红夷（荷兰人）掠兴化、泉州等地，樱建议福建巡抚邹维琏起用副总兵郑芝龙为先锋，最终打退了红夷。等到海上巨盗刘香骚扰广东，两广总督熊文灿欲得郑芝龙为援，邹维琏等人却认为郑芝龙曾经是刘香的旧部，关系复杂，不同意派郑芝龙出兵。樱遂以家中百口之性命作担保，力荐郑芝龙，于是剿灭了刘香，因此郑芝龙对曾樱满怀感激之情。

崇祯十年（1637）冬，皇帝听信东厂之言，认为曾樱有行贿谋求升迁的嫌疑，遂令逮樱赴京调查。御史叶初春曾经做过曾樱的属吏，非常了解曾樱的为人，在其他奏疏中顺带提到了曾樱的冤屈。帝命详查审问，于是叶初春就详细解释曾樱是一个难得的人才，为官清正廉明，但又不知道贿赂是从哪来的。

诏命至福建，巡抚沈犹龙、巡按张肯堂看到东厂的文书上有黄四臣这个名字，郑芝龙此时也向抚按官员解释说：“黄四臣，是受我派遣入京的。我很感激曾樱的恩德，怕他调离福建，便命四臣进京查问，四臣他竟然乱说，要为曾樱行贿谋迁，遂有此事。”沈犹龙、张肯堂将实情上奏，极力陈说曾樱是被冤枉的，郑芝龙亦上疏请罪。因曾樱清廉家贫，福建百姓便凑钱为樱整理行装，耆老宿望数千人随至京师阙下，击登闻鼓以讼冤。帝见此状，又惊讶又感动，于是命曾樱暂勿入狱，留在京师官邸等候调查。冤屈得雪后，朝廷命削去郑芝龙的都督官衔，令曾樱以原官巡视福建海道。

不久，因湖广衡州、永州贼寇为患，樱改任湖广按察使，分守湖南，驻永州府。帝又颁敕命给曾樱，按照旧例，守道官员无敕命，帝特地赐之。当时贼寇已经攻陷了州县数十个，然而永州知府、推官等人都平庸无才，对剿贼之事毫无计策。樱遂举荐苏州同知晏日曙、归德推官万元吉两个人，时两人并因事罢官，由于曾樱的推荐都被起用。樱同时调郑芝龙为援，一同剿贼，贼多降，一方乃安。

崇祯十三年（1640），升山东右布政使，分守东昌、莱州二府。十四年（1641）春，擢右副都御史，接替徐人龙巡抚登莱。十五年（1642），因防守有功升南京工部右侍郎，曾樱没有赴任，乞假归乡。山东刚刚被清军袭扰的时候，巡抚王永吉所辖的济南、兖州、东昌三府州县尽失，王永吉却匿而不报。兵退，竟然以收复失地上奏。而曾樱所辖的青州、登州、莱州三府州县几乎全都保全了下来，所失无几，樱尽以实情奏明朝廷。及论功赏罚，王永吉反而升为总督，樱却被夺去官职，逮捕入刑部狱。不到十天李自成攻陷北京，释放牢狱囚犯，曾樱得以隐逃。

弘光元年（1645）闰六月，郑芝龙、张肯堂、黄道周等人拥立唐王朱聿键（太祖朱元璋九世孙）在福州即位，年号隆武。时郑芝龙操持国柄，握有实权，遂向隆武帝举荐曾樱，起为工部尚书兼东阁大学士，入阁参与机务。

不久，加太子太保、吏部尚书、文渊阁大学士，赐“启心沃心”银章，曾一天内几次得到隆武帝的召见，询问军国大事，一直谈到深夜。曾樱深得隆武帝亲信和重用，史载“樱位后起而眷倚出诸臣上（钱海岳《南明史.曾樱传》）”。然实权归郑芝龙，樱终不能有所作为。后隆武帝移驾驻延平府，命樱与定远侯邓文昌留守福州。清兵入景宁关，不敌，邓文昌战死。樱乃携家眷避难于中左所（今厦门），弟子陈泰、阮旻锡随从。二人从曾樱研习心性之学，躬身亲行，终日不倦。一日坐席稍偏，樱命阮旻锡摆正，并说：“席不正不坐，正身所以正心也。”

后桂王朱由榔（万历帝孙，崇祯帝堂弟）称号于广西，年号永历，为南明最后一个政权。永历四年（1650）七月，命樱以原官督师闽浙，总管义兵军马，伺机收复南京，并赐尚方剑以便宜行事。永历五年（1651）二月三十日夜，中左所将被清军攻陷，家人请登舟入海，樱不从，曰：“此一块干净土，正吾死所，岂泛海求活耶！”说罢，自缢殉国，年七十一。

五天后，弟子阮旻锡准备去收拾老师曾樱的遗体，陈泰哭着说：“你如果一去不返，则外面那些不屈从于清廷统治的父老乡亲们就没有指望了。我孑身一人，了无牵挂，死了也就算了。你为了你的亲人，我为了我的老师，不是很好吗？（无庸，子出而不返，则老夫倚闾而望。吾孑身在，死即死耳。子效力于亲，吾效力于师，不亦可乎!—钱海岳《南明史.曾樱传附陈泰传》）”陈泰遂背着老师曾樱的尸体跑了三十里交付其家人。陈泰归不食三日而卒。曾樱在金门入殓时，面貌如生。事闻，永历帝赠上柱国、太师、武英殿大学士，谥号文忠。、

子曾文德，字屺瞻，选贡，任兵部职方主事。隆武元年（1645）十月，与弟文思、堂弟文徽起兵于峡江，战败坠马，获救。历监军御史，迁太仆少卿。扈从隆武帝至汀州，死于军中。文思，生员；文徽，光禄寺卿曾植子，生员。曾氏一族十余人战死峡江，忠义之行彪炳玉峡。

曾樱为官清廉正直、不畏强权、敢于同邪恶之势作斗争；为官一任，造福一方。在近6年的（天启二年至天启七年，1622—1627）常州府任上，为政“持以公平，风以廉俭，于利弊无不兴革，于权豪不少假借，于小民事事优恤，于财用事事节省”；诸御史操举核之权滥用，以权谋私，曾樱敢于检举并请求上司戒饬；魏忠贤当权，大肆迫害东林党人，曾樱从中调护，尽心竭力营救；魏阉专权时，天下官员争建生祠以讨好魏忠贤，曾樱却不随大流，从不屈服于魏珰，他治下的常州府就不曾为魏阉建造生祠；常州府城东的堤岸倾圮，附近民田淹没，给行人亦造成不便，曾樱遂捐出自己的俸禄筑堤15里，当地百姓称之为“曾公堤”。

曾樱在福建任上长达10年（崇祯元年至崇祯十年，1628—1637，包括其间守母丧的3年）之久。分巡漳南道时，偃旗息鼓，率乡勇剿灭九连山匪寇殆尽；分巡兴泉道时，以家中百口作担保力荐郑芝龙，剿灭海上巨盗刘香，并平息了红夷之患；“属官馈送，丝毫不收，一应交际，务从省约”；曾樱10年未得升迁，毫无怨言，东厂诬陷其行贿谋求擢官，皇帝命逮捕至京问讯，可福建的数百士绅随行至京，击登闻鼓替曾樱伸冤，不久即恢复原官。

在湖广按察使、分守湖南道任上（崇祯十一年冬至崇祯十三年，1638—1640），崇祯皇帝亲自颁给敕令，命曾樱全力镇压当地炽热的反抗起义。曾樱举荐贤才晏日曙、万元吉，又引郑芝龙为援，辅佐偏沅巡抚陈睿谟剿抚兼施，寇息兵戢。永州分封有祁阳郡王朱禋泞仗着自己是皇室贵胄，骄纵恣横，曾樱则拿出《皇明祖训》来训诫，郡王遂敛威守法，自此吏饬民安。

崇祯十三年（1640）五月起，赴山东任。是年以山东右布政使分守登莱海防道。清军进攻登州，曾樱以西洋火炮防御，杀敌甚多。十四年（1641）春，以右副都御史衔代替徐人龙巡抚登莱。时山东大饥，曾樱设法赈灾，亦不误供应山海关之粮饷。十五年（1642）十一月，以防守之功擢南京工部右侍郎，樱不赴任，请假告归。后山东沦陷，樱所辖府县所失无几，俱以实奏，竟被逮捕入刑部狱。不到十天（崇祯17年3月19日，1644年），李自成攻陷京师，樱得以隐逃。五月，福王朱由崧在南京称号监国，樱微服诣南京刑部，法司以赎徒（交纳钱物减免刑罚）论处。

弘光元年（1645）5月，清军破南京，小朝廷灭亡。6月，唐王朱聿键在福州称监国，改元隆武。曾樱以郑芝龙荐起用为工部尚书兼东阁大学士，参与机务，进入小朝廷的决策中枢层。曾樱两次署理吏部尚书，掌握选拔任用人才之权，其间向朝廷举荐了很多贤才。但皇帝的恩宠与职位的拔高必然引来很多妒忌与暗害。首辅何吾驺忌曾樱过于正直，暗地里勾结不满曾樱的人诋毁排挤他，曾樱遂上疏辞职，幸隆武帝信任，下旨慰留。又如御史陈轼也说了很多诋毁曾樱的话，可身为宰相的他竟不以为意，“善容人过”的他对僚属们说：“轼虽未知我，其言多中吾病，此益友也。”

隆武二年（1646）8月，朱聿键在汀州被清军所害，小朝廷又宣告灭亡。之后，曾樱携家眷一直依靠郑成功居于厦门，日日与弟子陈泰、阮旻锡等讲求心学，身体力行，毫无倦容。永历五年（1651）2月30日夜，清军破厦门，家人请登舟避难于海上，曾樱不从，感叹说：“吾之不能死者，死有待也，今而已矣。”自缢于所居楼上，年71岁。古语云“食人之禄，死人之事”，大明养士二百七十年之报，其在斯乎！

曾樱清廉刚正的性格可以说是受到了海瑞的影响。天启年间，他在常州任知府时曾刊刻了《海忠介公文集》，如果曾樱心里对海瑞没有崇高的敬意的话，那么他也不会花功夫去整理刊刻海瑞的文集。

曾樱于崇祯十七年被逮捕下狱，在狱中他做了一个梦，梦见有一个人送了他一块匾额，上面写着“唐朝宰相”四字。后来唐王称号，起用曾樱为东阁大学士，入阁预机务，其梦遂验。同邑后学胡元撰。