更新时间：2024-03-08 18:55
解放战争进入最后阶段，距新政协预定的会期还有99天。武汉开往上海的火车在即将到达上海的时候突然临时停车，廖云山和肖鹏等人秘密上了车。火车再次启动时，陈安被肖鹏的枪口顶住，陈安叛变了！陈安说出了与储汉君的特殊关系：原来陈家与储家是世交，陈父与储汉君在他出生前指腹定婚，此次他要与储汉君的独生女完婚。陈安的这一身份引起了特派员廖云山的兴趣。
火车晚点半小时进站了。陈安拎着箱子下车，他的穿着打扮跟接头密电里交待的一模一样。贾程程欲要上前接头，肖昆一眼瞥见他的同父异母兄弟肖鹏，他预感不好决定放弃接头，于是冲肖鹏大喊，差点就跟陈安接头的贾程程惊出一身的冷汗。看着贾程程，肖鹏心里总有一种说不出的不对劲。他轻声告诉哥哥，自己正在执行任务让他先离开此地。
这一天，陆军高等指挥学校校长徐杰生正在举行毕业典礼。特派员廖云山突然出现，章默美接受了新任务：回到储汉君家去监视和保护储汉君，因为章默美是储家保姆的女儿。陈安遵廖云山命独自来到储家，储兰云对这位从未谋面的夫君很是恼火，更何况有母亲刚死，便出言不逊。肖昆是储汉君的得意门生，二人情同父子。肖昆改行经商，储汉君惋惜不已。储汉君提出要找个资料助理员时，肖昆便一口答应。贾程程作为资料员来到储府，陈安很是激动，因为从火车站的那一刻起，他就认定贾程程是来接自己的；储兰云则对贾程程很是反感，讥讽贾程程是来做填房的。贾程程被激怒了，她把贾程程反锁在书房，愤然离去。恰好廖云山和肖鹏来储府拜访， 贾程程的举动映入肖鹏的眼帘，好感之余也生出几分怀疑，贾程程会不会是来与陈安接头的呢？廖云山警告陈安，如果三天内303仍不跟他接头，就不再留着他。陈安吓坏了，忙趁陪储兰云购物之机，到报社与记者小王接头，被肖鹏发现，小王被杀。肖昆和贾程程也在研究除掉陈安的办法，因为一旦陈安与储兰云结婚，陈安便有了保护伞。没想到储汉君向肖昆道出了一段实情：储兰云不是他的女儿，陈安却是他的亲生儿子，储汉君恳求肖昆把这个秘密烂在心里，不能告诉任何人。肖昆不得不让贾程程取消除掉陈安的计划，贾程程甚是不解。
储家在准备储兰云和陈安的订婚礼，储兰云则绝食抗争。章默美告诉贾程程，储兰云如此反抗不仅因为她不喜欢陈安，还因为她心里爱上了肖鹏。储汉君经过激烈的思想斗争，终于战胜了个人感情，他决定放弃婚礼，放弃陈安。陈安再次感到自身的危机，他认定了303就是肖昆。于是，他决定杀死肖鹏母亲来嫁祸于肖昆……肖鹏母亲死亡，肖鹏发誓与肖昆决裂！
这天，肖昆正在召集上海地下党就护送民主人士南下香港一事召开紧急会议，结果被堵。前来围堵的肖鹏冲肖昆大喊：如果你有种，你现在就承认你是303，陈安拿出家信告诉储兰云，他才是储汉君的亲生儿子。在她与自己之间，储汉君决不会选择与自己没有一点血缘关系的储兰云！储兰云的人生信念彻底崩溃了，她冲上楼顶……贾程程恳求肖鹏用爱救下储兰云，肖鹏艰难地说出：我爱你，肖鹏向廖云山提出要与储兰云结婚。廖云山将计就计，把储兰云从上海接到香港。香港报纸大肆报道，储汉君与国民党联姻。新婚之夜，肖鹏向储兰云说明跟她结婚是为了救她而不是爱她。因为他的心里已经有贾程程了，廖云山带数名警卫持枪冲了进来，陈安向肖鹏开枪，储兰云扑入肖鹏的面前，中弹倒入肖鹏的怀里，廖云山得知储汉君已离开香港奔向解放区，他让人带话，可以用肖昆和章默美一换一。
肖昆和章默美在与艰难时局的奋战中相爱了，他们返回香港，见到前来顶换自己的哥哥肖昆时，肖鹏震撼了！他毫不迟疑地行动了，这行动长久以来盘桓在他的内心深处……看着陈安倒下，看着四下特务的倒下，肖鹏笑着倒在自己的血泊里，新中国成立的礼炮响过了，肖昆和章默美离开了肖鹏的墓碑，只有贾程程长久地伫立在墓碑前。
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在剧中全情投入的李玥，将主角章默美的干练果敢又不失犹豫彷徨刻画得入木三分，李玥甚至一度因入戏太深，导致精神过度紧张，梦中都在念台词。
段奕宏笑称自己在片场拍戏时最怕的就是导演喊：“过！挺好的。”“每当这时我就特担心呈现出来的效果会不好，要是导演说我表现得不好我倒觉得比较踏实。
剧中饰演叛徒陈安的胡海峰因为拍戏挨了不少打，无论拳打脚踢全都是实实在在的真打。海峰表示，直到杀青后很久，身上依旧有多处伤痕。即便如此，敬业的海峰没有丝毫抱怨，他说：“说不疼是假的，但为了效果逼真，这些苦都得扛着。而且，和我对戏的段奕宏非常懂得照顾身边的人，每次打戏开拍前他都会告诉我要打哪，让我有心理准备，不至于措手不及。”
剧中有一场车晓与段奕宏接吻的感情戏，但由于段奕宏的“接吻技术”不过关，使女主角车晓的嘴唇给吻破了。
为了契合戏中的年代特色，剧组不惜血本，专程请来北京奥运会开幕式的核心造型师陈敏倾力打造演员造型，力求在观众面前呈现一部精品佳作。
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正面评价
《最后的99天》中演员们上演了一出在谍战剧中穿梭的情感戏，用兄弟的骨肉情深和最后分属两个敌对阵营的无奈现实，把这部对于人性中理智和感情的激烈碰撞描绘的淋漓尽致，无不彰显了汪俊在自己的作品中对于人性更进一步的探讨，也成就了他作品在新颖、多变之外核心相对统一的风格（腾讯娱乐评）。
《最后的99天》传承了汪俊作品的超高水准，力求在画面、音乐、特效、服化道等方面做到精益求精。《最后的99天》的画面依靠考究的场景和道具，以及后期渲染相辅助，采用不饱和配色营造出浓烈、厚重的时代氛围，颇具几分《花样年华》的韵味，令人印象深刻（网易娱乐评）。
反面评价
剧中张涵予和段奕宏塑造的新硬汉形象都深入人心，但也有不少人认为，相对于实力演员的表现，该剧情节弱了很多，“剧情很苍白，浪费了两个帅哥”“情节牵强，很多经不住推敲”。肖家兄弟的情仇恩怨设计也不合理，尤其是最后，仇恨的化解太容易了，不可能一下子就烟消云散（京华时报评）。