在专辑《最后的水族馆》诞生之前，裘德产生过“最后的小饭馆”、“最后的麻将馆”、“最后的网吧”等一系列的想法。在筹备该专辑的初期，裘德写了一首《昨晚我梦见我学会了游泳》，用游泳隐喻人生赛道中的挣扎与希望。之后，他写了一个磷虾与蓝鲸的故事，为歌曲取名为《浓缩蓝鲸》。连续两首歌都与水有关，该专辑的主题确定为“水”。裘德认为水有着包容性，灵动、梦幻且危险，它充满着可能性，也适合天马行空的想象，因此专辑最终定名为《最后的水族馆》。

歌曲《游览指南》是裘德在游乐园玩时获得的灵感，为了完善歌曲的情境，裘德在该曲中利用自然音效增添联想，特别加入了鱼群迁徙的水声。裘德认为音乐需要有趣味而不是严肃，因此他在创作上多次尝试，他希望乐手不按规定的编曲发挥，这经常导致编曲一改再改。其中，歌曲《浓缩蓝鲸》的旋律改过三版，同名曲《最后的水族馆》中的管乐也经历过重录。完成之后，裘德又觉得音乐太满盖过人声，于是又剪掉。裘德对于专辑中的每一首歌曲都反复听上多遍，精益求精直到修改到最后一秒，甚至有些歌曲在专辑发布之后，他依旧感到遗憾。该专辑获得了刘欢原创音乐专项公益金的支持，因此裘德在制作该专辑时颇有压力。