穗深城际铁路起于广州新塘南站，通过广深铁路连接广州东站，终点为深圳机场站，共设15座车站。其中东莞段设有中堂站、望牛墩站、东莞西站（望洪）、洪梅站、东莞港站（沙田）、厚街站、虎门北站（白沙）、虎门东站（博涌）、长安西站（厦边）、长安站（金沙）10个站点。

此外，根据规划，广港深客运专线深圳北站至广茂铁路茂名东站，线路自广深港客运专线深圳北站引出，经深圳机场北、东莞市、在虎门公路大桥下游沙角附近新建公铁两用大桥跨越珠江，经中山、江门、阳江，至茂名市，正线全长387公里。