名称

有时也写作“吉苏川”、“岐苏川”。在一些地方也有“广野川”、“鹈沼川”、“墨俣川”、“尾张川”、“美浓川”等称法。

史前

包括木曾川在内的木曾三川是木曾山脉隆起以及伊势湾沉降共同作用的结果。浓尾平原底下的基础向西倾斜，形成了所谓的“浓尾倾斜运动”的造盆地运动。通过这一地质运动，流经沉降地块表面的木曾三川所携带的砂石得以沉积，并形成了浓尾平原。

在一万多年前的末次冰期时，海平面要比现在低一百多米，此后由于气温升高，使得木曾三川入海口伊势湾附近的海平面快速上升。到绳文时代时，海岸线已向西侵入到养老山地山麓，向北扩展至今大垣市、岐阜市附近。木曾三川流动过程中裹挟的大量砂石在河口处沉积，形成三角洲，并慢慢地向南拓展。

同时，木曾三川水流受到“浓尾倾斜运动”的影响，向西偏向养老山地一侧，如此一来，在平原内部，水流的落差几乎没有。然而，三条大河在如此狭小的地域内聚集，也成为极易诱发水患的地理条件。

早期治水活动

早在平安时代就已经建设有应对水患的“水屋”，之后当地居民为应对水患开始修建一些水利工程。至今当地还留有“四刻八刻十二刻”的说法。这是在大雨之后，用于预测木曾三川洪水到达所需的时间，即揖斐川需四刻（八小时）、长良川需八刻（十六小时）、木曾川需十二刻（二十四小时），可见当地对于水患的发生已有十分清楚的认识。另一方面，由于木曾三川流域水网密布，也成为了发展水运的有利条件。

军事要冲

镰仓时代以来。木曾川丰富的水量和广阔的流域，被利用来修建了许多的军事据点。

承久3年（公元1221年）发生的承久之乱中，后鸟羽天皇便在木曾川迎击过镰仓幕府的军队。

下至日本战国时代，丰臣秀吉曾经在美浓的墨俣筑起一夜城，帮助织田信长完成美浓国攻略。

织田信长也曾在木曾川和长良川汇合处的长岛城多次苦战。

庆长5年（公元1600年）发生了有“关原之战前哨战“之称的河田木曾川渡河之战。

御围堤

在江户幕府建立之初，德川家康对于处于对抗丰臣秀赖的前线的尾张相当重视，他把两个儿子松平忠吉与德川义直分别指派到清州城与名古屋城。为了利用木曾川来加强名古屋城的防守，于是从爱知县犬山市到弥富市的木曾川左岸修建了48km的堤防工事，此即“御围堤”（おかこいつつみ）。此项工程最终于庆长13年（公元1608年）完成，但完成后的木曾川美浓一侧的河堤要低于左岸，从而使得美浓一侧备受水患破坏。

宝历治水

宝历3年（公元1753年）12月，出于削减外样大名经济实力的考虑，德川幕府下令由萨摩藩主岛津重年负责，对外地的尾张藩内木曾三川流域进行分流整治。

次年，萨摩藩任命家老平田靭负为总奉行，负责长良川、揖斐川分流工程，前后历时一年，后世称为“宝历治水事件”。

在治水工程中，幕府为了消弱萨摩藩的实力故意克扣预算，对参加工程的岛津武士进行严格监视，并且多次催逼工期，使得不少武士在治水工程中病死或剖腹自杀，而萨摩藩也背负了沉重的负债。工程总负责人平田靭负也在完工后，担责自裁。这一事件也成为幕府末期萨摩藩积极倒幕的一个远因。

木曾三川分流工程

宝历治水之后，木曾水系水患并未得到解决，甚至在长良川上游，洪水变得更加频繁。进入明治时代后，日本内务省开始在欧洲招雇一些专业水利技术人员对全日本的河川进行整治。

真正让木曾三川分流工程得到实施的是荷兰人Johannis de Rijke（ヨハニス・デ・レーケ，1842年 12月5日 - 1913年 1月20日），他于明治20年（公元1888年）主持实施了“木曾长良揖斐三大河水利分流计划”，通过顺着河流加高河床，并在入海口向下深掘使得三川分离，从而大范围地减小了木曾川水系的水患。

近代以来河川工事

大正时代以来，木曾川由于其丰富的水量以及湍急的水流，被认为是水力发电的合适选择。

大正13年（1924年），在福泽桃介的主持下，在木曾川上修建了全国第一座水坝发电所——大井水坝。

二战以后，日本政府对木曾川的开发从之前单纯的水力发电转为发电治理相结合的综合式开发。木曾川水系上修筑有不少水坝，起到了水力发电、解决用水问题、预防洪水爆发等许多重要作用。