1988年2月，社会主义宪政党改名为宪政民主联盟，本·阿里就任主席。

1989年4月，正式当选总统。

1993年7月，在党的第二次全国代表大会上，本·阿里再次当选为主席。

1994年3月，再次当选为总统，任期5年；6月，出任第30届非统首脑会议执行主席。

1998年7月31日，再次当选突尼斯宪政联盟主席。

1999年10月25日，在大选中获得99%的选票，第3次连任突尼斯总统，11月15日正式就职。

2004年1月，当选为经社理事会主席；10月24日，本·阿里在大选中以获得约94.49%选票的优势，第4次当选连任总统，任期5年。

2005年8月，当选为参议院首任参议长。

2009年，再次连任突尼斯总统。

2011年1月14日晚，本·阿里因突尼斯国内骚乱放弃总统权力，离开突尼斯前往沙特阿拉伯。

2019年9月19日下午（当地时间），本·阿里于沙特吉达市内一家医院病逝，享年83岁。

1989年总统大选成功后，本·阿里开始着手消除反对派根源，尤其是伊斯兰反对派。20世纪90年代，本·阿里开始消灭反对派势力，伊斯兰主义、社会主义和自由主义绝大部分被关进监狱或放逐国外，本·阿里政权完全控制了反对派势力，尤其是伊斯兰主义反对派，其手段和借口是消除恐怖主义，避免邻国阿尔及利亚的伊斯兰主义恐怖事件影响突尼斯。因此，“反恐”、安全和国家稳定成为突尼斯政府长期的口号。

1987年，在内政部和宪法民主联盟的计划和指导下，突尼斯成立了国内外的民间委员会，其主要任务是加强本·阿里政权与宪法民主联盟在民间社会的支持力量，同时监督突尼斯境内外反对派势力的发展。

2002年5月26日，通过民众投票，突尼斯政府进行第二次修法，修法内容主要针对修改选举法、成立议会新委员会，即顾问委员会。这次修法允许本·阿里参加2004年、2009年甚至2014年的总统大选，而且他通过新成立的顾问委员会，获得了更大的立法权。

21世纪初，本·阿里与其领导的执政党——宪法民主联盟，控制了国家机构、法院甚至教育和社会体系。

本·阿里在政治体制问题上，没有盲目照搬西方的民主政治，而是注重把政治民主进程与国情结合起来，对政治改革采取了循序渐进的方针，并在改革中特别重视他所领导的宪政民主联盟的执政能力建设。

本·阿里执政期间，对内推行“以稳定求发展，以发展促稳定”的基本国策，不断巩固宪盟地位，逐步推进政治多元化，使突政局长期保持稳定，经济持续发展。2003年7月宪政民主联盟第四次全国代表大会成功召开，本·阿里的变革路线和执政理念统一并强化了全党思想。

本·阿里政府出台了许多社会福利政策。一，国家实行小学义务教育，使文盲率越来越低，国民素质得到了提高；二，提倡男女平等，鼓励成年女性参加工作，“职业妇女”越来越多；三，实行计划生育政策，鼓励每对夫妇只生两个孩子。

20世纪90年代后，突尼斯政府开始缩小补贴范围，减少补贴费用，分期提高基本食品价格，同时采取措施，保护困难户和低工资收入者的购买力。

在本·阿里执政期间，突尼斯经济得到了长足的发展，国民经济一直保持5%的增长率，老百姓安居乐业。

1995年，突尼斯政府与欧盟签署联系国协议后，突尼斯深化经济结构调整，加快企业升级改造和私有化步伐，同时加强基础设施建设，推进金融领域改革，积极发展外向型经济。

2007年1月，突尼斯政府完成审议关于2007－2011年“十一五”发展计划总体发展模式和政策。

2008年全球金融危机爆发后，突尼斯传统的制造业和加工业仍依靠廉价劳动力作为竞争优势，未及时进行技术革新，在内需不旺的同时又面临国际市场需求大幅减少的窘境，海外投资也相应萎缩，贸易逆差逐步攀升，经常项目赤字在2010年占到突国民生产总值的4.1%。

2010年，欧元区主权债务危机又令突尼斯经济形势严峻，与欧元挂钩的突尼斯货币第纳尔对美元大幅贬值约10%，支柱产业旅游业也受重创，持续小幅衰退。

经济低迷进一步导致突国内就业环境恶化，本·阿里政府无力缓解高素质人才失业问题。

本·阿里政府对外奉行中立、睦邻、不结盟外交政策。

2002年4月16日下午，本·阿里与抵达突尼斯进行国事访问的江泽民在总统府举行了会谈。双方介绍了各自的国内政治经济形势，双方还就国际和地区形势、特别是中东局势交换了看法。会谈后，中突双方签署了7个文件：中国向突尼斯提供无息贷款的经济技术合作协定，中突经济技术合作协定，中突海运协定，中突民用航空运输协定，中突关于避免双重征税和防止偷漏税的协定，中突文化合作协定2002、2003、2004年执行计划，中突关于中国派遣医疗队赴突尼斯工作议定书。江泽民和本·阿里总统出席了签字仪式。

本·阿里执政期间，一直保留着家乡的生活习惯。平常他更乐意身穿家乡的传统服装，喜欢家乡的饮食，特别是苏斯烤鱼。故乡情结使本·阿里的日常生活处处打下了家乡传统的烙印，而他选择的军旅之路也给他日常生活带来了深刻的影响。本·阿里一直还像当年在军校时那样，每天定时早早地起床，沿着总统府的海滨小道进行跑步锻炼和做体操。本·阿里十分精通计算机的操作，他的许多工作都是通过计算机进行的，总统府的重大决定都保留在计算机的硬盘里，随时供他调阅。另外，本·阿里还是一位虔诚的网民，他经常通过互联网了解世界各国的最新动态。

本·阿里前后经历过两次婚姻。第一位妻子为他生了三个女儿。离异后，前妻仍然与总统府保持往来。1992年，本·阿里与第二任妻子莱拉·特拉贝尔西结婚。莱伊拉先后为本·阿里生了两个女儿。

他（本·阿里）凭着军人特有的坚强意志来对待政治生涯中的挫折，一如继往，就像前进中的士兵，眼睛永远盯住前方，没有后退的习惯。（《名人的大学》评）

本·阿里长期执政，从正面的积极因素来说，保持了国家的政治稳定和经济发展。但从负面的消极因素来看，则是造成了严重的个人崇拜、家族腐败和政治黑暗。（中东问题专家王锁劳评）

2011年6月20日上午（当地时间），突尼斯一家法庭开始缺席审理突尼斯前总统本·阿里相关案件。本·阿里夫妇及其家族成员共面临93项指控。法庭以盗窃和非法占有现金及珠宝的罪名缺席判处本·阿里和他的妻子35年刑期，并处罚款6560万美元。