弥吉拜山本为师后，两人就只会基本手法的盲人瞎马地乱下，半个月后弥吉就“什么都会”，把山本杀爆了。于是山本便带弥吉到坊门去，当时家督为本因坊丈策，山本把弥吉夸得比神童还神，本来入门都是让九子指导，但是丈策听是山本教的，于是在四个三三再放一颗，成了让十三颗的“圣目风铃”，结果弥吉仍是大败，本来入门棋没过就不能入门的，但是一旁的迹目秀和见弥吉虽然围地不行，但是死活攻杀却颇有手筋，于是便要求丈策收为徒，于是八岁的弥吉便入坊门了。

入门后，弥吉努力用功，三个月后丈策让他九子被杀的大败。之后弥吉晚睡早起，比其他同年纪的小孩倍加认真，进步快速，十岁得初段。加上入门后，弥吉的父母高兴非凡，认为这是恩赐，每年都重金（相较于村濑家的贫穷）谢礼，丈策、秀和虽然推让再三，还是得收下，于是十四岁的时候，念于人情，弥吉成为秀和的内弟子。内弟子虽比寻常弟子与师父更亲一层，但是却比入室弟子还累，住在师父家，每天如仆人般帮师父处理家务，外出还要帮忙提行李、撑伞之类的。当时秀和刚生小孩，于是弥吉还得帮忙带小孩，一天就只有晚上有一点时间可以陪师父，但是弥吉还是进步飞快，

几年后，弥吉已可对当时独步天下的迹目秀策受先二取得压倒性的胜利，彼时秀策虽只有上手，实力早已达名人，先二能胜，那至少六七段了。

1860年与秀和受先指导三局两胜一和，实力早已有上手，而获得晋升六段，剃度(为了参加御城棋而准备)并改名秀甫，进入“秀”字辈（坊门除了迹目、家督以外，除非是受家督肯定的高段棋士，不然是不可以用某些特定字当名字的，如策、秀等。）

当时秀甫胜多败少，与秀策合称“坊门圭玉”、“龙虎双弟子”。1861年与秀策进行让先十番棋（上手对六段应该是先相先，但是当时秀策实在太强，所以改以让先为手合），成绩如下：

1、秀策　白六目胜

2、秀甫　黑中盘胜

3、秀甫　黑二目胜

4、秀甫　黑一目胜

5、和棋

6、秀策　白三目胜

7、秀甫　黑一目胜

8、秀策　白中盘胜

9、秀甫　黑中盘胜

10、秀甫　黑中盘胜

秀甫六胜三败一和（后来秀甫办的杂志《方圆新法》里面是写七胜二败一和，但这样子是将秀策给降级，如此大事不可能之前都不记载，所以还是六胜三败一和比较可信），得到压倒性的胜利，但是后世从内容来看，似乎秀策只是把这个十番棋当作消遣，而秀甫则“呕心沥血的步步为营”（后来秀甫说的），但是这个十番棋还是证明了秀甫实在坊门第二高手。与大十八岁的秀和、大九岁的秀策合称“三秀”，替江户末期的围棋水平提高非常多，从内容上来看，很多甚至都比现在的职业棋士下得还好（可能因为现在要计时的关系）。

十番棋隔年，秀策因病去世，如果要立再迹目，绝对非秀甫莫属，但是丈和遗孀有意偏袒自己第三子中川龟三郎(五段)，且跟秀甫有嫌隙，于是希望秀和如当初丈和立其师本因坊元丈的儿子丈策为继承人般，立中川龟三郎为迹目，秀和向来优柔寡断，再加上丈和之女户谷花子(秀策遗孀)不希望自己的哥哥成为继承人。且秀和长子土屋秀悦十三岁已经三段，看上去前途无量，于是最后立秀悦为迹目，加上彼时时局极乱，秀和强烈希望秀悦与秀和第三子土屋百三郎要好好保持家业，不要轻易落于外人，所以之后秀悦、秀元两任家督退位后，秀甫都没机会继任。

万延元年（1860）年底，弥吉晋升六段，改名为秀甫，并剃去头发，摩拳擦掌，准备在御城棋上一显身手。此时秀甫已是本因坊门下弟子中棋力仅次于秀策的高手。文久元年（1861），“坊门龙虎”秀策与秀甫下了著名的升降十番棋。秀甫受定先，六胜三负一和，未能升级。

文久二年（1862）八月，秀策染上霍乱去世。延续了二百五十年的御城棋也在那一年永远地终止了。当年的御城棋实际上已经下了，但没有能正式在御城当着将军的面在棋盘上摆出来。秀甫没有等到下御城棋的机会。

秀策死后，秀甫成了坊门棋力最强的弟子，自以为本因坊嗣子非己莫属。秀和亦有意立秀甫为迹目。但是丈和的遗孀看不惯秀甫的操行，竭力反对。丈和的遗孀在坊门颇有势力，秀和对此无可奈何，于是在文久三年（1863）将自己年仅十三、只有三段棋力的长子秀悦立为本因坊迹目。

为了安慰秀甫，秀和有心让他晋升七段，但遭到十三世井上因硕松本锦四郎的反对。锦四郎是本因坊家的“仇人”，曾使秀和当名人棋所的愿望成为泡影。元治元年（1864），秀甫在与锦四郎（六段）的争棋中连胜三局，靠实力升到七段。秀甫的棋力无疑比锦四郎要高出一筹。“天保四杰”之一的伊藤松和在评论争棋时说：“要是锦四郎在争棋中获胜的话，那一天将是围棋的不幸。”

但是，未能当上迹目使秀甫对本因坊家耿耿于怀，借口度假，离开坊门一去不返。秀甫在日本西部越后一带漫游，每天以酒浇愁，弄坏了身体，终于在信州的旅馆里倒下了。有位善良的护士真心诚意地照顾他，二人最终结为眷属。

幕府时期终于在1868年结束了，明治维新使棋手们归还了俸禄。秀和的晚年十分不幸。动荡不安的社会不需要秀和这样冠绝一世的棋技，他在本所相生町自己的土地上建房出租，勉强地维持着一家的生计。明治三年（1870），在一次租房中发生了火灾，把他为数不多的房产和附近的几十所房屋烧个精光。秀和不愿接受他人的接济，便在废墟上筑起简陋的小屋，一个人忍耐着生活下来。

大概是听说恩师家门的不幸遭遇，秀甫于翌年（1871）初回到了江户（东京），探望恩师。师徒在这一年下了最后的八局棋。秀和五十一岁，秀甫三十三岁。是时秀甫执黑与秀和对抗已有绝对优势。秀甫在八番棋中有六局执黑，五胜一负。输掉的一局秀甫已成必胜棋势，但在收官时下出超级“昏着”大损而小负三目。另外的二局秀甫执白，都输了。这时秀甫的棋力还不能说真正赶上了秀和。

秀和于明治六年（1873）7月2日去世，终年53岁。秀和死后，秀甫成了日本最强的棋士。

秀策死后，御城棋停办，上手可以不用剃度，于是在1865年提出升上手的申请，当时井上家家督松本因硕希望跟着升六段，于是两人便举行让先争棋，秀甫三连胜，松本自讨没趣的撤回申请，秀甫升上了上手，当时元老伊藤松和（上手）说“要是松本能赢，那么棋道早已衰弱不振了”。之后秀甫待在坊门也无趣（因为秀悦已是迹目），于是离开坊门开始旅行。

秀甫旅行期间，偶尔也回到坊门探风声，无奈秀和已铁了心要秀悦，但是期间秀甫与秀悦的对局成为秀悦的生涯杰作，而秀甫也在此期间与师父秀和进行了让先十番棋，成绩如下：

1、 秀和　白中盘胜

2、 和棋

3、 秀甫　黑八目胜

4、 秀甫　黑五目胜

5、 秀甫　黑四目胜

至此秀和自知不敌，改为先相先。

6、 秀甫　黑四目胜

7、 秀甫　黑六目胜

8、 秀和　黑四目胜

9、 秀和　白三目胜

10、 秀甫　黑中盘胜

之后秀甫邀当时被义母管得死死毫无法作为的林家家督秀荣（秀和次子）一起旅行，两人在关西地区将盘缠花尽，迫使常常秀荣在旅社作人质，而秀甫出来下赌棋赚钱，狼狈不堪。而两人关系良好也是在此时期打下。

后来秀悦病危，情急中秀荣希望找回秀甫来接任家督（当时虽秀元为家督，其实都是秀荣在管理，而林家也已并入坊门），无奈秀甫不在江户，而秀荣再找中川龟三郎，但是两人谈不拢，于是最后由秀悦三弟秀元接手，不过三段的棋力成为当时棋界笑话。也使江户末期的围棋第二次盛世结束，进入第二次黑暗期。

龟三郎与秀荣谈不拢后，便萌生自创一家的理念，当时分家并不少见，其他三家都有，如井上家的服部家，安井家的坂口家，林家的林家分家；而当时与龟三郎常来往的井上家门徒小林铁次郎则认为已经是明治维新时期了，要做就要现代化，于是由铁次郎发起的方圆社正式成立，原本要请龟三郎做社长，但龟三郎推辞，于是秀甫就被邀约而成为第一代社长，此事也使秀悦更加吃不消，同年传位给秀元，坊门衰落不振，方圆社逐渐掌控棋界局势。

在方圆社举行的围棋大会上，秀甫希望团结四家，共同弘扬棋道，四家向来都是闭门自传，但是方圆社如日中天，也只好含糊答应（当初察元也举办过围棋研究会，但是当时其他三家都不肯拿出真实力）。在会上，上了年纪的松本因硕（六段）强迫秀元替其倒茶、拿烟灰缸，会后秀元十分恼怒，使得之后井上家同意与方圆社合作，而秀元则以“有松本在，本因坊家与之势不两立。”，而使当时棋界不能团结（其实方圆社的势力早已不须四家帮助）。

而之后席次问题再次浮现（秀伯时期也有“棋将席次诉讼事件”），秀荣希望遵循古法，本因坊家为上，但是当时政商名流都支持现代化的方圆社，加上秀元才三段，所以最后在安井算英（安井家家督）的调停下才得以平息。

1880年，方圆社开始发免状（段位证书），免状一向都是传统四家的主要收入来源，方圆社这么做严重威胁三家的生存。秀荣无法，于是以坊门的名义将秀甫、龟三郎等人“驱逐出门”，吊销免状，以泄心头之恨，但也只是成为更大的笑柄，许多坊门弟子纷纷投奔方圆社，使得坊门雪上加霜。

在许多名人富翁的资助下，方圆社发行《方圆新报》、《方圆新法》，成立塾生制度相对于古法的内弟子，最大功劳就是定式手合，以前四家都是闭关修行，技艺不落外人，定式手合则规定固定进行循环战，这个制度促进了围棋发展，更使升段有了依据（以前都靠推荐）；且改段位制为级位制，从一级（原九段）到十二级，主要是为了推广给外国人（因为外国人搞不太懂段位制），促使了围棋国际化。

1883年秀甫受众人推荐升上了准名人（虽然改为级位制，但是只有上手改为三级，二级一级还是惯称准名人、名人），无人反对。两年后，秀荣实在受不了秀元一直无法进步使坊门落魄至斯，于是秀荣继任为第十七世本因坊，五段（三家还是段位制。而秀荣实力早已达上手之谱，只是不受推荐而已）。秀甫听到秀荣继任，大吃一惊，认为此人必成劲敌，方圆社的一个社员高桥杵三郎（五级）不服，于是偷偷与秀荣下战书，不料一场下来大败，逼得副社长龟三郎（三级）出马，仍是被秀荣杀得大败，至此秀荣就出名了，坊门也逐渐复苏，许多名人富商也都同情坊门遭遇而给予资助。

在龟三郎输棋后，加上坊门势力越来越强，秀甫不得不御驾出征，差三段应该要先二，但是秀甫自认不敌，于是最后改为让先十番棋，轰动当时，成绩如下：

1、秀荣　黑中盘胜

2、秀甫　白八目胜

3、秀甫　白二目胜

4、秀甫　白四目胜

5、秀荣　黑三目胜

6、秀甫　白中盘胜

7、秀荣　黑七目胜

8、秀甫　白二目胜

至此不难看出秀甫还是技高一著，于是大家建议他升上名人，如要升，绝无人敢异议，但是秀甫当时忙于推广棋道，认为升上名人后许多事都“述而不做”（因为古代只要一当上名人，就可以不用参加正式比赛，许多事情都可以不用做，或是不予置评，树立如神般的地位），于推广上是个阻碍，加上连个五段的秀荣都只能打成这样（其实秀荣早有上手实力），且秀甫想到当年师父秀和因种种原因不得升上名人，而不愿升上名人，从这点就足见秀甫的伟大了。

之后第九盘秀荣黑12目胜，秀荣的政治家好友后藤象二郎认为此时是合作的大好时候，秀荣自己也知无论也强不过秀甫，坊门也无法势胜方圆社，于是与后藤象二郎讨论后，象二郎不愧是政治家，替秀荣想出的法子表面上是秀荣吃亏，却是着着实实的胜著。于是秀荣照其法与秀甫谈条件，最后两人谈好了条约，内容如下：

本因坊家与方圆社互为独立之团体，两团体地位相等，一起宏扬棋道。

本因坊秀荣以本因坊家的名义授予村濑秀甫准名人免状。

本因坊秀荣将其家督之衔传给村濑秀甫，是为第十八世。

本因坊秀甫以本因坊家的名义授予土屋秀荣（退位后还名）七段免状（当时已无上手之称）。

方圆社的级位制度须取消，改回以前的段位制度。

方圆社、本因坊家不得个别发行免状，须双方同意，并且收入两方平分。

秀甫如去世，本因坊家家督由棋界最强者接手。

看上去好像秀荣毫无所获，但是第一条代表传位给秀甫并非是方圆社吞并坊门，且使坊门以后如失势也免于遭吞并的地步，甚至可以受到方圆社援助。第二条却强烈暗示坊门地位高于方圆社，而第四条则轻松地升上七段，第五条则又再次暗示方圆社的忍让，而第六条则让坊门收入稳定（当时学棋多投方圆社），第七条本是要由秀荣接手，但是讲太明恐危及谈判，于是才这么写，预留了秀荣以后的去路。总之，秀荣利多于弊，且秀甫从小的志愿就是当上本因坊家家督，纵使多年来的辗转，甚至都当上了社长，心中最大愿望还是当上家督，此愿望甚至比当上名人更甚，所以于其他几条根本毫不在乎。

当上家督后，与秀荣下完十番棋的最后一盘，秀荣黑四目胜，两人各胜五盘。十番棋后没多久，这位近代对于围棋现代化最有贡献的伟大秀甫，就得了胃癌去世了。

秀甫死后中川龟三郎继任为第二代方圆社社长，之后秀荣援条约第七条想再次当上家督，遭到天下非议，但是秀荣毫不在乎，也无人敢与之争棋（龟三郎是当时唯一的对手，但是龟三郎已是社长，并不需要冒险争棋），于是秀荣成为第一位当上两次家督的家督，是为第十九世。

近代对于秀甫的评价非常高，不但棋早在秀策时期就已经非常强了，到了明治时期更是超凡入圣，甚至有人认为秀策就算在世也难以对敌。而秀甫对棋界的贡献，也是受到极高的评价，中江兆民在1901年出的《近代非凡三十人》一书也将秀甫列入，且许多外国人也都知道秀甫，当时全日本上下也都把秀甫当作一位伟大的人，历代的棋手没有一个人的地位如此之高的，没有秀甫，可能围棋现代化还要等上个几十年也说不定。

另外秀甫因为当上本因坊家督的时间极短，加上也没做过迹目，使用“本因坊秀甫”的名义非常少，近代多仍称之为村濑秀甫。

秀甫于明治十二年（1879）返回东京，任方圆社的第一任社长。明治十九年（1886）又与本因坊家和解，并于7月30日继秀荣成为十八世本因坊。整整等了二十一年，秀甫终于完成了当本因坊的夙愿。然而秀甫在本因坊位不到三个月，只下了一局棋，在举行庆祝会之前因急病于10月14日去世，终年49岁。

以秀甫为首创立的方圆社是十九世纪后期日本最有影响的围棋组织。“秀甫创立了方圆社，拯救了（日本）围棋。”后世围棋史家对秀甫有这样高的评价。