1949年，调任《新湖南报》副总编，后接任社长兼总编辑。

1953年1月—6月，调任湖南省教育厅常务副厅长。

1953年10月，担任华中工学院副院长。

1954年5月，中共中央中南局批准成立华中工学院党组，朱九思担任党组书记。

1955年6月，华中工学院成立党委，朱九思担任党委书记。

1957年5月—1960年12月，担任华中工学院副院长兼党委副书记。

1960年12月—1972年10月，担任华中工学院党委书记兼副院长。

文革开始后，朱九思受到冲击，下放到农村劳动。

1970年6月，回到华中工学院，领导学院恢复办学。

1972年10—1979年9月，担任华中工学院革委会主任。

1979年9月—1984年12月，担任华中工学院党委书记兼院长；同时还担任湖北省委宣传部副部长、湖北省委文教部副部长。

1980年6月，领导创办了《高等教育研究》杂志；10月，在1979年建立的高等教育研究组的基础上，领导建立了作为实体机构的高等教育研究室（1985年扩建为高等教育研究所）。

1981年，与胡愈之、巴金、楚图南等人发起中国世界语之友会，支持湖北省世界语运动的开展。

1984年12月，华中工学院领导班子换届，从领导岗位上退下，担任华中科技大学武昌分校名誉校长，并一直在高等教育研究所（2000年扩建为教育科学院）担任教授、博士生导师。

2015年6月13日18时9分，因病医治无效在华中科技大学附属协和医院逝世，享年100岁。

朱九思经历了中华人民共和国高等教育发展的全过程，他始终注意思索和探究大学的特点，按照高等教育的基本规律治校办学。1985年以后从事高等教育学专业的教学和科研工作。

根据2004年9月16日第5版《中国教育报》数据，朱九思先后出版学术著作《竞争与转化》《高等教育刍议》《高等教育散论》《高等教育管理》4部，发表学术论文50余篇。

朱九思提出了“大学之本在教师、大学之路在综合、大学之源在科研、大学之魂在学术自由”的办学理念。

朱九思在华中工学院工作期间，改变了学校的学科结构，使其由一所单纯的工科院校向理、工、文、管相结合的综合性大学转变；进行师资队伍建设，在文革中挖掘了很多知识分子，同时又给他们提供合适的平台环境，让当时的华中工学院集聚了一大批优秀教师。

截至2015年6月，朱九思先后指导了12名硕士生和9名博士生，其中包括博士开门弟子、华中科技大学教育学院沈红教授。

1945年日本战败以后，朱九思离开部队转业到热河担任《冀热辽日报》副主编（后任主编）进行宣传工作，他被派到哈尔滨采购纸张，在那里遇到了自己后来的妻子王静，两人在1947年秋天回到热河，并于1948年1月结婚。

朱九思在原华中工学院领导岗位上工作31年，用他的睿智和高瞻远瞩，为当时的小型工学院发展成今天的高水平研究型大学作出奠基性贡献。（《楚天金报》评）

朱九思倾注自己的全部热情和精力，发挥自己的全部聪明和才智，殚精竭虑，不断进取，带领华工人，立足国情，放眼世界，敢于竞争，善于转化，奠定了华中工学院实力的基础，实现了华中工学院发展的重大战略转变，使新中国在院系调整背景下创办的这所工科大学迅速崛起，成为国内外瞩目的综合性、研究型的国家重点大学。（武汉大学校友总会评）

朱九思主持华中工学院工作30余年，为学校的建设和发展作出了特别重大贡献，其教育思想和办学实践对中国高等教育改革与发展产生了重要影响。（华中科技大学新闻网评）

2011年，中国国内首部描述朱九思先生及其教育理念的专著《朱九思评传》出版。

2015年农历正月十八，在朱九思99岁的生日之际，77万余字的《朱九思全集》由华中科技大学出版社出版。

2016年2月25日，是朱九思同志诞辰100周年纪念日。华中科技大学召开纪念朱九思同志诞辰100周年座谈会，重温历史、总结经验、研究思想，并拉开了教育思想大讨论的序幕。校党委书记路钢主持会议。