个人的遭遇，国家民族的苦难，使朱仲玉对国民党政府失去了信心，因此经常在一些报刊杂志上发表文章，讽刺国民党政府的腐败，发泄自己的牢骚，结果引起了国民党特务的注意，被列入准备逮捕的黑名单。一个了解内情的十九中老同学给朱仲玉通报了消息，叫朱仲玉赶快逃走。当时朱仲玉跟上海《前线日报》主笔曹聚仁过往比较密切，就请他帮忙寻找活路。他介绍朱仲玉到缅甸仰光《中华商报》去工作，给朱仲玉写了介绍信，还通过他的老朋友外交部驻沪特派员叶公超给办了出国护照。这样，朱仲玉才偷偷逃离上海，到了缅甸仰光，在挂着“中立”招牌的《中华商报》任副总编辑。不久，又在缅甸华侨中学兼任中文史地教员。1948年下半年，一位在仰光进步报纸《人民报》工作的李军同志经常主动与朱仲玉接触，告诉朱仲玉“中立”的道路走不通，应当旗帜鲜明地站在进步阵营这一边。后来朱仲玉才知道他是中国共产党驻缅甸支部的负责人。在他的教育下，朱仲玉逐渐醒悟，于1949年1月正式接受党所分配的任务，脱离《中华商报》，转到民主同盟驻缅支部创办的《新仰光报》工作，开始参加爱国民主运动，为祖国解放奔走呼号。朱仲玉的活动遭到了国民党反动派的嫉恨，在朱仲玉回家的半路上对朱仲玉进行突然袭击，打伤了朱仲玉，并勾结缅甸政府将朱仲玉驱逐出境。当时因朱仲玉妻曾柏熙正要生产，拖延了一段时间，到1951年，朱仲玉终于回到了阔别四年之久的祖国，开始了新的生活。从1952年开始，朱仲玉先后在甘肃天水铁路中学、河北石家庄铁路学校、北京第八女子中学教书，1956年被任命为女八中教导主任，1960年调到北京教师进修学院任教，并主编北京市使用的中小学历史教科书。“文革”期间，由于朱仲玉有一段流浪海外的经历，又由于朱仲玉在回国后写了不少文章和书籍，更由于与北京市副市长吴晗过往比较密切，因此备受冲击。经过不断批斗以后，下放通县麦庄公社劳动改造。1970年，调回城里，分配到第156中学控制使用。1976年，落实政策，取消“文革”期间强加给朱仲玉的种种罪名。1979年，调入北京师范大学史学研究所任副教授，从事史学研究工作，培养中国史学史专业的硕士研究生，并负责编辑《史学史研究》季刊。