1922年6月，陈炯明叛变孙中山先生，唆使他的部将叶举炮轰观音山总统府，孙中山先生避居永丰舰。当时广州秩序大乱，航空局也在无形中解散了，朱卓文前往香港。当年冬天，杨希闵、刘振宇等率滇桂军由广西入粤，驱逐陈炯明叛军，而这时民军又汹涌起来，情形和辛亥革命时期相似。朱卓文遂立即返回香山县，组织了一支队伍，自称为“中央直辖讨贼军”，自封为总司令，其实当时全军不足两百人。

朱卓文的所谓“讨贼军”究竞是怎样成立的呢？原来陈炯明有一连步兵，隶属陈应权的独立旅，连长是伍湛，驻军在广州东堤惠州会馆。陈炯明失败后，陈应权率领大队人马，退出广州，留这一连步兵，跟不上大队。事情被中山张家边人吴庆珊知道。吴曾做过护沙营长，和朱卓文往来极密，乃使友人曹询鲁和伍湛讲条件，劝其归附朱卓文，应允升他为营长，并先发给薪饷两个月。条件讲妥后，伍湛即改换了番号，在惠州会馆竖起了“中央直辖讨贼军独立团第一营”的招牌。曹询鲁原是惠州和平县人，和陈炯明的下级军官颇有往来，朱卓文“讨贼军”的组织，他奔走得最为卖力。他帮助朱卓文收编了伍湛之后，接着又收编了罗九臣一营。罗九臣是湖南人，部下多湘中子弟，枪械颇完备。“讨贼军”组编后驻于广州东堤一带，配合滇、桂军赶走了陈炯明。

滇、桂军入驻广州后，因地盘和利益问题，不时和民军冲突，甚至用大鱼吃小鱼的方法，使用暴力，收缴民军的枪械。朱卓文见到形势险恶，难以立足，于是带队离开广州，打算到家乡发展。到顺德陈村后，又由于周之贞的介绍，收编了周家谟一旅人，浩浩荡荡向石岐进发。

当时，驻防石岐的军队，有魏邦平属下一个独立团，团长是魏靓明。该团有三个步兵连和一个炮兵连，拥有六门迫击炮及轻重机关枪等，是一支实力较强的军事力量。当滇、桂军东下的时候，魏靓明早已趁机宣布独立，将石岐各税收机关甚至香顺沙田清佃局和香山分庭的推事、检察官，都安排人接替，俨然一个土皇帝模样。当闻知朱卓文的“讨贼军”开来石岐，乃于狮滘口一带严阵以待，不许朱卓文开人。后来经过多次磋商，魏靓明始允朱卓文在城外设司令部办公，但由于朱卓文无税可收，对所统的杂牌军队，无饷可发，因此，驻扎不够十天，便和魏靓明的军队因争夺地盘起了冲突。但魏军人强马壮，不消两三个回合，便把朱卓文的“讨贼军”打得落花流水了。正在前途茫茫之际，魏靓明忽然接到魏邦平在广州被扣的消息，他为了保存实力，就把全团队伍撤离石岐，星夜开往他的家乡海洲驻扎。朱卓文得到报告后，当然喜出望外，立即命令所属队伍，尽数开入石岐驻防。接着他派人接收各个税收机关，同时将司令部重新组织。他任用自己的妹夫邓鼎封为参谋长；张发歧、杜干戎等为参谋；何雨杰为副官长；甘伟纪、刘健、曹询鲁等为副官；郭敏卿为军需处长：梁德功为小榄军需分处长；郑国屏为秘书处长；周家谟为“讨贼军”第一旅旅长；吴庆珊为第一独立团团长；统辖伍湛、罗九臣、王彰三个营。

当时中山县长一职由杨广达担任。杨广达是北台乡人，檀香山归侨，曾在檀香山支持孙中山先生革命。在此之前是吴铁城担任县长，后因吴改任广州市公安局局长，遂荐杨广达接替。朱卓文进驻石岐后，杨鉴于形势对自己不利，因请辞职。于是，孙中山就委任朱卓文为县长。

1923年，朱卓文担任县长之后，做过一些好事。

一是继续拆城建路。香山县城原来范围较小，街道窄，交通不便，为了发展工商业，吴铁城任县长时，于1921年11月倡议拆城建路，先从西门楼拆起，直通天字码头。翌年8月吴氏调任广州市公安局局长后，拆城行动就停了下来。朱卓文任县长后，继续领导拆城工作，他还组织拆除道路两旁商户骑楼，建成孙文西路，但路线测定后，又复修改，工务局的人员乘机舞弊，以致道路筑成后，弯弯曲曲，为人们所诟病。同时，朱卓文还发动建立了电话系统，沟通了县内、外信息，促进了工商业的发展。

二是破除迷信。朱卓文先是把仁山前面的城隍庙改建为香山县府。拆庙时，建筑工怕读犯神灵不敢动手，朱卓文就从监狱里提出20名囚犯，亲自督带到庙里，犯人开始也不敢拆神像。朱卓文遂拔出了手枪，向城隍庙神像放了几枪，犯人才敢动手将各神像击碎。据说，当拆到城隍正身像时，泥土内藏着一堆白银，朱卓文即令一一过秤登记人库。此事在铁城居民中一时传为佳话。

三是好打抱不平。一次，朱卓文返回西桠家乡，路上正好碰见一辆小车，追赶着一个骑自行车的下栅乡民。当小车截住乡民时，三个警察便下车勒令乡民交两元岐关车路费，否则就要抓人。朱卓文问明情况后，批评警察说，县政府已经统一收取了筑路费，你们又巧立名目乱收费。乡人一时交不出，你们就要抓人，简直无法无天，明天我要见你们公司经理。事后，朱卓文批评岐关车路公司，“不恤民困，违背政府定章，滥加税收，其收费竞超过县府所收者四分之一”。几天后，县政府贴出布告，取消自行车车路费，乡人拍手称快。

然而，朱卓文在任内，曾以筹饷为名，大开烟馆和赌馆。牛牌、牌九、十二位等赌具，应有尽有，大街小巷赌馆林立。烟馆也是五步一楼，十步一阁，风气之坏，前所未见。此外，他对于商人亦多方压迫，因而得罪了一些人。1923年7月间，香山县有一部分不服朱卓文的商人，勾结滇军团长董鸿标，趁当时朱卓文的兵力分散，石岐驻军不多，派兵一营向港口方面佯攻，另派兵两营，绕道十八乡，直赴石岐围攻县政府。朱卓文听到港口警报，即抽调儿百人前往堵截。不料董鸿标军队的主力已到石岐城内，朱卓文和女儿朱慕菲，率卫兵退守县府后院仁山，经仁厚里往东乡退走家乡西桠村。随行仅得卫队阿董一人，其狼狈情形可想而知。

董鸿标赶走朱卓文后，自称县长，向商民勒收税饷。后来孙中山大元帅府令董鸿标将防地交回给朱卓文接管，滇军总司令部也下令董鸿标撤防。朱卓文遂又集合队伍，进兵石岐，准备复职。不料董鸿标军队不听命令，拒绝朱卓文入城，双方队伍在南门外华陀庙一带布防设阵，准备战斗。后来由商会出面调停，送给开拔费三万元，董鸿标军队才全部退出。朱卓文复任不久，因省方调他任广东省审计局局长及广东兵工厂厂长，这才下台离开石岐。

1925年8月20日，国民党左翼领袖廖仲恺在广州被凶徒刺毙，朱卓文因和廖案有关而受到通缉。朱卓文连夜逃出广州，路经顺德三山、石壁时，被“大天二”潘全掳去。他见了潘全，承认自己是朱卓文，以为会得到赏面释放。但潘全却要勒索港币十万元，另开门利是二万元和金庄鸦片烟五十两，方许赎身。朱卓文无法应付，其心腹伍子溪便极力奔走，到九江著名匪首吴三镜处，请他向潘全讨个人情，救朱出险。吴三镜和潘全商量了几次，潘全总不答应，未几又把朱卓文转移到高明县一个深山里藏起来，大有不赎不休之势。后来朱卓文趁看守他的土匪熟睡了，才逃出贼巢，逃到鹤山，可巧得到当地的“何老二”招待，并得其帮助被护送出境，旋即潜返石岐，转往香港新界上水他的“粟园”住了一段时间。

可是，对于刺杀廖仲恺，朱卓文到底有无参加？主犯是谁？至今还是扑朔迷离。有的历史学者认为朱卓文没有参与刺杀廖仲恺，连台湾学者也有持这种观点的。台湾黎东方所著的《蒋介石全传》第162页写道：“朱卓文不曾下手！也不曾转令他人下手，确是事实。下手杀害廖的是陈顺，陈顺当时已中枪而死，没有说出谁是主谋。”所以说，没有证据证实朱卓文参与刺杀廖仲恺。

而熟知内幕者认为朱卓文是刺杀廖仲恺的主谋。其理由是：朱卓文性情粗暴，刚愎自用，生平好杀人，手下有两个打手，一人名叫伍子溪，一区大涌乡人，一人名叫陈细，广州人。他们两人枪法极准，弹无虚发。广东全省公路处处长陈达生，是陈炯明的兄弟，在广州被刺毙命，香山商会副会长黄咏初在石岐西市口被刺毙命，都是伍、陈两人奉了朱卓文命令所为。国民党右派人物，对于孙中山先生联俄、联共、扶助农工的三大政策，当时表示反对：对廖仲恺联俄和农民运动，更是仇恨，因而秘密商议，决定暗杀廖仲恺，推举朱卓文执行，朱卓文便一声答应。朱卓文和郭敏卿是最好的朋友，便向郭敏卿借来左轮手枪一支，并吩附伍子溪、陈细，及另一个马仔陈顺，一共三人执行这项任务。

三人奉朱卓文命令后，在国民党广东省党部附近埋伏，伺机行事。到了正午时候，廖仲恺和陈秋霖乘坐汽车到这。伍子溪远远望见，立即打个暗号指挥陈细、陈顺两人准备行动。廖氏到达党部，汽车刚刚停下，陈细、伍子溪便抢前拔枪射击，廖、陈两人当场被击中要害毙命。陈细、伍子溪见得手后，即分头逃跑了，留下陈顺被卫兵击至重伤，未几毙命。遗下的手枪，被卫兵执获，后在公安局查对枪照，知是郭敏卿的自卫枪，遂按址拘获郭敏卿，郭供出此系朱卓文所借用。后来郭敏卿被执行枪决，而朱卓文则闻风早已逃去，廖仲恺案遂告一段落。

1931年，西南政务委员会成立之后，唐绍仪兼任中山县长。此时朱卓文的通缉令已随着局势转变而松懈和缓了，于是朱卓文又回到石岐活动。1933年冬间，陈济棠策动县兵索饷倒唐，陈济棠部属梁鸿光趁机做了中山县长，朱卓文改名为朱式武做了土地局长。梁鸿光上任几个月后便在任上死去，县长换了杨子毅。杨子毅上台后，改局为科，把朱卓文的局长一职也一并裁撤。这时候，朱卓文对陈济棠割据一方不满，乃召集了一班失意军人、政客在他的寓所谈天说地、议论政事。同时秘密与第一集团军总咨议袁带、粤海军参议蔡滕辉等，商议组织“大同救国军”，企图在广州举事夺取政权。

1934年夏，广州市公安局的侦缉队发现此案后，局长何荦即把情形报告“南天王”陈济棠，陈济棠大为震惊，认为这是一件大事。原来陈济棠最怕人搞民军，认为朱卓文是惯于搞民军的人，是一个非常危险的可怕人物，必须及时除掉。于是密电驻防石岐的独立团长梁公福，令他立即逮捕朱卓文。梁公福接到密电后，不动声色，即日具柬邀请朱卓文在悦来路张添记酒家宴饮，席间梁公福出示“手令”给朱卓文看。随后朱卓文便被带到长堤的江南酒店团本部扣押起来，入夜又被押解到民生路的刘氏宝亭祠某营部内。

据说，当时居住在澳门的孙中山元配卢夫人是朱卓文的干妈，她知道此事后，即着人去找陈济棠救人。陈济棠恐怕夜长梦多，事久生变，立刻密令梁公福就地枪决朱卓文。于是，梁公福连夜将朱卓文押解到石岐南下华陀庙的后山枪决了，并将尸体移置车站的路旁。事后，对外声称因他逃走，被守兵枪击毙命，以掩人耳目。