1913年10月，朱庆澜被任命为护军使兼民政长。

1914年5月，民政长改为巡按使，他仍兼该职。6月，护军使名目裁撤，朱庆澜改任镇安右将军兼巡按使，督理黑省军民两政。

1915年袁世凯帝制自为。9月，朱庆澜列名段芝贵等十四省将军通电拥袁称帝，12月被袁世凯封为一等子爵。

1916年5月，黑龙江第一师师长许兰洲和其参谋长李景林串通一气，乘袁世凯复辟失败之际谋夺巡按使职位，鼓动部下威逼朱庆澜让贤，朱庆澜被迫离职。朱庆澜在黑龙江省主政四年，政绩为黑龙江人所称道。黑龙江马贼猖獗，不断攻城破邑，朱庆澜除亲率骑兵追剿外，并在各县编练保安队清乡，社会秩序随之安定；民初黑龙江人烟稀少，朱勘测荒地，减赋招收冀鲁饥民开垦，逐渐成为中国粮仓；沙俄不断越界侵略，朱庆澜督工建成工程艰巨的嫩（江）漠（河）公路，以固国防。从这时起朱庆澜即注重社会救济事业，在省城办有女子教养院、孤儿院、博济工厂等。朱庆澜生活俭朴，离职时骑马挎刀带随从一人至昂昂溪乘火车入关，其朴素风貌在黑省传为美谈。

1916年6月，袁世凯病死，黎元洪继任总统，段祺瑞任国务总理。独揽大权，为借助朱庆澜的声望，收拾袁世凯称帝时宣布独立的西南局面，于同年10月任命朱庆澜为广东省长，加卓威将军衔。朱庆澜到任广东时，形势极其复杂而棘手；桂系陆荣廷所部进兵广东驱逐龙济光后，即派其部下陈炳焜任广东督军，桂系军队控制省城、东江、西江地区；倾向国民党的李烈钧率滇军两个师驻防韶关和北江地区；此外还有龙济光留下的地方保安队和辛亥时期的民军散驻各地。陈炳焜排斥异己，从不补给，这些部队就各在防地筹饷，与当地人民发生了矛盾。朱庆澜同情这些部队的处境，以省长名义发行“救国公债”，予以接济。同时，将保安队四十营编成省长亲军，委国民党人陈炯明为警卫军司令，归省长指挥调遣，以增强对抗桂系的实力。

1917年7月，张勋拥溥仪复辟。朱庆澜首先发电声讨，同时为反对以段祺瑞为首的北洋军阀集团毁法，派员赴上海欢迎孙中山以广州为根据地领导护法运动。孙中山乘应瑞舰到达汕头，派章太炎先行至广州接洽。为保卫孙的安全，朱庆澜派警卫军统领国民党人魏邦平兼任广州警察厅长。同时李烈钧亦电方声涛、张开儒率滇军两个师集结广州郊外，在这种情况下孙中山抵穗时，陈炳焜被迫与朱庆澜一道去江岸迎接。同年8月，国会议员在广州召开非常会议。9月，选孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷、唐继尧为元帅，成立军政府，与北洋军阀政府展开斗争。朱庆澜倒向孙中山方面，使段祺瑞十分恼火，便发表朱庆澜为广西省长，朱以广东自主为由拒绝接受。桂系始终把朱庆澜看作眼中钉。这时，陈炳焜借口军事时期，军权必须统一，要求改编警卫军，朱被迫交出二十营。陈为挤走朱，吞并其警卫军，策动肇阳罗镇守使李耀汉起兵驱逐朱庆澜。朱将省长印交与省议会，将警卫军交给陈炯明，未理睬陈炳焜，即回上海。从此，孙中山为首的国民党人有了一支自己的正规武装。

此时朱庆澜以国事纷扰，难有作为，遂联络有志之士从事教育事业，在祖籍绍兴市柯桥镇创办渔后村小学。在第二故乡锦州市创办成德女子中学，其夫人徐雅志在沈阳协助阎宝航办贫儿学校，接着又创办崇德女子中学等。

1921年11月，列宁领导的苏俄政府宣言放弃庚子赔款并将中东铁路交还中国。当时张作霖任东三省自治保安总司令，提出保境安民口号，延揽人才，整顿内部。朱庆澜两度在东北任职，素有贤名。经孙中山推荐，张作霖于1922年10月任命朱庆澜为中东路护路军总司令，拨出四个旅归朱指挥，分驻满洲里至绥芬河铁路沿线。12月，东三省议会联合会划中东路沿线为东三省特别行政区，张作霖又任命朱兼特别区行政长官，所有区内军警、外交、司法、财经、教育等机关均归朱管辖。

时苏俄红军正与白俄军在远东交战，为防止白军利用中东路对红军作战，朱庆澜在中俄边境实行戒严，将退入我国境内的谢米诺夫等白军予以缴械，从而保持了东北地方当局对赤白两军战斗中的中立立场。随后，张作霖决定甩开曹锟的北京政权派代表与苏联直接谈判，而苏联亦正视张作霖系东北实际统治者事实，希望取得中国地方政府的承认，经朱庆澜协同张作霖派出的全权代表郑谦与苏联全权代表库兹涅佐夫多次谈判，于1924年9月终于签订了《中华民国东三省自治政府与苏维埃联邦之协定》(即《奉俄协定》)，规定：(一)中东铁路六十年后由中国无条件收回；(二)中东铁路理事会由奉俄会商解决。

朱庆澜在东省特区任职期间，不仅协助张作霖收回铁路共同管理权及特区境内的土地和森林资源经营权，而且排除英、日帝国主义者的干扰，促进东三省地方当局与苏联和平共处。同时，朱还促成东三省当局与苏方签订收回松花江、黑龙江航行权协定，由朱庆澜召集哈尔滨市绅商组织“戊通公司”，购买大批船只航行两江流域。商民为了表示对朱庆澜的感戴，将吨位最大的一只船命名为“庆澜”号以志纪念。此外，朱对哈埠市政建设、振兴实业、繁荣市场、发展文教事业亦有贡献。由于朱庆澜不同意张作霖穷兵黩武政策，在第二次直奉战争爆发前辞职离哈。

1925年冬，张作霖战胜直系，控制了北京政权，曾任命朱庆澜为胶澳商埠督办，朱以军阀混战不息，难以从事建设，婉辞谢绝。从此即脱离军政界，献身于社会救济事业。1927年，北伐军与张作霖安国军作战，山东、河南沦为战场，两省旱魃肆虐，又加贪官无穷搜刮，致饿殍遍野。朱庆澜一面组织灾民赴吉、黑垦荒，一面又联合平津各慈善团体，成立华北慈善联合会，募款一百八十万元。朱庆澜亲赴哈尔滨劝募和购买赈粮运往灾区，救活灾民数百万人。1929年，南京国民政府任命朱庆澜为赈务委员会常务委员。东北行政委员会任命朱为东北赈务委员会委员长。1930年，蒋、阎、冯中原大战期间，陕、甘遭受特大旱灾。朱庆澜又通过华洋义赈会、佛教会及华北、东北各慈善机关进行募捐，从东北募集赈粮十六万担，亲自押运通过交战军防区运往西北，使灾民得以延命。同时，朱还在西安、扶风等地设置教养院，收容无家可归的儿童上千人。蒋介石亦于1931年春任命朱庆澜为监察委员，朱鉴于国民党内派系斗争纷扰，以赈务繁忙为词，拒绝就任。由于军阀连年混战，水利废弛，致是年夏长江堤防溃决，沿江六七省均发生水患，受灾民众五千万余人。南京国民政府成立救济水灾委员会，并发行救灾公债，募集巨款，朱任常委兼灾区工作组主任，主持以工代赈修复沿江堤防。

1931年5月，因蒋介石软禁胡汉民，国民党分裂为南京和广州两个国民政府。正当宁、粤两军在湘南开战之际，日本帝国主义发动“九一八”事变。朱庆澜于9月20日代表全国五千万灾民致电蒋介石、张学良、汪精卫等党政要员，呼吁举国团结奋斗，同舟共济。留在关外的东北军余部和蜂起的民间武装仍以义勇军的名义在各地与日本侵略者进行战斗。流亡关内的东北各阶层爱国人士高崇民、阎宝航、杜重远、卢广绩、车向忱等组织“东北民众抗日救国会”与“辽吉黑民众后援会”，募集钱款、物资援助义勇军抗战和安置东北难民。朱庆澜被推举为后援会会长。

1932年1月，日寇对上海发动进攻，南京国民政府迁都洛阳。4月召开国难会议，朱庆澜应邀与会。是年7月，广东又发生粤系军阀陈济棠、陈策混战。朱庆澜与查良钊代表全国废战会议赴粤劝阻。1933年初，日本帝国主义侵略魔爪伸向热河，张学良对过去执行不抵抗政策有所悔悟，决定率兵与日军一战。黄炎培、穆藕初、朱庆澜、熊希龄、杜重远等发起组织“东北热河后援协进会”，推选朱庆澜为会长，周作民为副会长，积极展开援助工作。同年2月，行政院代院长宋子文由张学良陪同到承德，对驻热河的将领进行动员并部署作战事宜。黄炎培、穆藕初、朱庆澜等几位年届花甲的爱国老人在杜重远等陪同下也深入汤玉麟、万福麟两军团阵地慰问。他们回平不久，承德竟于3月4日失守。张学良引咎辞职，由何应钦代理北平军分会委员长，而何竟于5月31日与日方签订了《塘沽协定》。在泰山蛰居的冯玉祥乃愤起前往张家口，联合中共收容退入察哈尔的东北义勇军，组建“察哈尔民众抗日同盟军”。蒋介石、何应钦为扑灭抗日同盟军，调兵遣将进行包围封锁，朱庆澜却从募集来的抗日捐款中电汇十万元予以资助。蒋介石闻讯非常恼火，CC系控制的宣传机器为破坏朱庆澜的名声，捏造朱庆澜在后援会有贪污嫌疑。朱庆澜一贯廉洁奉公，查不出贪污事实。何应钦根据日本要求，于7月15日将“辽吉黑民众后援会”查封。朱庆澜屡遭打击和污蔑，非常伤心，遂隐居寺院念佛。这期间，他在西安大兴善寺办理了受戒讲经事宜，遍游西北名山古刹，曾组织慈善界整修西安市南郊大慈恩寺及寺内大雁塔、长安县大兴教寺，及该寺唐玄奘师徒三人塔院、眉县法门寺及斜塔、华阴县少华寺及白水县仓颉庙。影印《碛砂大藏经》等，对保存西北文物古迹作出了一定贡献。

1935年冬起，日本帝国主义加紧吞并华北的步伐，朱庆澜经冯玉祥等推荐，于1936年出任国民政府赈务委员会委员长。1937年“七七”事变爆发后，朱以极大的爱国热情主持战区难民的救济和转移工作。他虽年过六旬，仍然冒着日军炮火和飞机轰炸的危险，奔波于郑州、开封、许昌及陕、甘、川等地，为救济难民忘我地工作。朱除在后方许多城市设难民救济站外，还在洛阳、西安、汉中、万县等处设立难童教养院，收容失去亲人的幼童。

1938年5月，日军攻陷徐州、开封，国民政府军委会为阻止日军沿平汉线直趋武汉，下令掘开黄河大堤，水淹日军，造成黄泛区一百三十余万人无家可归。朱庆澜建议运送灾民至陕北黄龙山开垦谋生，得到国民政府批准，任命朱庆澜为黄龙山垦务局长，由政府拨款实施。他于1939年春亲往陕北勘察，主持开荒事宜。这时中共陕西省委为开辟渭北的工作，曾派党员和进步人士进入垦区工作，朱庆澜均予掩护。来陕的中共东北特委领导的抗日救亡团体成员和东北抗日烈士家属亦多受到朱的庇护和照顾。他为抗日和救灾昼夜奔忙，以至积劳成疾，咯血不止。

1941年1月13日病逝于西安，陕人举行公祭后，遵照其遗嘱将他葬于终南山麓。

在近代文化文物保护方面，朱庆澜功绩卓著。他走到那里，保护修复到那里博北至黑龙江哈尔滨有他修建的极乐寺；南到上海，有他保护的静安古寺。在陕西朱庆澜更是建树众多。从1930年起，朱庆澜主持维修的文物古迹有华严寺塔，兴教寺玄奘、窥基、圆测诸师塔，大雁塔。许多著名的寺院如大兴善寺、青龙寺、千福寺及泾阳大寺、岐山太平寺、扶风法门寺等，都留下了他维修的记录。

民国二十四年（1935年），上海电通影业公司拍摄的以宣传抗战为主题的电影《风云儿女》，其主题歌由田汉作词，聂耳作曲。但田汉的歌词并没有确定歌名，聂耳从日本寄回来的歌词谱曲的名称也只写了“进行曲”。作为电影《风云儿女》投资人的朱庆澜，在“进行曲”前面加上了“义勇军”三个字，把该曲命名为《义勇军进行曲》，从此，这首抗战歌曲传唱至今。

电影《风云儿女》由朱庆澜出资拍摄，后朱庆澜将主题曲命名为《义勇军进行曲》。

冯玉祥：“朱子桥，老将军，我民国，大伟人，一生最清廉，行兼智仁勇。只知有国，不知有身，公而忘私，识远器深，宽厚为怀。勤劳诚恳。四川、广东、东三省，所到之处留美名。……大仁大义，一片慈心，全国人民记在心中。”

程潜：“千万一时尽，家无升米私。勤惠本天性，私谥复何疑？此老真倔强，致身惟利物。”

辛培林：“综观朱庆澜的一生，他虽然也和其他人一样，无法脱离时代和阶级的局限以及社会环境的影响，但历史应该予以充分肯定和高度评价的是，他不仅是一个爱国、廉洁的官吏，而且还是一个追求民主、进步和光明，并对我们的民族和国家作出了应有贡献的志士仁人。”

朱庆澜曾在民国二十年（1931年）至民国二十二年（1933年）间秘密出资捐助朝鲜半岛独立运动及参与保护金九等人。1968年3月1日，韩国政府授予他“韩国建国勋章”。授勋证书大意为：“朱庆澜将军在韩国自由独立运动中，在物质与精神两方面给予了积极的支持，为韩国建国做出了巨大的贡献。根据宪法赋予总统的权限，授予建国勋章和奖状。”署名者为时任韩国总统朴正熙。由于各种历史原因 , 这份纪念品直到1984年秋 , 才由海外经香港转送到了朱庆澜的家人手中 。

父亲：朱锦堂，字星桥。少时读四书五经，成年后娶绍兴人潘氏为妻。太平天国运动发生时，携眷北上，游幕于山东，历聘各郡县主管刑事，所到之处宽厚有仁声。后续娶董氏。六十二岁时去世。

母亲：董氏（约1854-1887），山东鲁南某县人。十九岁时，因家乡遭旱灾，随父母弟妹逃荒，路过历城，应聘为朱锦堂继室。董氏聪慧俭朴，教子有方。三十四岁时在贫病交加中去世。

弟弟：朱庆恩

夫人：徐雅志

长子：朱权

女儿：朱德君

朱庆澜在任广东省省长期间，亲自编写《家庭教育》，在民国六年（1917年）由他捐资印刷出版。该书用白话文写成的。文字通俗易懂，语言生动流畅，被认为是中国近代教育史上“一部很有特色的家庭教育书籍”。

朱庆澜生前曾表达愿葬在秦岭一带的意愿，故在他去世后，家人将其葬于陕西省长安县杜曲乡东韦村（位于终南山麓）。

朱庆澜纪念馆位于陕西省宝鸡市扶风县法门寺博物馆前院的唐茗宫内，2006年建成。