朱敬文教育基金会成立后，1986年先生患病，基金会由其夫人杨畹珍、长子朱恩馀、著名律师黄乾亨为董事，具体工作由朱恩馀先生主持。鉴于当时香港社会日趋繁荣，逐步将资助对象转向祖国大陆。资助的高校计有苏州大学、南京师范大学、扬州大学、江苏师范大学、南京中医药大学、安徽师范大学。1999年以来，基金会每年资助金额总数达300万元，每年资助学生近3000人。

1996年朱敬文先生在香港逝世，其子女(四男五女)共聚香港决定继承先生遗志，将其财产献给基金会，敬文先生子女及其配偶均为基金会顾问，朱恩馀先生、朱恩培先生及黄乾亨律师为董事，使基金会工作延续下去，为祖国培养人才而贡献力量。

2002年，朱敬文教育基金会重新在香港注册登记，成为可接受外来资金赞助的教育基金会。