朱文元是省政府重点学科学术带头人，中华医学会皮肤病学会实验皮肤科学副组长，江苏省和南京市皮肤病学会委员，江苏省性学会委员，美国和日本皮肤病研究会会员，《中华皮肤科杂志》、《临床皮肤科杂志》常务编委，《国外医学皮肤病分册》特约编委，《皮肤病与性病》编委。

分别被国务院和江苏省政府授予有突出贡献中青年专家称号，1995年被省教委评为科技先进工作者。亭受政府特殊津贴。70年代报告7个国内首次报告的临床病例，如淋巴瘤样氏疹病。透明细胞棘皮瘤，获得性胎毛增多症等，填补了国内空白。80年代在国内首次报告猪小孢子菌所致的脓癣，发现其大分生孢子表面有稀疏短突，两端有颈圈，有诊断价值，并发现脓癣有混合感染，该项研究病例有新发现，处于国际领先地位，1987年获省科技进步四等奖。发现经氨苯砜治疗17-37年达临床治愈麻风的胫神经中仍有特异性病变和麻风杆菌，发现联合化疗比氨苯砜单疗效果好，并提出了神经内麻风病变不易消退的原因，这对治愈麻风和防止复发提供了科学依据。该研究以后被日本和英国学者所重复，该成果1989年获省科技进步三等奖。90年代用聚合酶链反应检测某些皮肤病中人乳头瘤病毒(HPV)DNA，发现外阴部脂溢性角化病、尖锐湿疣皮损真皮及皮损经液体氮和激光处理后仍含有HPV，对疾病的诊治提供了科学依据，此方面的多数论文在美、日刊物上发表，该研究处于国际先进水平，1992年获省科技进步三等奖。