崇祯十一年（1638），清兵攻下山东各州县，昌祚年12岁，被掳往北方。后隶属于汉军镶白旗，官至宗人府启心郎，顺治元年（1644），随清兵入关，十八年（1661）由工部侍郎任浙江巡抚。主要政绩有平盗贼、减赋税、免欠饷、抚难民、除兵役等12项，均载入史册，被称作名宦。在任期间，大旱不雨，灾情严重，他劝说富户献粮，请求朝廷赈济，自己也得捐出俸禄救济灾民。由于他的积极操劳，得以全活的民众达数10万人。3年后，迁江西总督，未到任。再迁兵部尚书，督燕、鲁、豫3省。此时辅政大臣鳌拜肆意圈地，令昌祚及尚书苏纳海、巡抚王登联理其事，昌祚毅然抗奏，力陈其不可。鳌拜以忤己意，大怒，将昌祚及其子与王登联立绞。康熙亲政，鳌拜伏罪，知昌祚冤，诏复原官，赐祭葬，子朱绂以荫入监，官大理寺卿。