2006年，担任国家973计划项目首席科学家。

2011年12月，当选中国工程院院士，成为云南省农业系统第一位院士。

2013年，担任云南省科学技术协会主席，兼任云南农业大学名誉校长。

2020年11月，沈阳农业大学国家生物炭研究院成立，受聘为学术委员会委员。

朱有勇主持建成了农业生物多样性国家工程研究中心和省部共建国家重点实验室培育基地，他带领团队进行生境多样性的研究，在干冷河谷区、干热河谷区、冬作区开展了葡萄和葡萄酒研究、柑橘类柠檬种植研究、冬季马铃薯高效生态种植研究以及三七克服连作障碍研究等，在三七产业、冬季马铃薯产业、香格里拉高原葡萄酒产业、柠檬产业的农业关键技术上有突破和创新，为云南省高原特色农业产业的发展发挥应有的作用。

根据2020年1月中国工程院网站显示，朱有勇先后在《Nature》等中国国内外学术刊物发表论文160余篇，出版专著5部。

Zhu, Y., Chen, H., Fan, J., Wang, Y., Li, Y., Chen, J., ... & Mew, T. W. (2000). Genetic diversity and disease control in rice [J]. Nature, 406(6797), 718.

根据2020年1月中国工程院网站显示，朱有勇先后主持973项目1项；完成863、国家攻关、国家自然科学基金、联合国粮农组织、亚洲发展银行及省部级项目20余项，研发技术累计推广面积1亿余亩。

2022年5月，朱有勇带领团队首次在中和营镇开展了水稻旱地种植，试验田预计每亩产量能达到500公斤，本次实测产量超出预期产量。水稻旱地种植盘活了山区农民的土地，提高了土地轮作利用率。

2022年3月10日，针对粮食安全等“卡脖子”话题，朱有勇现已开发出一种颠覆性技术，让水稻能够种在旱地上，有望解决山区农民的口粮问题。“水稻上山”的技术改变了传统水稻一定要种在水里的概念，可以把山上的旱地变成稻田，过去只能种出玉米等“旱粮”，现在变成大米，从而保证了农民的口粮，保证了粮食安全。

根据2020年1月中国工程院网站显示，朱有勇先后获得发明专利二十余项；国际、国家和省部级科技奖励18项；联合国粮农组织国际稻米年科学研究一等奖，国际农业磋商组织优秀奖，国家技术发明二等奖，国家科技进步二等奖，云南省科技进步特等奖，云南省自然科学研究一等奖，云南省科技进步一等奖等奖项。

朱有勇协调整合云南农业大学教师和澜沧职中教师团队，创办了“乡（镇）农技人员+学员+农户”模式的院士专家科技扶贫指导班。以澜沧各个产业示范点为实训基地，手把手将农业生产技能传授给贫困群众。

2000年，朱有勇任云南农业大学首席教授，英国胡弗汉顿大学（University of Wolverhampton）、荷兰瓦格宁根大学（Wageningen University）博士研究生导师，培养硕士研究生41人、博士研究生8人、留学生5人、本专科学生400余人。

朱有勇在云南农业大学建设了一级学科博士点和博士后流动站，为中国农业生物多样性人才培养和科学研究的持续发展搭建了平台。

从农民子弟到工程院院士，朱有勇将论文写在了田间地头上，老乡们亲切地称他为“农民教授”。（人民网评）

朱有勇院士积极投身脱贫攻坚主战场，长期扎根云南省澜沧县扶贫一线，将科研成果积极应用于扶贫事业，走出了一条科技扶贫、产业脱贫的新路径，是打赢脱贫攻坚战中涌现出的先进典型，是习近平总书记关于精准扶贫、精准脱贫重要思想的忠实践行者。（时任中共中央政治局委员、国务院副总理刘鹤指出）

2011年12月，朱有勇当选中国工程院农业学部院士，成为云南省农业教育科研系统的第一位院士，云南农业大学奖励了他200万元，他决定把学校奖励的200万元奖金，作为原始基金成立云南农业大学有勇奖学基金会，以奖励云南农业大学全日制优秀本科学生和研究生，鼓励农大在校学生奋发向上、勇于创新。

2019年12月1日，《人民日报》撰文报道：科研成果转化为扶贫效益，“农民院士”朱有勇——“老百姓说好，才是真的好”。

2019年12月30日，中共中央政治局委员、国务院副总理刘鹤在人民大会堂会见朱有勇同志先进事迹报告团。朱有勇院士在会见时作了发言，有关部门和地方介绍了情况。