1951一1952年任北京华北人民革命大学马列主义教研室研究员。1953一1989年任陕西师范大学历史系正教授。在八十和九十年代，任该系世界古代中世纪史、苏联史、西方史学理论的硕士研究生导师。1990年离休后，又被历史系返聘。在九十年代初被中国史学会理论分会聘为顾问，并被陕西师大学周秦汉唐文化研究中心聘为顾问。朱本源在治学方面师承中国著名哲学大师方东美(1948年去台湾)。他做研究生时，方东美是他的导师，他任中大讲师时事实上是充当方先生的助理。随待方先生左右六七年，他师承于方先生的，仅在学习方先生贯通中西哲学思想与文化的研究方法，而在学术观点上，他从青年到老年，一向学习并且取向于马克思列宁主义。所以解放初就被选中为革命大学研究员。在1985一1987年曾获得国家教委所资助的“高等学校博士学科点专项科研基金”，从事《马克思主义史学理论》的专项科研，(写成专著近百万宇)。1996年《陕西师大学报》(哲学社会科学版)第 l期“本刊百期纪念”专号中，主编在总结过去成绩的一文中说：在粉碎“四人帮”后进入大好时期的十年中，学报努力组织开展马列主义，毛泽东思想的研究时，“朱本源教授关于马、恩、列无产阶级革命学说的系列研究论文……在学术界产生了强烈的反响”。按朱本源在1978一1988年为《陕西师大学报》写过近十篇学术论文。朱本源在1956一1996年的四十年生涯中，除去被错划为右派分子而被劳动改造的二十年(1957一1977年)，曾先后在中国社会科学院所主办的《历史研究》，《世界历史》，《史学理论研究》以及其他全国性和地方性刊物上发表学术论文三十多篇。早期论文主要探讨马克思主义史学理论问题，后期研究中国古代史学的理论·方法论问题，从孔子、孟子到司马迁。特别在后期研究中，遵循中国当代史学大师陈寅恪指出的融贯中西人文科学的研究方法；“取外来之观念与固有之材料互相参证”。如在1992一1996年朱本源发表的《“<诗>亡然后<春秋>作”论》、《孔于的历史哲学发微》、《<洪范>一中国古代文明的活的灵魂》，《试论司马迁“考信于<六艺>”说的真谛》以及其他五篇论文，皆为中国人民大学书报资料中心主办之《历史学》和《先秦秦汉史》两刊物所转载，并被国内一些刊物涉及到，认为观点新和视野广。