在11团任团长时，朱程积极支持中共派出担任该团政治部主任的闻允志建立秘密党支部，该团的政治工作干部多数是共产党员。因此，11团名义是河北民军，实际上是由我党掌握的一支抗日武装，活动于敌后的林县、汤阴、淇县、安阳一带，在朱程指挥下，攻打过鹤壁集、高村桥伪据点，还破坏过敌人的交通命脉平汉铁路，对于敌占区的群众起到了鼓舞作用。

为坚持团结抗战，他与国民党反共顽固派张荫梧进行坚决斗争。1939年6月，朱程率第4团脱离河北民军，根据八路军总部的指示，建立华北抗日民军，任司令员。

1939年9月，朱程加入经朱德总司令介绍中国共产党，后指挥部队取得狮山伏击战等战斗的胜利。1940年2月，朱程任八路军第2纵队民军1旅旅长，随纵队东进冀鲁豫边区，先后兼任冀鲁豫军区第1、5分区司令员，指挥部队参加多次反“扫荡”作战，屡屡获胜，开辟和坚持了以内黄、曹县为中心的沙区抗日根据地。

1943年9月28日，在山东曹县西南地区王厂反“扫荡”作战中，为掩护主力突围，他亲率百余人顽强抗击敌人，在激战中英勇牺牲。

1943年12月23日，在山东曹县安陵固堆举行盛况空前的追悼大会，沉痛悼念朱程等在王厂战斗中壮烈殉国的烈士。冀鲁豫边区党政军领导、群众团体、学校师生、战斗英雄、地方士绅及朱程夫人郝淑斋、女儿庙生等6000余人参加追悼大会。边区党政军领导发表了沉痛而又激动人心的讲话和悼念文章。杨得志司令员说：“五分区司令员朱程同志，不幸于此次反“扫荡”战役中光荣殉国。噩耗传来，精神上顿觉如有所失，历时逾月，仍萦怀未已。我深深地感到朱程同志的牺牲，是我中华民族失一将才，边区部队失却了一个良好的指挥员，我党损失了一个优秀的布尔什维克干部。”杨得志司令员说“我们拥有像朱程同志这样军政双全的指挥员，是足以自豪的。因此，在他牺牲的时候，就感到无限的哀痛与伤悼！而朱程同志以及和他一起殉国的烈士们的这一笔血债，一定要在日本法西斯匪徒身上取得补偿！为此，我号召：边区部队军事指挥员们，要学习朱程同志坚定、勇敢、沉着的战斗精神，提高军事技术，报复日本法西斯匪徒所加于我们的灾难和危害，为朱程同志及死难烈士血仇。”

1943年12月28日，冀鲁豫区党委、军区和鲁西南人民隆重举行追悼大会，沉痛悼念朱程司令员等英雄烈士。1945年1月，冀鲁豫第十专署在红三村附近建立了鲁西南烈士陵园。如今，在陵园内，朱程等革命烈士的墓碑在苍翠的松柏林中静静矗立。在朱程烈士墓碑后面，刻有朱程烈士的夫人郝淑斋感人至深的诗作《悼朱程》。除了鲁西南烈士陵园外，在菏泽，至今保留了许许多多与朱程烈士相关的纪念设施或地名，如菏泽抗日纪念馆、冀鲁豫边区革命纪念馆、王厂血战遗址、王厂战斗郑庄烈士陵园、复程社区等，每一处都在讲述着朱程将军在菏泽、在鲁西南的光辉革命足迹。2017年，青堌集镇又以“复程新区”命名了该镇第一个新农村社区，以此来纪念朱程烈士的丰功伟绩。

2005年9月4日上午，苍南县委、县政府在矾山镇举行了隆重的纪念中国人民抗日战争胜利60周年座谈会暨抗日民族英雄“铁军将才”朱程铜像揭幕仪式。新落成的“铁军将才”朱程铜像坐落在苍南县矾山镇内山村朱程烈士故居内，铜像高3.3米，重600斤，底座2.2米。朱程头戴八路军军帽，面容威武庄严，矗立在苍松绿荫之中。在现场，数百名来自社会各界的群众在朱程烈士故居聚集，庄严注视了揭幕过程。原温州市长卢声亮、温州市人大副主任陈志坚、市政协副主席王成云、苍南县委书记余梅生、苍南县政协主席雷必贵等为“铁军将才”朱程铜像揭幕，苍南县矾山镇第一辅导小学的少先队员们向铜像敬献了鲜花。朱程烈士的孙子朱思共也到场敬献花篮。朱思共现是温州市中级人民法院副院长，他同样为国家做出了突出的贡献。他表示，要继承爷爷的遗志，贡献力量报答党和人民。