当时中国人被西洋人称为“东亚病夫”，他为洗雪国耻而决心学医。1921年，朱章赓考入北京协和医学院，攻读公共卫生系。学习费用主要依靠大姐夫丁乃刚和新婚夫人李韵笙当家庭教师的收入。

1925年，“五卅”惨案发生，朱章赓积极参加爱国运动，并和高年级同学讨论，如何唤起广大师生讲究卫生，预防疾病，开展文体活动，锻炼身体，以此作为提高全民族身体素质的途径。他和诸福棠、杨济时、陈志潜、贾魁等15名同学一起组织了“丙寅医学社”，出版《丙寅医学周刊》。时丁乃刚在北京印刷馆工作，在丁乃刚的支持下，学社社址就设在丁家。并由丁乃刚介绍，在当时的《世界日报》上占一个版面，每周出一期《丙寅医学周刊》，内容除介绍医学卫生常识外，还对许多社会上不合理的现象进行揭露与抨击。这个周刊很快受到各界的关心和重视，直到他们这些同学毕业才停刊。协和医学院学制八年，在这八年中，他初步悟出一个道理，要实现医学救国的理想，还必须唤起民众，与社会改革相结合。

朱章庚于1929年北京协和医学院毕业后，分配到北京第一区卫生事务所从事学校卫生工作。他首先在一所小学创立一套卫生教育材料和设施，并将全校200多名学生组成20多个小队，经培训后，使之能协助校医做些卫生宣传和简单的治疗工作，如治砂眼、测身高、测体重、测体温等。经一年的实践，效果很好，成为学校医学教育的示范。

1930年，朱章赓被卫生署调到上海市卫生局协助李廷安办理全市学校的卫生工作。半年后，又被调到上海浦东高桥乡村卫生实验区。1931年被调至南京卫生局任医务保健科科长。不久调任南京市第一卫生事务所所长，指导全市的环境卫生工作。1932年调往中央卫生实验处卫生教育科任主任。同年9月，被派往美国耶鲁大学进修公共卫生学科，获得美国洛氏国际奖学基金会提供的奖学金。1933年赴欧洲各国和苏联考察公共卫生、卫生行政与保健设施，并撰著了“苏联的公医制度”论文。1934年获耶鲁大学公共卫生系博士学位。5月回国，继任中央卫生实验处卫生教育科主任，为祖国培养第一代高级卫生教育人才。

1935年，朱章赓担任卫生署与教育部联合组织的医学教育委员会的常务委员兼秘书。在此期间，他制订了课程标准和教学设备标准草案，分发给各医学院校试行，通过实践，逐步修正、完善，以提高医学教育质量。招收医学各学科进修人员，送往北京协和医学院培养师资，以壮大卫生教育师资队伍。

抗日战争爆发后，朱章赓随同卫生署迁往贵阳，受命负责公共卫生人员训练所的组建工作，兴修院舍，聘请师资，招收学员，认真开展培训工作。在他任该所所长的四年时间中，为祖国培养了大批公共卫生医师、护士、助产士、卫生工程师、环境卫生员、检验技士、营养护士等卫生技术人员，充实各级卫生机构，并为抗日前方输送大批卫生技术骨干力量。同时在贵阳市、清镇县和花溪镇分别建立城市和乡村的卫生实验区，既探索开展卫生工作的路子，总结积累经验，以利更大范围的开展公共卫生工作，也为公共卫生人员训练所提供教学实习基地，以利提高教育质量。

朱章赓在贵阳期间，还兼任贵州省卫生委员会副主任委员，他对全省各级医疗卫生机构的组织、体制布局、人员调配以及药品器材的供应，都做出了周密的计划和实施方案，并与兴办卫生人员训练所、卫生检验所、中等医学职业学校、流动医疗防疫队相结合，形成一个较完整的医疗卫生组织和管理体系，为贵州省的卫生工作奠定了基础。

1941年，公共卫生人员训练所与卫生实验所合并为中央卫生实验院，在重庆歌乐山建院。1942年，朱章赓出任院长。为提高我国医疗卫生的科学技术水平，他在院内设置了病毒学、细菌学、医学昆虫学、寄生虫学、流行病学、卫生统计学、营养卫生学、药理学与药物化学、卫生工程学与环境卫生学等实验室以及妇幼卫生、学校卫生、卫生教育等研究室；举办卫生人员讲习班，轮流培训各地进修人员；在重庆沙坪坝设立卫生实验区，作为示范教学中心，卓有成效地开展医疗卫生的科研和培训工作。抗日战争胜利后，中央卫生实验院由重庆迁往南京，朱章庚仍任院长，并在北京设立分院。在联合国善后救济总署的援助下，聘请外国专家来院工作，派本院人员出国考察进修。新中国成立后，南京总院迁往北京，与北京分院合并成立中央卫生研究院。

1949年初，朱章赓任国民政府卫生部常务次长、代理部长。4月，他留守南京，拒绝赴台湾，脱离了国民政府卫生部的工作，后到香港居住。

1947年4月，朱章赓应世界卫生过渡委员会邀请，担任该委员会安排各国医药卫生人员到国外进修的工作，直至1948年9月。在这期间，他为我国争取到数十个在职公共卫生和医药人员去国外进修的名额。1949年移住香港期间，他撰写了《社会的生理基础》一书的初稿。

1950年4月，接到世界卫生组织的工作聘请书。他随即到北京，面见时任中华人民共和国卫生部副部长的傅连璋，表示很想回国工作，请示是否应该应聘世界卫生组织的职务。傅经请示周总理后答复：新中国成立不久，与联合国及其各组织尚无任何关系，希望他能应聘参加世界卫生组织工作，这比回国工作对祖国的贡献更大。4月26日，他在给大哥朱章宝的信中说：“今日新中国生气蓬勃，凡是有为的健全青年都应挺身而出为国家社会服务。……前国民党政府轻视‘人力’的伟大作用，一味迷信‘机器’和‘金钱’的魔力，以致把中国四万万五千万人民都摒弃了，这是因为有少数人还在做着资本主义的梦，错认帝国主义为好友。现在新中国的基础既建立在人民身上，就是要把人民认作国家的宝贝，来完成伟大的解放和建设工作。今后全世界也都朝着这个方向走了，这是毫无疑义的。……国内老友都认为卫生事业是有国际性的，我此番倘能从国际上获得更多的经验和帮助，带回来对祖国多一些贡献，这是我生平所自勉的。……我更应尽力为祖国进而为全人类服务。……”

1950年4月28日，朱章赓乘泛美航空公司飞机，经暹逻、印度、伊拉克、叙利亚、比利时转至瑞士。5月初，抵达瑞士日内瓦世界卫生组织总部，就任总部公共卫生行政科主任。

世界卫生组织正式成立于1948年。许多国家因第二次世界大战创伤很重，百废待举，又有很多国家从殖民地一跃而成为政治上独立的国家，卫生事业等都要从头做起。联合国世界卫生组织成立后，即着手援助新建国家、发展中国家开展卫生工作，制订工作方针、规范和办法，发布指导性的文件等。朱章庚凭借着他严谨的工作作风、丰富的卫生行政工作经验、富有创新的精神和较强的组织能力，出色地完成了世界卫生组织和祖国所赋予的任务。他参加世界卫生组织工作不久，就建议出版一份不定期的报导全世界各国、各地区卫生状况的大型的带指导性的参考资料，书名为《世界卫生状况》，建议很快被采纳。他随即通过各国政府收集资料，并编辑出版。第一期《世界卫生状况》报导1954—1956年157个国家和地区的卫生状况，出版后深受各国、各地区政府和专家的欢迎，成为相互借鉴、学习，促进卫生事业发展的重要文件，也是世界卫生组织指导工作的参考文献。随后，他又亲自编辑出版了第二期《世界卫生状况》、报导1957—1960年的163个国家和地区的卫生状况，开始展现了他的才华和对世界卫生事业的贡献。他退休后，《世界卫生状况》仍陆续出版。

朱章赓负责领导的公共卫生行政科的主要职责是：召开专家委员会，为各国政府提供咨询服务；遴选和聘请专家、技术人员为各国服务；代表世界卫生组织参加国际会议等。朱章赓在世界卫生组织12年的任期内最感满意的工作是负责召开5次公共卫生行政专家委员会会议的成果。每次会议他都兼任秘书，任务十分繁重。他既要负责拟订议题与议程，组织撰写议程项目的文件和会议技术报告的起草、定稿，又要结合各国、各地区的不同情况提出设想和要求，供会议讨论。在每次会前都要做大量的调查研究。这些会议的结论与建议均有指导作用，常被各国政府视为卫生工作的蓝图。会议的主要文件均分别刊登在《世界卫生组织丛刊》第55、83、137、194、215期上。

1959年召开的第四次专家委员会会议主要议题是地方（乡、村）卫生服务的有关问题和成立两级卫生“参考中心”的问题。为开好这次会议，他早在1954年就开始筹备。先在日内瓦召开一个由印度、荷兰、瑞典、南非、英格兰、波多黎各（美）等6个国家专家代表参加的地方卫生服务研讨会。会议制订了两个调查研究提纲，并经6个国家卫生部同意，在他们选择、指定的地区进行4年的试验和调查研究，并分别写出报告。这也是朱章赓在中央卫生实验院工作时就下决心要做的事。

1960年召开的第五次专家委员会会议主要议题是新兴国家公共卫生服务事业的设计和规划。当时正值亚非拉30多个先后宣告独立的国家加入世界卫生组织。这些国家只单一的重视急性传染病的防治，忽视综合性的公共卫生服务事业的规划、设计和组织机构建立等问题。朱章赓在提议世界卫生组织召开这次会议前，实地考察了捷克斯洛伐克、苏联、锡兰、印度、叙利亚等国的公共卫生服务事业的具体情况，并在会上作了典型介绍。这个会议文件发表后，受到许多国家欢迎，成为他们开展公共卫生工作的指南。

在朱章赓的倡议下，世界卫生组织开展了一项重要工作，任务是帮助发展中国家加强和改善卫生事业。从1958年起，他多次邀请世界各国特别是发展中国家的卫生行政负责人，组成卫生行政考察团赴苏联等国考察。他还经常聘请卫生专家赴发展中国家帮助发展卫生事业。这些专家多数来自发达国家。朱章赓向这些专家介绍所去国的卫生情况。

1961年时，他已61周岁，按世界卫生组织的规定，应办理退休手续。由于他的卓越工作才能和工作需要，仍留在总部担任顾问一段时间，直至1963年才卸任回国。

在世界卫生组织工作期间，他每隔两年要回国休假一次。虽然他的亲属主要在浙江，但大部分休假时间都在北京度过，为发展我国的医药卫生事业向有关部门提出不少建议。他利用休假期间，到祖国各地参观访问，看到祖国建设蒸蒸日上，与解放前相比真是天壤之别。回到日内瓦后，便积极宣传亲身所见所闻的新中国建设成就，增进海外华侨及外国人士对新中国的了解。

我国与瑞士建立外交关系后，朱章赓就与我国驻瑞士大使馆人员保持经常联系，做了不少有益之事。

1963年9月，朱章赓从日内瓦回国，同年加入中国共产党，实现了他早年的为共产主义奋斗终生的愿望。在日内瓦工作期间，他就要求加入中国共产党，后经中国驻瑞士大使馆领导说服而推迟，认为当时不参加共产党，对他开展工作更有利、更方便，为祖国的贡献也更大。

1964年，根据国家主席刘少奇的任命，朱章庚出任北京医学院副院长。他到医学院后、就很快与卫生系教授们熟悉起来，经常与他们一道讨论卫生系的学科建设问题。

1965年，根据毛泽东主席的意见，各医学院派出大量医务人员组成医疗队，到京郊农村帮助培训半农半医的“乡村医生”并开展农村卫生工作。他当时欣喜若狂，说他多年来盼望的就是我国乡村卫生的建设。他深入农村，与农民同吃、同住、同劳动。他随医疗队去昌平十三陵公社，一去就是半年，与队员们一样吃粗粮、睡泥坑，一道讨论培训计划，开展农村卫生工作。

1968年，朱章赓被关入“牛棚”隔离审查。后经有关部门上报中央，周总理知道后，说明他的历史和社会关系党是清楚的，他在国外的工作是有功劳的，不能再追究，遂中止审查。1972年，调他到卫生部外事局协助筹备我国参加世界卫生组织的工作，并以顾问身份与我国代表团一起，赴日内瓦参加世界卫生组织召开的代表大会。1975年，朱章赓被调任中华医学会驻会副会长，为中华医学会重新恢复工作和开展学术活动、办好学会刊物等提出建议，忘我工作。

朱章庚是中国人民政治协商会议第四届全国委员会委员，1978年又被选为第五届全国政协委员。他还想为新中国的卫生事业多干几年，不幸于1978年5月17日与世长逝。