2005-07年的两个赛季，朱芳雨受伤病的影响，状态稍显低迷。2005年全明星的3分球大赛中，他以25分强势蝉联，创下纪录。同年的男篮亚锦赛，朱芳雨出战8场比赛场均贡献11.6分，帮助球队再次拿下冠军。在决赛中，朱芳雨贡献全队第三高的13分，帮助中国男篮77:61战胜黎巴嫩，拿下第十四座亚锦赛冠军奖杯。2006年的日本世界杯，朱芳雨早已成为球队主力，他场均送出9分和1.8个篮板，在最后一场小组赛对斯洛文尼亚的比赛中，虽然是王仕鹏投入的绝杀，可在此之前，正是朱芳雨命中的关键三分，才给了王仕鹏绝杀的机会，最终，中国男篮以78:77战胜斯洛文尼亚男篮，杀入世锦赛16强。

2007-08赛季，朱芳雨代表广东宏远出战30场常规赛，其中26场首发，在34分钟的场均出场时间里贡献18.6分、4.7个篮板、2.2次助攻和1.5次抢断，帮助球队以26胜4负的骄人战绩拿到常规赛冠军，并在当年的常规赛排行榜中排名第12位。在季后赛中，广东宏远接连以3:0的总比分淘汰浙江广厦建设和东莞马可波罗，顺利闯入总决赛。总决赛上，广东宏远更是4:1轻取辽宁盼盼，拿下总冠军，朱芳雨以场均25.6分、5.8个篮板、3.2次助攻和1.6次抢断的数据获得荣膺总决赛MVP。至此，朱芳雨成为继王治郅、姚明和刘玉栋后第四位单赛季同时拿下常规赛和总决赛双料MVP的球员，同时他也是继王治郅和刘玉栋后第三位2次夺得总决赛MVP的球员。同年，NBA向朱芳雨投来橄榄枝，最终，他思虑再三，再次拒绝。

2008-09赛季，朱芳雨继续保持着上赛季的火热状态。在CBA常规赛中，他共为广东东莞银行出战43场比赛，其中36场首发，虽然出场时间减少，但多项数据却较上个赛季有所提升，整个赛季下来，他场均出战31.7分钟贡献19.3分、4.9个篮板、2.3次助攻和1.9次抢断。同年的季后赛对阵中，朱芳雨随队出战，在首轮中以3:0淘汰山东黄金队，次轮又以3:0淘汰东莞马可波罗，最终，球队一场未败的杀入总决赛。总决赛中，广东东莞银行对阵常规赛亚军新疆广汇，最终4:1拿下对手顺利夺冠。总决赛5场比赛，朱芳雨场均出战43分10秒，贡献22.2分、5.8个篮板、1.6次助攻和2.6次抢断，最后一场比赛更是独得28分，最终力压队友斯马什·帕克拿下总决赛MVP。至此，朱芳雨三次拿下总决赛MVP。2008年北京奥运会是朱芳雨国家队生涯最辉煌的时刻，首战对阵美国队，朱芳雨外线出手三次全部命中；次战面对西班牙队，他又飙进了五记三分球，全场拿下15分，成为中国男篮压制对手最好的武器，险些击败“斗牛士”。

2009-10赛季，朱芳雨在CBA常规赛的出场时间减少，为广东东莞银行出战29场比赛，其中18次首发出战，场均28分钟出场贡献17.6分、4.1个篮板、1.4次助攻和1.7次抢断，帮助广东东莞银行以30胜2负的战绩拿下常规赛冠军。在该年的季后赛中，朱芳雨随队先后以3:1的成绩斩落八一队、和上海大鲨鱼队，在之后的总决赛中以4:1的成绩战胜新疆广汇，拿到CBA三连冠。朱芳雨在5场总决赛中有5次首发出战，在37分43秒的场均出场时间内贡献18.8分、4.2个篮板、2.2次助攻和3.0次抢断的数据，最后一场比赛则砍下29分。此前已经拿到过3届总决赛MVP的朱芳雨，第四次荣膺这一称号，刷新CBA的历史。2009年10月28日，在第十一届全国运动会篮球比赛决赛中，朱芳雨发挥出色，拿下全场最高的43分，几乎凭借一己之力帮助广东队以81:76战胜东道主山东队，历史首次摘得全运会金牌。2009年，朱芳雨以257064票、四轮票选榜首的优势首次成为该次全明星投票的票王。

2010-11赛季，朱芳雨为广东东莞银行出战28场常规赛，其中21场首发出战，在场均25.9分钟的出场时间里贡献13.1分、4.2个篮板、1.1次助攻和1.3次抢断，球队以25胜7负的战绩排名常规赛第二。在当赛季的季后赛中，他以场均贡献10.8分、4.7个篮板、1.9次助攻和1.5次抢断的数据，帮助球队4:2击败新疆广汇队，拿到该赛季CBA总冠军。

2011-12赛季，朱芳雨共为广东东莞银行出战30场常规赛，其中19场首发出战，在场均30.7分钟的出场时间里贡献16.9分、4.2个篮板、1.7次助攻和1.4次抢断，帮助球队以27胜5负的战绩排名常规赛第一。同时，朱芳雨以236分的高分当选常规赛MVP，2012年1月，朱芳雨凭借对阵江苏攻下的分数累计，他在赛事中的CBA分数达到8407分，成功超越了刘玉栋保持的8387分，成为CBA总得分王。2011年男篮亚锦赛，朱芳雨出战8场比赛，场均贡献7.5分、3.8个篮板和2.5次助攻。最终，中国男篮在决赛中70:69战胜约旦，拿到冠军。不过，朱芳雨在与约旦一战中发挥不佳，只得到3分。同年，朱芳雨因伤缺席土耳其世锦赛，2012年的伦敦奥运会他重返国家队，不过和男篮一样，朱芳雨在这届奥运会上也没有太过出色的发挥，最终男篮5战皆败。

2013年9月12日，第十二届全国运动会篮球比赛决赛开打，最终他贡献25分5个篮板，帮助广东队以69:63战胜东道主辽宁队，成功卫冕该项目的全运会冠军。2014-15赛季，朱芳雨在与辽宁药都本溪的比赛中，砍下34分，成为联赛历史上首位得分超过10000分的球员。

2017年6月18日，朱芳雨通过个人微博宣布退役，开启变身为广东总经理的转型。10月29日，广东队为朱芳雨举办了球衣退役仪式。

2017年5月5日，朱芳雨被广东宏远男篮俱乐部任命为总经理。2019年5月，朱芳雨以总经理的身份随广东队夺得2019赛季CBA总冠军。2019-2021年，广东宏远在朱芳雨的运作下，以三连冠的姿态，加冕CBA“十一冠王”。2023年9月，球员杨政宣布成立了自己的新厂牌X战队，朱芳雨成为X战队队员，并且担任X战队总经理。

2004年，朱芳雨与中国艺术体操队队员胡美在雅典奥运会上相识，之后两人于2007年领证。2008年，双方步入婚姻的殿堂，胡美为朱芳雨产下了两个宝宝。2014年8月，胡美在社交媒体上发文表示已经和朱芳雨离婚。随后，朱芳雨更新个人社交媒体，承认与胡美已在2013年5月离婚。2015年，法院做出宣判，朱芳雨最终胜诉。

朱芳雨闲暇时候喜欢玩网游来放松自己，这也是他缓解疲劳和放松心情的重要手段。

统计数据截至2024年5月10日，以上数据来源

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2013年，朱芳雨在二沙岛广东体育馆参加了城市群社区篮球赛——珠江啤酒广东社区篮球争霸赛，他在现场为球员加油助威，积极与球员和球迷互动，以扩大篮球运动在南粤的影响力。

2019年，朱芳雨在广州市第一中学高中部体育馆参加了广东省中学生篮球锦标赛（初中组）。并在现场为比赛加油助阵。

2020年，朱芳雨在“广西运动健康消费大行动”中为家乡代言，助力家乡体育产业和扶贫事业，为家乡扶贫产品卖力“吆喝”，为脱贫攻坚和乡村振兴贡献力量。

2020年3月4日，由阿里体育联合优酷少儿推出的直播节目“冠军体育课”第二季收官，朱芳雨在优酷体育直播间分享了他疫情宅家期间的健身秘籍，引导大家正确居家科学健身。

2018年，第五届广东省篮球协会第一次会员代表大会在广州召开，会议选举了新一届篮协的领导班子，朱芳雨当选协会副秘书长。

“在中国篮球界，朱芳雨是一个标志性人物，他的得分和生涯都非常出色，打过那么多比赛，他在关键时刻对球的处理和得分的把握非常好，是一个很出色的投手，很出色的三号位。”（易建联评）

“朱芳雨在我们球队是一个精神领袖，希望他的这种精神状态能感染所有队员，让大家都跟他学习，对他的状态非常满意，很无私的一个球员。”（杜锋评）

“朱芳雨是中国篮球历史上重要的一部分，是出色的球员和顶级的投手，大家都很想念他。现在他作为总经理开启了新的生涯，他对于篮球理解很深，大家都很支持他。中国篮球很幸运能拥有这样的球员，依靠他我们赢下了很多重要的比赛，我们至今仍然记得他的贡献。”（尤纳斯评）

2009年男篮亚锦赛决赛，中国队被伊朗羞辱。就在男篮队员们登上亚军领奖台之后，大部分中国队球员因为在家门口遭遇耻辱惨败而黯然掩面，但是孙悦、杜锋和朱芳雨三人在颁奖典礼上却不合时宜地偷笑，一度让其陷入争议。

2010年10月12日，中国男篮与巴西男篮在河南省许昌市进行第三场热身赛。赛中发生冲突，朱芳雨、苏伟等人追打巴西男篮球员的画面被同步直播。赛后，朱芳雨被中国篮协处以停训，严重警告一次，队内检查，并进行通报批评，记队内大过一次，并罚款三万元等处罚。

2019年3月5日，广东宏远在2018-2019赛季CBA常规赛中客场114-108战胜浙江广厦。比赛中，广厦外援福特森在进攻中将广东宏远球员徐杰打倒，但裁判并未判罚犯规。赛后，时任广东宏远总经理的朱芳雨在个人社交媒体上写道：“这种外援我要是没退役，就有责任让他早点结束职业生涯，早点超生。反正三位大哥也不管，我管。”2019年3月7日，CBA公司发布处罚公告，朱芳雨因通过个人社交媒体平台发表不恰当言论被停赛1场，并罚款人民币2万元。

2024年5月11日，朱芳雨针对网络上流传的关于其涉嫌指使球迷闹事的不实言论，通过其律师团队发表了一份严正声明，在声明中澄清了事实真相，表达了他对个人名誉的坚定维护，以及对侵权行为将采取法律手段追究到底的决心。