1937年七七事变后，北平地下党组织决定派一批同志南下，朱迈先回到扬州老家。尚未中学毕业的他，就读于他父亲的母校——江苏省立扬州中学。在这里，他一面读书，一面从事救亡活动和党的工作，受命担任地下党支委。当年10月，才19岁的朱迈先被任命为中共扬州特支书记。11月，战争形势更加紧迫，他同陈素、江上青等人参加了江都文化界救亡协会流动宣传团(以下简称“江文团”)，离开扬州，迁往内地宣传抗日。

1938年，“江文团”抵达安徽六安，担任该团地下党支书的陈素先后与中共长江局和安徽党组织取得了联系。根据当时党提出的“到友军中去，到敌人后方去”的工作方针，经长江局批准，“江文团”集体参加了国民党军队，到广西后重新成立三十一军，隶属十六集团军，在桂林、桂平一带整休。 1939年该集团军参加桂南会战。1940年10月，三十一军收复龙州，即在龙州驻防，朱迈先时任一三一师三九一团上尉。1942年一三一师调防南宁，1944年参加桂柳会战，与四十六军一七O师共同担任桂林城防守备部队。桂林城失守后，一三一师残部退至东兰县整训，次年初又合并到四十六军，隶属第二方面军。朱迈先被派到新十九师工作，在师长蒋雄手下任政治科中校科长兼政工队长。抗战胜利后，蒋雄部队开往海南岛三亚港，朱迈先因病在海军医院住院治疗时，认识了护士傅丽卿，两个飘泊天涯的年轻人产生了感情。 与父亲失散了8年的朱迈先，这时才同自云南复员回北平的朱自清先生联络上，接连收到了寄自清华园的两封家书。爸爸在信中倾诉了对儿子的深切思念，关心他的身体，并询问他是否有了女友，在条件许可时应尽快结束单身生活。朱迈先将家书给傅丽卿看，并向她求婚。傅小姐才知道了他的家庭背景，早对这位年轻军官有好感的她答应了他的请求。

1946年10月，他俩办了婚事，婚后生活十分融洽。时正值内战重开，物价飞涨，民不聊生的岁月，国民党军政人员利用职权捞外快、发国难财，腐败成风。朱迈先每月90元的薪金只够买黑市花生油两斤，因此他们的日子过得很清苦。朱迈先一心想带着新媳妇回北平去见家人，别说连路费没有着落，就连一件好看的衣裳也买不起。他曾对妻子说：“同我结合，真是难为你了。要是别人按我目前的职位，做点生意捞两把是不成问题的，但我父亲是名教授，我又是他的长子，我不能往他脸上抹黑，不能玷污了清白家世的名声。”这番肺腑之言，同朱自清先生在贫病交加中拒绝受领美国救济粮的风骨，可谓一脉相承。

1948年8月，朱自清先生去世，朱迈先远赴北平奔丧。办完父亲的后事，他经姑父周翕庭介绍到国民党后勤总署组训司任秘书，在南京工作了一段时间。1949年机关迁广州，后又拟迁重庆，因傅丽卿不愿去重庆，由老上级蒋雄师长介绍，朱迈先去蒋雄任专员的广西桂北第八专署任秘书。1949年12月，朱迈先代表桂北国民党军政人员向共产党的桂林市政府联系起义，获得成功。朱迈先随桂北军区司令周祖晃等7000余人在桂北接受和平改编。是年底，朱迈先进入广西军政大学学习，1950年结业后，分配至桂林松坡中学任教。

1950年12月“镇反”运动中，蒋雄被捕，同时也逮捕了朱迈先，后被押送至蒋雄家乡湖南新宁县。次年11月，新宁县法庭以“匪特”罪判处朱迈先死刑并立即执行。 朱迈先身后，留下了年轻的妻子和两男一女3个幼小的孩子，生活艰难、处境困顿可想而知。朱迈先被捕后，傅丽卿曾向朱自清遗孀陈竹隐夫人求助，每月工资只有60元、膝下也有3个儿女需要抚养的婆母，立即寄30元给儿媳救急，此后一年中也按月寄20或30元来，并劝慰她放宽心胸，抚育好子女，直到傅丽卿在广西省立医院找到了工作，才停止接济。 傅丽卿坚信丈夫是无辜的。在朱迈先死后的30余年里，她多方申诉，为他平反而奔走。直到1984年各地贯彻中共中央十一届三中全会精神，在拨乱反正、落实政策的新形势下，新宁县法院才认真复查旧案， 承认1951年的判决书纯属错判，恢复朱迈先起义人员的名誉，澄清事实真相。