1953年8月起为调整后的党中央常务委员会委员、中央政治委员会委员。1954年3月出任内阁副首相兼国家计划委员会委员长。但是朴昌玉成为党内第四号人物后不久，便遭到了金日成的批判。1955年后，金日成宣称朴昌玉、朴永彬、奇石福等人”维护和传播资产阶级文艺思想“、”大搞教条主义和形式主义“，在党内进行反对事大主义和教条主义、确立主体的斗争。

1956年1月朴昌玉被解除国家计划委员会委员长职务。1956年4月朝鲜劳动党第三次代表大会朴昌玉未能继续进入党中央常委会仅当选为中央委员。