U.C.0097──。

“拉普拉斯的盒子”被打开一年后。 即使已经揭露了提及新人类的存在和应有权利的“宇宙世纪宪章”，世界格局还是没有发生太大的变化。

随着新吉翁残党“带袖的”的瓦解，被称为“拉普拉斯事变”的纷争也随之终结。 在那场最后的战斗里，两部全精神感应框架式样机动战士，展现出超越人类智能的力量。 白色独角兽与黑色狮子，这两部机动战士的威胁，本应已随着受到封印而逐渐从人的记忆中远去，甚至被遗忘了……

可是两年前下落不明的RX-0独角兽高达3号机，在地球圈又开始出现。 金色的“不死鸟”，被称之为凤凰——