宇宙世纪0093年，夏亚·阿兹纳布领导新生的新吉翁军，以总帅身份再次向地球联邦政府发起挑战。他为了整顿被地球重力束缚的人类，展开了让陨石坠落到地面使地球变成不能居住的星球的作战。布莱德和阿姆罗所属的地球联邦军隆德·贝尔队出击，但未能阻止第五小行星露娜的坠落。

夏亚开始策划下一个行动，企图夺回新吉翁的根据地阿克西斯，并抢夺储存在卢纳图的核导弹。随后，他前往side1的殖民地进行表面的和平交涉。另一方面，阿姆罗在阿纳海姆的工厂收到了自己参与开发的ν高达，并前往进行和平交涉的龙德尼翁。在殖民地内休养时，他意外地遇到了结束和平谈判的夏亚。葵丝，一个联邦政府高官参赞的女儿，与布莱德的儿子哈萨维，也在龙德尼翁相遇。

夏亚利用在龙德尼翁与联邦政府交换的和平谈判，实施了对勒纳图的攻击和抢夺阿克西斯的行动，其真实目的是将阿克西斯作为第2颗陨石砸向地球。阿姆罗和布赖特率领的隆德·贝尔队出击阻止他们的行动。