本作故事设定在1950年代开始，当杀手47还是特殊调查员时，当时有个相当特殊的五人团体，这五个人有着相同遭遇的出生背景，他们加入了法国的特殊部队，在私底下研究如何使用让无生命的生物还能够生存作战的病毒程式，虽然最后他们的基地被发现，但是这五个人并没有死，还顺利逃了出去，另一方面，在罗马尼亚的公立医院当中，有个叫Ort-Meyer的医生成功的研究出能使人类老化速度变慢的血清，这对他们五人团体的研究有着相当大的帮助，当然这个医生变成了许多团体所追杀的目标，而正好47号在欧洲执勤的期间碰到了医生，没多久就被卷入了血清争夺战当中。

本作故事主要叙述杀手47号步入杀手生涯的历程，虽然最后47号选择消失匿迹，但是之后的事件让他觉得，有金钱价值的生活和任务比起匿迹的生活要好的许多，这也是杀手47号行成的原因。