天启四年（1624年）举人。崇祯十三年进士，任江阴知县。明亡後，庄廷鑨私修《明史辑略》，请李令皙作序，题茅元铭、吴之铭、吴之熔、李涛、茅次莱、吴楚、唐元楼、严云起、蒋麟徵、韦金佑、韦一围、张篙、董二酉、吴炎、潘柽章、陆圻、查继佐、范驤等十八人於其上，又说明此书是根据朱氏（即朱国祚）的原稿增删而成。顺治十八年（1661年）为归安知县吴之荣告发，鳌拜责令刑部满官罗多等到湖州彻查。康熙二年（1663年）正月二十日农历旧年，前来李令皙拜年的客人络绎不绝，李家百馀人连同拜年的亲友皆遭逮捕。这时廷鑨已死，被掘墓刨棺，枭首碎骨。此事牵连甚广，康熙二年（1663年）五月二十六日（6月31日）李令皙被凌迟处死，其子李礽焘等四人皆斩杀，史称「庄廷鑨明史案」。