1974年被分配到中国科学院一局，从事科学管理工作。

1978年调往中国科学院自然科学史研究所，从事近现代科学史的研究工作，并担任副所长、所党委常委、近现代史研究室主任。

1987年离休。

在北医从事教学工作期间，李佩珊为学生讲解实验并为专修班讲授有机化学、生物化学课程，认真负责、积极主动地完成教学任务，并注重自身教学经验的积累与独立工作、思考能力的培养。

中共中央宣传部科学处是党中央管理科学的一个重要部门。李佩珊在此工作期间，主要负责与生物学、医学界的联系，向中央有关部门反映科学界的情况、要求和意见，执行党的科学工作发展方针与知识分子政策，并通过大量的调查研究工作，为相关政策的制订提供事实依据和分析，在沟通科学家、医学家与中央领导之间的联系方面发挥了重要的积极作用。

1959年初，中央为解决“大跃进”中出现的一些问题而进行的纠“左”工作中，她参加了若干重大事例的调查研究；。

1961年，全国科技工作的纲领性文件《科学十四条》的制订过程中，她在中国科学院上海地区各研究所进行了深入细致的调查和分析。

1962年，在广州召开的科学技术工作会议上，她以简报的形式，积极、迅速、全面地向中央领导反映会议情况和科学家的意见，这些工作，为党中央制订相关政策提供了重要的背景材料。

1974年，李佩珊被调至中国科学院一局，负责联系生理、生化、细胞、生物物理、心理等相关研究所。她充分意识到科学家与科技管理者所承担的责任，她工作认真、负责、细致，并具有良好的业务基础，善于与科学家沟通。在基础科学研究举步维艰的困难条件下，她坚决支持并协助有关领导组织、协调几项重大的基础理论研究工作，如“胰岛素结构与功能的研究”、“人工全合成酵母丙氨酸转移核糖核酸”、“细胞起源”等，其中“人工全合成酵母丙氨酸转移核糖核酸”于1987年获得了国家自然科学一等奖。这是一项由科学院生物口各研究所以及院外若干单位合作完成的重大项目，协调任务重，难度大，李佩珊以辛勤的工作为这一项目的组织实施和顺利完成做出了贡献。

1978年，调至中国科学院自然科学史研究所，任副所长。此时正值全国科学大会召开后不久，党中央号召全党认真学习现代科学技术知识，中国科学院接受了为中共中央书记处和国务院领导讲课的任务。她积极参与了由钱三强主讲的《科学技术发展的简况》撰稿工作，并担任了部分内容的讲解。此次讲课受到中央及各级领导干部的欢迎，讲稿在《红旗》、《光明日报》等全文刊登并以单行本印发，推动了全国学习科学技术史的热潮。由于意识形态的影响，国内当时从学术的角度对于世界科学史特别是近代、现代科学史的研究极少。

李佩珊从70年代末即开始组织力量，引进人才，培养研究生，组建了近现代史研究室，并领导全室人员有计划、有步骤地开展研究工作，历时五年编写出版了《20世纪科学技术简史》，并亲自撰写了生物化学、分子生物学与医学科学等相关章节和该书序言的部分内容。该书较系统、全面地论述了二十世纪科学发展的历程，并针对科学与社会、经济、政治的关系和科学发展的规律作了较深入的探讨，填补了国内一项空白，获得学术界广泛好评，出版数月即告售罄，并于1989年获中国科学院自然科学二等奖。自1993年起，作为两位主编之一的李佩珊主持了第二版的修订，增加篇幅达近40万字。此书已成为中国科学史及相关学科的研究工作者、科技管理工作者重要的参考书。 与此同时，李佩珊积极倡导与推动中国近现代科学史的研究。她将“20世纪中国科学史研究”确定为该所的重要工作，为以后《中国近现代科学技术史》和《中国近现代技术史》两项重大项目的开展打下了坚实基础。她依据亲身的经历与准确的感悟，以其独特的视角，将自己的研究锁定在科学与政治关系上，并在这一领域笔耕不辍，直至病重。她的文章，既有对中国科学院几十年发展历程的深入思考，有对归国留学生在中国科学事业中作用的细致分析；有对“李森科现象”历史教训的深刻剖析和社会体制、意识形态对于科学发展影响的严谨比较，也有对当前学术腐败的无情揭露与鞭笞。她的许多观点在学术界和社会上多次引起强烈反响与共鸣。 作为中国科学史事业的推动者、实践者，李佩珊始终把中国科学史研究的组织化、国际化视为己任。

1980年，她花费了大量的时间和精力，主持中国科学技术史学会的筹建工作。

1985年，在美国加州伯克利举行的第17届国际科学史大会上，由于李佩珊的努力，中国科学技术史学会以国家成员的资格被接纳为国际科学史与科学哲学联盟科学史分部成员，她本人也在会上当选为该国际组织最早的中国理事之一。她以开阔的学术视野和出色的组织能力，为中国科学史事业在世界舞台上拥有一席之地奠定了基础。

李佩珊一生光明磊落，严于律己，思想敏锐，治学严谨，奖掖后进，为促进中国科学事业的进步做出了努力，并对科学史事业的发展做出了重要贡献。

2004年2月28日在北京逝世，享年80岁。