2003年，在北京人艺实验剧场执导京剧《穆桂英》，该剧是“巾帼英雄战争三部曲”的开篇之作。

2004年，执导话剧《花木兰》；同年，编导当代题材话剧《夜半歌声》。

2005年，把徐伟的长诗《口供或为我叹息》改编成实验诗剧《口供》。

2006年，为纪念首都剧场落成50周年庆典演出，执导了话剧《北京人》。

2007年，在荷兰艺术节主办方的经费支持下，执导了京剧《梁红玉》。

2008年，李六乙应中央芭蕾舞团的邀请，编导了根据汤显祖同名昆曲改编的芭蕾舞剧《牡丹亭》；同年，执导豫剧《白蛇传》。

2009年，应“欧洲文化之都”的邀请，为奥地利林茨歌剧院执导歌剧《The Land of Smiles》，他凭借该歌剧成为进入欧洲主流歌剧领域的首位中国戏剧导演；同年，为荷兰艺术节开幕式演出“新戏剧”女性三部曲——《穆桂英》、《花木兰》、《梁红玉》，并接受荷兰女王的接见；此外， 还执导了根据老舍中篇小说改编的话剧《我这一辈子》。

2010年，在正乙祠与梅葆玖联袂执导京剧《梅兰芳华》；12月，执导现代京剧《金锁记》，该剧获得第12届中国戏剧节优秀剧目奖，他凭借该剧获得第12届中国戏剧节优秀导演奖。

2011年7月，执导曹禺话剧《家》，于北京人民艺术剧院上演；8月15日，李六乙改编、执导的芭蕾舞剧《牡丹亭》受邀为爱丁堡国际艺术节开幕演出剧目；10月，执导马勒交响乐话剧《大地之歌》。

2012年4月，执导阿瑟.米勒的话剧《推销员之死》，于北京人民艺术剧院上演；6月29日， “李六乙·中国制造”戏剧计划正式启动；10月29日，应第15届北京国际音乐节邀请，执导了歌剧《原野》；11月23日，“李六乙·中国制造”戏剧计划首部面世作品—古希腊悲剧《安提戈涅》首演。

2013年4月11日至14日，古希腊悲剧《俄狄浦斯王》、《安提戈涅》于国家大剧院“李六乙 ·优秀导演戏剧作品展”先后演出。

2015年1月20日至2月1日，执导契诃夫的话剧《万尼亚舅舅》，于北京人民艺术剧院上演；4月10日至12日，编导根据费牧同名电影改编的话剧《小城之春》，于香港文化中心大剧院首演；6月17日至21日，执导国家大剧院原创歌剧《日出》，于国家大剧院歌剧院首演；7月8日，改编、执导的芭蕾舞剧《牡丹亭》受邀美国林肯中心艺术节演出；8月28日至30日，执导的古希腊悲剧《安提戈涅》应铃木忠志的邀请前往日本利贺参加SCOT剧团“创立50周年，迁至利贺村40周年”庆祝活动，于岩石剧场演出；10月20日、21日，编导的话剧《小城之春》受邀参加第17届上海国际艺术节，并于上戏剧院演出。

2016年4月2日至4日，纪念费穆先生110周年诞辰，执导的话剧《小城之春》在北京天桥艺术中心演出；6月16日至7月3日，执导的话剧《樱桃园》在北京人民艺术剧院上演；10月13日至15日，执导的话剧《樱桃园》在美琪大戏院演出；11月11日至13日，执导的古希腊悲剧《被缚的普罗米修斯》在葵青剧院首演。

2017年1月20日，由其执导的话剧《李尔王》在中国国家大剧院首演，该话剧持续上演至2月2日；11月，为纪念中国话剧诞辰110周年，执导了川味话剧《茶馆》。

2018年11月28日，由其执导的话剧《哈姆雷特》在中国国家大剧院首演，该话剧由胡军、濮存昕、卢芳等联合主演。

李六乙的父母都在四川省川剧院工作，他的妻子是导演李妮。

李六乙的戏剧作品非常注重表现人的精神世界的丰富性，注重探索表演艺术的最大化，注重追求舞台美术的简约化、写意化和造型感。他的作品在探寻人的精神世界时喜欢设置各种情境，来揭示人物的矛盾心理状态。注重人，发现人，这是李六乙作品一以贯之的做法。李六乙在各种场合反复强调戏剧艺术要表现人的最大化，努力发掘人的丰富的精神世界，强调人的精神的层次性、冲突性、独特性。为此，李六乙经常对作品的人物进行新的解释。他所有的戏剧艺术实验都有一个焦点，即演员的表演，还有追求表演的间离效果。有时，李六乙还把戏剧表演、现代舞、多媒体、行为艺术、观众的参与等等因素结合起来。除此之外，李六乙还注意使用音乐来营造舞台氛围，塑造人物形象（《戏剧艺术》评）。