当时，松潘、茂州少数民族集结成48寨，屡攻城堡，连克普安堡、归水岩等，进抵金瓶堡，并擒杀驻守明将。十四年，巡抚徐元泰、总兵李应祥集结播州、酉阳等地的驻军，分数路进行镇压，李任中路指挥，在军中竖立红白旗各一面，令陷入军中的无辜汉民徒手立于红旗下，令不愿依附起义军的苗、瑶居民徒手立于白旗下。他这样区别对待，使未参与起义的民众免遭杀害，减少了反抗的力量，到次年七月，起义被镇压下去。但不久，马湖与建昌、越隽诸地的武装起义又起，起义军采用诈降法，诱杀都指挥李献忠等三员明将，及数干士卒。于是，徐元泰、李应祥又集结五万兵力，分三路“征讨”，再次把起义军平定下去，并在该地建立屏山县维持统治。李应祥晋都督同知。从此，他的名声远扬。是时，御史傅霈到该军视察，指责多领军饷事，李用千金贿傅，拒受，向朝廷奏本而被革职。