李德馨本贯广州，1561年2月12日出生于汉城南部诚明坊外家,曾祖是副司果李守忠，祖父是左赞成李振庆，父亲是曾任同知府中枢府事的李民圣，母亲是县令柳礼善之女。领议政李山海的女婿。

李德馨年幼时就有本事，沈毅醇谨，精通文学、诗词，14岁时与杨士彦酬唱，成为莫逆之交，与李贵、朴庆新一起拜在知事尹又新门下学习。1577年（宣祖10年）冬天，时年17岁的他与韩山李氏（领议政李山海之女）结婚。

1580年（宣祖13年）3月，在祔庙别试中通过文科乙科，与李廷立，李恒福同时称为“庚辰三李”，被任命为承文院权知副正字。历任副修撰，副校理，吏曹正郎宣慰使，同副承旨，大司成，礼曹参判，大司宪，兵曹判书，吏曹判书，右议政，领议政等职。

古人云。疾风知劲草。板荡识诚臣。如今日李明甫者非耶。明甫名德馨。生有异质。沈毅醇谨。不妄嬉游。甫十岁。吐辞惊人。十四。杨蓬莱士彦。相与酬唱。惊曰。君吾师也。尝作钱镠陌上花诗。李山海评曰。此富贵气像。遂有东床之选。壬辰之变。以吏曹判书。扈驾至定州。将乞援天朝。兵曹判书李恒福送之。德馨曰。恨无快马。兼程疾驰。恒福卽解所乘马与之曰。兵若不出。君当索我于重泉。无获相见也。德馨答曰。兵若不出。吾当弃骨于卢龙之野。再不渡鸭水也。二人洒涕而别。见者动容。德馨自定州。昼夜驰二百余里。及至辽东。时郝杰为辽东巡抚。德馨至巡抚帐下。乞出援兵。立庭痛哭。辞气慷慨。终日不退。郝杰为之改容。未及上奏。便宜调发本镇兵马五千余人及辽东广宁马兵合一千八百。以副总兵祖承训领之。以游击史儒副之。七月。先渡江来救。十二月。皇帝大发南北兵马。以李如松为提督。率三营将李如柏，张世爵，杨元及南将骆尚志，吴惟忠，王必迪等。渡江而来。精兵四万余人。旁将六十余员。癸巳正月。提督李如松。督诸将大破行长于平壤。提督遂提兵而东。遇贼于碧蹄。战不利。退屯松京。又听沈惟敬和议。因有撤兵西还之意。按兵不动。时德馨为提督接伴使。一日。提督出赤壁图以示之。德馨览讫。卽写一诗而进之。诗曰。胜负分明一局棋。兵家最忌是迟疑。须知赤壁无前绩。只在将军斫案时。提督览之。知其有规讽之意。默然。其后丁酉。又为杨经理镐接伴使。经理深加器异曰。如李德馨者。虽在中朝。端委庙堂。而尚居百僚之中。异哉。朝廷闻之。卽拜右议政。时年三十八也。