2003年7月调任中共中央党史研究室副主任。此后，参与组织了一些重要历史事件、历史人物的纪念活动，组织领导了一些重要课题的研究工作，组织编写了《中国共产党历届中央委员大辞典》等重要书籍。

现任中央马克思主义理论研究和建设工程咨询委员会委员，中共党史学会副会长，中国延安精神研究会副会长。

中国国际共运史学会副会长，中国科学社会主义学会副会长，中国政治学会常务理事；国务院学位委员会学科评议组成员，国家社会科学规划专家评审组成员，国家“四个一批”人才选拔评审组成员；北京市委党建专家顾问组成员；若干大学和党校的兼职教授；一些刊物的顾问、编委等，中国延安精神研究会副会长。

李忠杰指出，改革开放后，社会发展出现许多新变化，人们的利益关系也出现重大变化，不同人群之间在某个问题上可能出现一些摩擦或一些问题，因此，在新形势下，如何维护稳定将面临许多新课题、新挑战。

李忠杰说，中共历来没有自己的特殊利益，中共代表着中国最广大人民的根本利益，但这并不是说人民内部没有什么问题要解决，没有任何利益要协调，没有任何关系要处理。正因为代表最广大人民的根本利益，所以中共要把各方面的关系给处理好，把各方面的问题解决好。

他表示，在中国要注意保持利益上整体的共同性，利益的和谐、协调。客观上说，不同群体会有一部分相对独立的利益诉求。这就要处理好不同利益诉求之间的关系，把它统一到人民最根本利益上来，让大家的利益都得到兼顾。“协调好了，社会就更加稳定。我们代表人民的根本利益就能取得更大的效果。因此这两点是不矛盾的。”李忠杰说。

对于当前社会上形成某些特殊利益集团的说法，李忠杰并不赞同，但他同时指出，“要小心”防止出现特殊利益集团。

研究领域广泛。成果涉及马克思列宁主义、科学社会主义、邓小平理论、“三个代表”重要思想、国际共运史、世界社会主义改革史、国际政治与我国对外战略、政治学、中共党史、党的建设、经济学、经济和社会发展战略、精神文明建设、思想政治工作、领导科学、哲学、法学等许多学科和领域。

曾参与编写《邓小平同志建设有中国特色社会主义理论学习纲要》、《邓小平党的建设理论学习纲要》、《“三个代表”重要思想学习纲要》；参加中组部《全国公开选拔党政领导干部考试大纲》及配套《学习读本》的编写、审改工作；多次参加对各种纲要、教材、文稿、论文、电视片的修改、评审、评奖工作。

《社会主义改革史》、《社会主义改革论》、《列宁主义论纲》、《苏联的演变和解体》、《马克思主义先驱者与中国》、《世界社会主义共产主义运动》、《跨越世纪的伟大旗帜》、《跨世纪历史画卷——中国特色社会主义理论与实践》、《邓小平理论干部读本》、《邓小平农村建设理论》、《“三个代表”与党的建设》、《“三个代表”与世界眼光》等。

代表性论文　1．马克思主义理论方面：《马克思恩格斯对待未来社会的方法论思想》、《恩格斯晚年思想与社会主义建设》、《论列宁主义》、《列宁“社会主义能够在一国或数国首先胜利”思想的历史考察》、《马恩列关于社会主义的构想与社会主义的现实》、《颠扑不破的伟大真理——谈坚定对马克思主义的信仰》、《要用马克思的精神研究和运用马克思主义》、《马克思主义与时俱进一例》。

2．邓小平理论方面：《邓小平理论与跨世纪发展战略》、《旗帜问题至关紧要》、《邓小平与社会主义初级阶段的基本路线》、《学习邓小平治国理政的艺术》、《陈云对邓小平理论的贡献》。

3．“三个代表”重要思想方面：《从大局高度深刻领会“三个代表”的重要思想》、《全面把握“三个代表”的科学内涵》、《党的指导思想的与时俱进》、《充分认识“三个代表”重要思想的历史地位》、《“三个代表”的时代特征》、《“三个代表”与共产党执政的规律》、《贯彻“三个代表”重要思想与保持共产党员的先进性》。

4．科学发展观与和谐社会建设方面：《科学发展观的内涵》、《用科学发展观统领发展全局》、《深化对科学发展观的认识》、《构建和谐社会是对中国特色社会主义的新认识》、《辩证把握构建和谐社会的新理念》。

5．科学社会主义方面：《试论当代社会主义运动的多样性》、《构建有中国特色社会主义的运行机制》、《全面科学地回答“什么是社会主义”的问题》、《科学把握社会主义本质——由房屋而论什么是社会主义》、《从社会运行机制的角度看两种制度发展变化的内在逻辑》、《在中国与世界的双向互动中建设有中国特色的社会主义》、《解析“四个如何认识”》、《深化对“中国特色社会主义”的认识和研究》、《构建中国特色社会主义的核心价值观》。

6．国际共运史方面：《关于“阿芙乐尔”巡洋舰的炮声》、《国际共运与知识分子》、《共产主义者同盟的国际性质问题》、《第一国际与波兰问题》、《试论第二国际后期的历史功绩》、《关于共产国际的组织性质问题》、《1935—1939年共产国际反对法西斯侵略战争的斗争》、《共产国际与第二次世界大战》、《考茨基后期的政治思想》、《当前国际共运形势与前景展望》。

7．苏联东欧问题方面：《苏联在农民问题上的历史教训》、《赫鲁晓夫时期苏联农业改革的得与失》、《莫洛托夫“反党集团”案揭秘》、《苏联价格改革》、《苏联将以何种途径摆脱困境》、《对苏联8月19日—21日事变的初步分析》、《东欧各国党演变的教训》、《从领导战略的角度看苏联演变的几点教训》。

8．社会主义改革史方面：《社会主义改革的制导战略和策略》、《民主化、科学化、法制化是政治体制改革的基本方向》、《清除封建遗毒，把改革事业推向前进》、《社会主义改革的历史性成就》、《社会主义国家改革面临的难题》、《改革是社会主义制度的自我完善和发展》、《正确认识和处理改革过程中的社会动乱问题》、《热话题与冷思考——关于社会主义改革的对话》。

9．政治学方面：《论建设有中国特色的社会主义民主政治》、《从大局出发，维护香港的繁荣和稳定》、《对台湾选举结果及其影响的估量和对策分析》、《要研究和处理好新形势下的人民内部矛盾》、《破解权力“魔方”》、《民主新论》、《领导活动的内部结构和规律解析》、《我们应该建设一个什么样的政府》、《树立正确的地位观》。

10．国际政治方面：《当今世界十大趋势》、《论世界文明的多样性》、《新世纪中国全球战略构想》、《论建立国际文明新秩序》，以“怎样认识和把握当今的国际战略形势”为总题目的8篇长篇系列文章：《怎样认识和把握当今时代的主题》、《怎样认识和维护我国的国家安全》、《怎样认识和推动世界多极化进程》、《怎样认识和推进国际社会的民主化》、《怎样认识和对待世界文明的多样性》、《怎样认识和把握世界经济的运行规律》、《怎样认识和对待综合国力的竞争》、《怎样把握和推进我国新世纪的国际战略》。

11．中共党史方面：《试论抗战爆发前后毛泽东同志的外交思想》、《中国共产党处理国际共运中党际关系的历史经验》、《20世纪的中国与中国共产党》、《世纪之交话五四》、《中国共产党与中国的现代化建设》、《党代会：十五次与第一次》、《党的先进性建设的历史进程和主要经验》、《解读分合史，锻造大战略——关于国共合作史的思考》、《建设一个和平发展文明进步的世界》。

12．党建方面：《领导干部要自重、自省、自警、自励》、《论“三讲”》、《作风问题也是形象问题》、《全面推进党的思想、组织、作风建设》、《大力弘扬求真务实的精神》、《陈云同志党建思想的理论贡献》、以“加强党的执政能力建设”为题的4篇系列文章、《论保持党的先进性》、《加强共产党员的人品建设》。

13．经济学方面：以“怎样认识新形势下的劳动和劳动价值问题”为总题目的4篇长篇系列文章、《唱好社会主义市场经济下的劳动之歌》、《加入WTO：对外开放进入新阶段》、《充分发挥金融在构建和谐社会中的作用》。

14．经济和社会发展战略方面：《世界科技发展的战略态势》、《全国省级发展战略比较分析》、《牢固树立全面进步的社会发展观》、《实行均—非战略，缩小东西差距》、《时代课题——领导干部与环境保护》、《坚持社会的全面发展和进步》、《走向新的五十年》、《西部大开发的战略问题》。

15．精神文明建设方面：《推进社会科学工程化的十项建议》、《大力推进跨世纪的精神文明建设工程》、《建设富有时代特征的社会主义精神文明》、《奥林匹克与人类文明》、《论建设先进的党内文化》、《怎样使思想政治工作收到实效》。

16．哲学方面：《结构变化属于质变而不属于量变》、《“实践是检验真理的唯一标准”补论》、《解放思想没有尽头，实事求是要一以贯之》。

17．法学方面：《坚持和贯彻依法治国的基本方略》、《20年法制建设的理论和实践》、《正确理解以德治国与依法治国的关系》。

为新华社撰写“特约评论员”文章数十篇。各种“新华短论”50篇。

在美国9·11事件发生前，指导学生完成了50万字的博士论文《世界恐怖主义及其对策研究》，被评为（中央党校第一篇）全国“百篇优秀博士论文”。

参与的电视政论片、内参片　《苏东剧变启示录》（1991年，3集，内参片，县处级以上干部中放映）、《挥剑斩腐恶——国外腐败丑闻和反腐斗争纪实》（1994年，3集，内参片）、《黑色恐怖——法西斯主义的崛起和覆亡》（1995年，4集，内参片）、《世纪钟》（1996年，6集，电视台公开播映）等。