1890年，李提摩太应李鸿章之约，去天津任英文的《中国时报》的中文版主笔，该报经常发表呼吁和引导清朝改革的社论。

1891年10月，李提摩太到上海主持共济会基金在华设立的宣传机构“同文书会”。奉英国共济会指示，李提摩太接替韦廉臣担任该会督办（后改称总干事）。同文书会又称广学会。此后李提摩太长期负责广学会的工作（1891年—1916年），他主持该会达二十五年之久，出版《万国公报》等十几种报刊。广学会先后在华出版2000多种书籍和小册子，是中国规模最大的出版机构之一。

李提摩太主持翻译了一些著名书籍，这些著作对当时中国社会思潮变化影响很大，在相当程度上引导了19世纪末的改革思潮。他的主要译著有：《在华四十五年》（回忆录）、《七国新学备要》、《天下五大洲各大国》、《百年一觉》、《欧洲八大帝王传》、《泰西新史揽要》、《新政策》等20多种。其中《泰西新史揽要》为英国马恳西所著，由李提摩太和蔡尔康（1851～1921）合译，1895年出版。内容是介绍19世纪欧美各国政治变法的历史，出版后风行一时，印行3万部。此书通过翁同龢推荐给光绪皇帝，是戊戌变法时期光绪皇帝手边榻前的主要参考书之一。

李提摩太的传教方式类似于利玛窦。他接受“利玛窦规矩”，以中国士民乐于接受的方式传布新教。重点是吸引中国知识分子和上层官员等社会精英。他和许多政府官员，如李鸿章、张之洞都有较深的私人交往，张之洞曾拨款一千两资助广学会。李提摩太所结交的各界有影响的社会人物，包括如：李鸿章、张之洞、曾国荃、左宗棠、康有为、孙中山等，都曾经与他关系密切。

在戊戌变法发生前夜，李提摩太在北京结识梁启超、康有为，并建立了良好的个人关系。李提摩太曾聘用梁启超担任他的私人中文秘书，并对其积极施加思想影响，甚至耳提面命，由梁启超撰写了大量影响很大的时论文章。梁氏《饮冰室文集》中许多热情宣传泰西政治经济制度的文章，实际都是受到李提摩太影响的。

在甲午战争、戊戌变法、义和团运动期间，李提摩太积极活动于满清上层人士之间，多次建议将中国置于英国“保护”之下，聘请外国人参加政府。李提摩太积极活动于上层人士之间，为英国政府收集和掌握动态，协调社会关系。李提摩太对19世纪末中国的变法维新运动及社会变动有很大的影响力。

1902年，山西发生教案，西太后请他协助处理。事件解决后，慈禧同意请他开办山西大学堂，聘他为山西大学堂西学书斋总理，可以自由往来于北京、上海、太原之间。清政府还赐他头品顶戴，二等双龙宝星，并诰封三代。

1916年5月，李提摩太因身体原因辞去广学会总干事职务回国。由于他在华的工作，女王和英国共济会授予他为33度会员，马耳他骑士勋章。1919年4月17日在伦敦逝世。

他在1870年2月12日抵达上海，随后去山东烟台、青州传教。1876—1879年华北五省发生空前严重的旱灾，他在青州积极赈灾，后来那里成为大英浸信会山东传教区的中心。1878年，他又去灾情更重的山西从事赈灾活动，由此在山西太原开辟了大英浸信会的传教区，同时也结交了中国官绅。

光绪初年的华北平原大旱灾，在中国荒政史上意义非凡。这不仅因为其灾情空前严重，死亡人数高达近千万，还由于在赈灾过程中涌现了前所未有的元素，即外来慈善家以一种大大出乎传统中国人意料的方式介入了救济事务。李提摩太于1878年初进入受灾最重的山西。他的回忆录《亲历晚清四十五年》（天津人民出版社2005年版）中保存了一些当年的日记片段，读来触目惊心。在受灾最重的山西南部地区，李提摩太“看到路边躺着四具尸体。其中一个只穿着袜子，看来已没什么分量，一只狗正拖着移动。有两个是女人，人们为她们举行过葬礼，只是把脸朝地安置而已。路人对其中一个更仁慈一些，没有把她的衣服剥去。第三具尸体成了一群乌鸦和喜鹊的盛宴。随处可见肥胖的野雉、野兔、狐狸和豺狼。”“在下一个城市是我所见过的最恐怖的一幕。清晨，我到了城门，门的一边是一堆男裸尸，像屠宰场的猪一样被摞在一起。门的另一边同样是一堆尸体，全是女尸。她们的衣服被扒走换吃的去了。有马车把尸体运到两个大坑旁，人们把男尸扔到一个坑里，把女尸扔到另一个坑里。”

外国传教士深入内地赈灾，在两种文化相互打量、提防的背景下，自然遭到了清政府的疑忌。当李提摩太对官方提出赴山西的要求时，军机大臣瞿鸿禨上了一道《请防外患以固根本疏》。在瞿氏的心目中，洋教士救济灾民只是借口，“其居心则险不可测。彼盖知近畿等省，灾苦甚深，民多愁困，乘间而为收拾人心之计，且得窥我虚实，肆其诛求以逞志于我也。”瞿氏此言代表了很多士大夫的意见，为此清廷特颁谕旨给时任山西巡抚的曾国荃，要曾对洋教士“婉为开导，设法劝阻”。朝廷的这种态度当然会影响和制约曾国荃。据李提摩太所记，他初至太原拜访曾国荃即被兜头泼了一盆冷水，曾的秘书告诉他，巡抚因为李提摩太的出现而非常生气。李提摩太写道：“他认为我的到来只是收买人心，使民众对政府离心离德。见面后，尽管我跟他解释说，我带来了两千两白银，将要发散给受灾最重的灾民，并且办了通行证，他仍然不怎么高兴，依然阻挠我的行动，处心积虑地要使我在刚刚开始时即陷于困境。”

然而曾国荃毕竟不是死读圣贤书的腐儒，当其意识到李提摩太一行并无恶意时，很快改变了态度。李提摩太在回忆录中说：“他立即派地方官员及其助理前来与我商谈。他们有村庄所有家庭的名册，并打算依此给每个家庭发放救济金。他们提议为我安排几个村庄去救济，并派官员和绅士帮助我，以便不受干扰地完成工作……在中国官员的配合下，救济工作开始了，井然有序，直到结束。”1878年10月，当李提摩太离开山西去山东结婚时，曾国荃给其写了一封充满赞美之辞的信，而为李提摩太蒙在鼓里的，是曾国荃奉命调查他而上的一道奏疏，曾国荃说：“此次英国教士李提摩太等，携银来晋放赈，迭准直隶来咨，当即分委妥员会同办理，先在阳曲徐沟，诸称平顺。嗣该教士闻省南灾务尤重，愿赴平阳散放，亦经分饬照料办理，均极妥协，并无河南所奏情事。”（见岳麓书社版《曾国荃全集》）从“并无河南所奏情事”一语可以看出，当时同为灾区的河南的官员肯定对洋教士有不利报告，清廷才下令山西方面调查，而曾国荃对洋教士则给予了与同僚完全相反的评价。

曾国荃与洋教士的诚恳交往，对山西赈灾意义重大。李提摩太自带银两不多，但他通过日记等形式向海外通报灾情，海外募捐效果空前。据统计，经李提摩太等西方施赈者从饥馑线上挽救过来的家庭数目达到十万户，得到救济的人员高达25万人。外洋赈款20余万两中，李提摩太及助手负责发放了12万两，领赈灾民超过15万人。李提摩太等人的赈灾取得很好效果，而这与曾国荃的支持是分不开的。

1890年，李提摩太去天津临时任《中国时报》中文版主笔。接下来他几乎一生里主要的时间都是负责上海广学会的工作（1891年—1916年）。广学会1891年到1915年这段时间是中国最大的最重要的新式出版社之一。这家出版社范围很大，包括书籍、小册子、单张、杂志。同时广学会也有一点宣教的工作，不过基本上是一个出版社与文学机构，是在中国历史影响最大的出版社。出版过两千种书籍和小册子。他主持翻译了一些著名书籍，这些著作对中国社会的影响都很大。主要译著有：《在华四十五年》、《七国新学备要》、《天下五大洲各大国》、《百年一觉》、《欧洲八大帝王传》、《泰西新史揽要》、《新政策》等20多种。其中《泰西新史揽要》为英国马恳西所著，由李提摩太和蔡尔康（1851～？）合译，1895年出版。内容是19世纪欧美各国各国变法图强的历史，出版后风行一时，印行3万部。是戊戌变法时期光绪皇帝的主要参考书之一。

李提摩太所经历的晚清社会正是中国“天崩地裂”的时代，西学东渐之风吹醒了中国的知识分子，知识界要求变革的呼声越来越强烈，戊戌变法正是这一时代的产物。李提摩太不仅参与了戊戌变法，而且成为这次运动的精神领袖。通过译介西学，出版报刊、图书，李提摩太影响了许多官员和大批知识分子。张之洞从武昌发电报购买报刊和图书，他还向广学会捐资白银1000两。

维新派人士更是将李提摩太奉为精神领袖。康有为、梁启超都是《万国公报》的忠实读者，李提摩太的教友苏惠廉称《万国公报》“行销量最广，惑力最大，中国维新分子受这报的鼓动者，不在少数”。维新派的绝大部分改革方案都吸收了李提摩太的建议，李提摩太在看过康有为的变法计划后，给妻子写信说道“几乎我以前所做的种种建议，全部概括和凝聚在他那份具体而微的计划中了”，由此可见李提摩太对戊戌变法的影响之深。然而李提摩太虽然纵横捭阖于各种政治势力之间，康有为、张之洞也都内心里对维新派的改革方案予以同情的理解，但是终究未能挽救戊戌变法的失败。即使如此，李提摩太仍多方奔走和斡旋，为保护维新人士尽了最大的努力。

1901年，在庚子事变之后，李提摩太请求各国政府把一部分中国赔款，拿出来在山西等地设立大学。他认为庚子事变一个根本原因就是因为教育没有普及，如果教育普及的话就可以减少类似这样的仇外事件。

1902年，西太后因他协助处理山西教案有功，同意开办中西大学堂，后合并为山西大学堂西学专斋，山西巡抚岑春煊聘其为山西大学堂西学专斋总理。清政府赐他头品顶戴，二等双龙宝星，开诰封三代。之后他一直往来于太原、上海之间。

李提摩太来华后，最初在山东、山西等地进行传教活动，将中下层百姓作为传教对象。李提摩太认为要想“拯救占人类人口四分之一的人的灵魂”，解放他们“那比妇女的裹足更扭曲的心智”，必须先“拯救他们的肉体”。1876-1879年，中国北方十多个省遭受了旱灾，李提摩太亲眼目睹了山东、山西等地的灾荒，灾区百姓的悲惨境遇震撼着这位“布道者”的灵魂，更加坚定了他拯救百姓“肉体”的决心。为此，他多方募集资金，积极救助灾民，除向中国各地的传教协会募捐外，他还向英国浸礼会写信，请求浸礼会拨款，立即“赈济灾民”，“把中国人从饥荒下解救出来，使他们能够奉守正确的道德准则”。在他的倡议下，伦敦成立了以市长为首的“市长官邸赈灾基金会”，两万余两银子运到中国灾区。另外，李提摩太还积极向中国地方政府建言，进献救灾良策，提出了向粮价低的地方移民，以工代赈等具体的赈灾措施。他经常与政府官员和士绅合作发放赈灾物资。在李提摩太的倡议下，时任直隶总督的李鸿章亲自派人将国外募捐的银子运到山西，并要求会见李提摩太。也正是与李鸿章的会见，使李提摩太改变了自己的传教策略，认识到了对中国领导阶层施加影响的重要性，决定将传教的重点转向官员和学者。

李提摩太力图通过向官员和学者们作演讲，使他们对科学产生兴趣，给他们指出“一条利用蕴含在自然中的上帝的力量去为他们的同胞谋福利的路”，进而影响他们去修建铁路、开掘矿藏，避免饥荒再度发生，把民众从“赤贫之境”解救出来。于是，李提摩太开始将传教的重点转向结交权贵，联络士绅。他和李鸿章、张之洞、左宗棠、曾纪泽、庆亲王奕劻、恭亲王奕忻等几乎所有的朝廷大员都保持着接触，李提摩太还曾做过曾纪泽家的英语家庭教师。

李提摩太的思想影响了很多朝廷大员，李鸿章的很多思想就部分源于李提摩太。在与李提摩太的接触中，李鸿章多次批评顽固派的“夜郎自大”心态，表达了对西学的认同和要求变革的愿望。张之洞在与李提摩太会见时也多次重复李提摩太提到过的一个论点：“生存就像博弈，不掌握一定的技巧是无法同掌握了技巧的对手竞争的”。并承认中国“必须进行改革”。李提摩太还曾向李鸿章提出过很多政策建议，其中派遣皇室亲贵到国外考察、兴办西学后来被清政府采纳。在李提摩太做曾纪泽家庭教师时，曾纪泽对李提摩太为中国做的现代教育改革方案也是倍加赞赏，并督促李提摩太在高级官员中散发，曾纪泽认为“中国的惟一希望在于教育”。

李提摩太在中国近代外交舞台上也扮演了重要角色，他经常参加中国和列强间的斡旋活动，还参与了山西教案的协商调停工作；另外，李提摩太还热心于中国教育事业，他创办了中西大学堂（后与山西大学堂合并，称西学专斋，现太原理工大学），成为中国最早的教会大学之一。可以说，李提摩太在政治、外交、宗教、科学、通讯、国际贸易、赈灾、现代学校和专业学院的创设、现代出版社的建立等几乎所有领域参与了中国历史的进程，对中国晚清政局也产生了重要影响，而且在很多方面是积极的影响；但是我们也应当看到李提摩太的局限性，他的所有活动毕竟是在西方列强对中国殖民的历史环境下发生的，因此经常是表现出“强势文明”的优越感，其视角也经常是殖民主义的，例如他同李鸿章、张之洞等会见时多次提出“给予某一外国处理中国对外关系的绝对权力”，“由该国的代表控制中国的铁路、矿山、工业等各个部门”，这是赤裸裸的殖民主义观点。李提摩太自觉或不自觉地充当了殖民主义的代言人，这也是他的改革方案和倡议最终失败的根本原因。

李提摩太在中国历史特别是中外关系史上是一个举足轻重的人物，但是他却有意无意被人们淡忘了，甚至大学历史专业教科书中也很少提及，这不能不说是一个很大的遗憾。希望通过李提摩太回忆录的翻译出版，能够唤起学界对李提摩太的关注。

李氏的宣教方式可以说是“间接布道”形式。他注重社会服务和赈灾。大力赈济1876年山东的灾荒，发账银3万多两，暂时收养了400多名孤儿。1877年山西又发生严重灾荒，李氏又募集账款12万两。通过账灾，李氏在官绅中建立了美好形像，结交了不少政府官员。

李氏更热心西化教育和文字工作。他说：“中国朝臣无知乃是无教，中国图强之要在于教。”曾要求母会等差会在中国18省各设立一高等师范学校，传授西学给中国官绅等。在1890年，应李鸿章之聘，担任天津《时报》主笔 藉此提倡中国改革。

李氏后来积极参与西化改革。1892年接任“广学会”会督，更力争“开启皇帝和政治家们的思想”。籍《万国公报》（周刊）大力向中国推行各种新知。引起清廷的重视。后来更参与维新运动。李氏认为中国富强，不只要重“西艺”更必重“西政”，并以社会政治、经济、教育等方面提出具体改草方案。

45年的时间里，在传播上帝“福音”的同时，李提摩太救济灾民，结交权贵，联络士绅，顾问洋务，鼓吹变法，调停外交，时而幕后，时而台前，不辞辛劳，忙忙碌碌奔走于红尘深处，在不同政治势力之间纵横捭阖，成为清末大变局中的一位风云人物，在中国近代史上留下了不可磨灭的印记。1916年，由于健康状况每况愈下，李提摩太离开中国，回到了阔别45年的故乡，1919年去世。在最后的两年多时间里，他撰写了自己的回忆录——《亲历晚清四十五年》，成为研究近代中国的珍贵历史资料。