李文治教授根据马列主义原理，着重将自由劳动出现和形成作为论证资本主义萌芽的标志。他把自由雇工的出现作为论证资本主义产生的一个关键性问题。明代中叶，同工农业生产发展相适应，农业雇工经营有所发展，雇工队伍进一步扩大，就在这时出现了封建雇佣向自由雇佣过渡。明万历十六年雇工律例的修订，具有“立有文契、议有年限”两个条件才能构成身份性“雇工人”，其实“立有文契”的长工有的可以摆脱“雇工人”的身份地位，即可以按自由雇工判处。遵循历史唯物主义基本原则，先有实际生活的变化，然后才有法权关系的变革。法权关系的变革乃系对当时既成事实的追认。据此，部分长工身份义务的解放应在万历十六年以前，明代中叶，可以找到大量雇工经营的事例。此后，到清乾隆年间，“立有文契”的长工也逐渐解除了法律上的身份义务关系。李文治教授认为：由明代中叶至清代鸦片战争前出现的农业大经营，在使用货币购买劳动力榨取自由工人剩余劳动并进行扩大再生产的条件下，经营者投入的货币已变成了资本，已具有资本主义萌芽的特质。同时，他并不否认，这时农业资本主义萌芽仍带严重的封建性。但这时事物性质已经发生根本变化，封建性乃是它的残余形态。他还指出：农业资本主义萌芽的进展不仅十分缓慢，在地主制经济制约下甚至经常夭折，但就萌芽整体而言，总在日益增长，后来居上，清前期过明中叶，清后期超过清前期。他还认为：既然是萌芽，就不能要求雇工人数及雇工是否完全丧失土地“自由到一无所有”，关键问题要看货币是否变成资本。他的这种观点早在1958年就已写成《中国农业资本主义萌芽》一文，在其中作了全面论述。1980年在明代经济史国际学术讨论会上，他将该文提交给大会，并以《论中国地主经济制与农业资本主义萌芽》为题，发表于1981年《中国社会科学》杂志上。他与魏金玉、经君健教授合作出版《明清时代的农业资本主义萌芽问题》专著，由于成绩卓越，获中国社会科学院1993年优秀成果奖。