2000赛季开打之前，李毅返回了深圳队。

2000年4月9日，2000赛季甲A联赛第4轮，李毅打进了代表深圳队的首粒进球，深圳平安科建最终以2-0击败青岛颐中海牛。5月28日，第12轮，对阵天津泰达顶新，李毅在比赛第80分钟打进1球，帮助深圳队1-1逼平对手。6月4日，第13轮，在深圳队2-1击败上海申花的比赛中，李毅上半场打进1球，完成连续两轮破门。7月16日，第18轮，李毅单场打进2球，带领深圳队以3-0的比分击败吉林敖东。第19轮，对阵老东家北京国安，李毅在比赛第50分钟为深圳队将场上比分扩大为2-0，这一比分保持到了终场结束。9月10日，第22轮，李毅赛季第二次上演单场打进2球的壮举，凭借他在上下半场打进的2球，深圳队最终以4-0大胜厦门夏新。该赛季，李毅为深圳平安打进了8球，在赛季射手榜上与曲波等4名球员并列第11。

2001年，中国职业联赛经历了职业化八年以来最艰苦的一个赛季，暂停升降级导致球市全面萎靡，随之而来的是球市全面下滑，球员收入下降，以及俱乐部热情受挫。在这一时代背景下，李毅迎来了为深圳队效力的第二个赛季。2001年3月29日，2001赛季甲A联赛第四轮，深圳队主场2-0击败云南红塔，李毅在比赛中两次接队友彭伟国开出的前场任意球完成头球破门。11月4日，联赛第20轮，李毅再一次在对阵沈阳队的比赛中建功，打进全场唯一进球，帮助深圳科健主场1-0击败沈阳金德，联赛积分排名跃居第二名。12月2日，联赛第23轮，在西安客场的冰天雪地里，李毅打进了扳平比分1球，帮助深圳队1-1逼平陕西国力，这场平局为深圳队争夺联赛亚军保留了希望。最终，深圳队获得2001赛季甲A联赛第5名的成绩，李毅该赛季一共打进了11个进球，在射手榜上与李金羽等人并列第4位。

2002赛季甲A联赛首轮，客场对阵大连实德，李毅在上半场打进了个人赛季首球，帮助深圳队以1-0的最终比分取得开门红。8月1日，联赛第13轮，李毅打进2球，带领深圳队以3-0完胜山东鲁能泰山。8月25日，客场对阵辽宁波导，李毅为深圳队打进了扳平比分1球，帮助球队1-1逼平对手。11月24日，联赛倒数第二轮主场对阵陕西利君，李毅在上半场第22分钟为深圳队取得领先，帮助球队最终2-0击败对手。联赛30轮结束后，深圳队与国安同积52分，积分并列积分榜第二，两队的胜负关系也相同，按照足协当时的规定，这种情况下需要通过抽签来产生联赛亚军，最终在中国足球史上著名的抽扑克牌比大小决定联赛亚军的抽签仪式上，深圳队以黑桃Q力压北京国安的梅花J，获得联赛亚军。该赛季，李毅为深圳队打进10粒进球，在射手榜上并列第3位。

2003赛季，中国足球甲A联赛迎来了最后一届赛事，媒体称之为“末代甲A”。联赛于2003年3月15日展开，中途因SARS疫情中断了近三个月时间。3月26日，联赛第3轮，李毅打进了个人赛季首球，帮助深圳健力宝以2-1击败辽宁抚顺，改写了球队逢辽宁不胜的历史。4月5日，联赛第5轮，主场对阵天津泰达，李毅单场比赛打进2球，带领深圳队2-2战平对手。7月13日，联赛第9轮，在深圳主场5-0大胜八一队的比赛中，李毅再次在单场比赛中攻入了2球。11月30日，联赛最后一轮主场对阵争冠球队上海申花，李毅打入3球，用一个帽子戏法结束了自己在甲A时代的效力，在打进第一个进球后，他脱下球衣进行了庆祝。该赛季，李毅以14个进球，，与申花的马丁内斯和金德队的阿尤一起列射手榜首位，夺得“末代甲A”联赛金靴。

2004赛季，中国职业联赛迎来了中超元年。11月4日，直到联赛第19轮，李毅才打进了个人中超联赛首粒进球，凭借这粒进球，深圳客场1-0小胜四川冠城，在拿到本场的3分后，深圳队几乎提前锁定了中超冠军。不过，此时李毅等深圳球员最为关心的并不是夺冠，自球队该赛季出现欠薪问题后，他们更关心的是何时才能拿到拖欠已久的工资。用李毅当时的话说，“冠军现在插翅都难飞了，还是一分钱都没有见到”。11月24日，联赛第20轮，深圳队迎来了冠军点，李毅打进2球，帮助深足以3-1击败上海申花，提前两轮夺得首届中超冠军。该赛季，李毅打入了3球，与众多球员一起排在射手榜第10位。本赛季直到联赛第19轮才打破赛季进球荒，但他在第19轮和第20轮打进3个关键进球，为深圳队锁定了联赛冠军。

2005赛季，李毅成为了中国网络上的“红人”，获得了“李毅大帝”的称号，与在网络上的爆红相比，李毅在球场上却迷失了自己，长时间的不进球让他饱受球迷的批评，压力之下，他当时甚至动了就此退役的念头。2005年9月21日晚，2005赛季亚冠联赛1/4决赛次回合，深圳队主场对阵沙特球队阿赫利，李毅在比赛中打进2球，结束了自己长达167天的进球荒，帮助球队淘汰对手晋级亚冠四强。赛后，李毅当选全场最佳球员，个人领取了10万元人民币奖金。一周后，深圳队在亚冠半决赛0-6惨败给阿联酋球队阿尔艾因，赛后，愤怒的李毅在更衣室对两名队友发了火，并表示一些队友该场比赛的表现存在异常。最终，深圳队两回合被阿尔艾因以总比分6-0淘汰出局，无缘决赛。回到联赛，10月31日，中超联赛倒数第2轮，深圳主场和上海申花的比赛中，李毅在比赛中打进2球，打破了联赛进球荒，帮助深圳2-2逼平上海申花。

2005年12月9日，李毅确定留队征战2006赛季，当时俱乐部已发放了2005年所有工资。2006年3月12日，2006赛季中超首轮，李毅打进个人赛季首球，最终深圳队主场2-3负于天津康师傅。首轮进球荒，李毅再次陷入长时间的进球荒，直到联赛倒数第2轮，客场对阵武汉光谷，才攻入了个人赛季第二粒联赛入球。受制于自己伤病的困扰，以及球队人员大幅度的变动，李毅在该赛季只打进了3粒联赛入球。

陕西队

2007年1月10日，李毅开始跟随西安国际队训练。2月1日，李毅正式转会加盟西安国际俱乐部。2月11日，深圳球迷为李毅举行了欢送会，并在欢送现场为其颁发了“深足第一射手”的奖项。来到陕西后，李毅迟迟无法取得进球，由于状态不佳，在2007中超赛季下半段开始后被放进了球队替补阵容。2007年11月15日，联赛最后一轮，李毅终于打破了持续了一个赛季的进球荒，他的进球未能帮助球队获胜，陕西宝荣队最终以1-2输给了武汉光谷。

2007赛季结束后，直到联赛最后一轮才收获进球的李毅萌生了退役的念头，当时俱乐部的高层和主教练找李毅进行了谈话，在他们的劝说下，李毅延迟了退出绿茵场的计划。5月4日，2008中超联赛第6轮，李毅打进了个人赛季首球，帮助陕西队以2-1击败辽宁队。8月30日，联赛第15轮，对阵河南建业，李毅先是制造了一个点球，随后在上半场即将结束时打进1球，帮助陕西队以2-1击败对手。赛后，李毅当选全场最佳。最终，李毅在该赛季打进了3粒联赛进球，重新找回了进球的感觉，帮助陕西中新队获得了联赛第5名的成绩。

2009赛季开始前，李毅本打算急流勇退，宣布退役，在时任陕西队主教练成耀东的挽留下，他最终选择留了下来。2009年3月22日，2009赛季中超首轮，陕西队2-0击败成都谢菲联，李毅在比赛中贡献1次助攻，此外打进1球被吹罚无效，赛后当选全场最佳球员。2009年8月，在对阵山东鲁能泰山的训练中，李毅因踢伤队友以及顶撞时任主教练成耀东，被陕西队处以了停赛、停训、停薪的“三停”处罚。在被球队处以“三停”之后，李毅从西安回到了深圳的家里。9月15日，经过向俱乐部诚恳的道歉和认错之后，李毅返回了西安。

2010赛季，朱广沪从陕西队下课后，李毅在新任主教练科萨的执教下被彻底排除在了大名单之外。2010南非世界杯开始之前，李毅离开了陕西队。2010年12月，李毅返回深圳，跟随深足在海口进行冬训。2011年3月，李毅加入深圳队教练团队，担任时任主教练特鲁西埃的助理教练，就此宣告自己的职业生涯正式结束。

1998年1月入选中国青年队。1998年12月-1999年11月在中国国奥队。

1999年2月，李毅跟随中国国奥队参加在越南举办的登喜路杯足球赛，最终在决赛中0-1负于韩国队，获得亚军。

落选韩日世界杯

2001年4月，李毅入选中国男足国家队备战2002韩日世界杯外围赛小组赛对阵马尔代夫和柬埔寨的集训大名单。5月6日，在中国队4-0击败柬埔寨的比赛中，李毅替补完成了成年国家队首秀。2002年4月15日，李毅落选了中国男足备战2002韩日世界杯新一届集训名单，当时中国队锋线上已有杨晨等球员，在联赛中状态很好的李毅没有能够打动时任主教练米卢。

2003东亚杯

2003年12月，李毅跟随中国队参加2003东亚杯赛事。12月4日，中国队首战0-2负于日本，李毅首发打满全场。12月7日，第二战对阵韩国，比赛第58分钟，李毅阻截韩国球员李乙容时犯规，恼怒的李乙容回身打了李毅一掌，致使李毅倒地。当值主裁判出示红牌将李乙容罚下。最终，中国队在多打1人的情况下，0-1负于韩国队。多年后，已退役多年的李乙容谈到当年击打李毅一事时透露，他因为这个犯规动作，支付了1000万韩元的罚款。比赛结束后，他找李毅进行了道歉，李毅笑了笑就离开了。最后一战对阵中国香港队，李毅没有出场比赛，最终中国队3-1获胜，以1胜2负的战绩结束了本届东亚杯赛事。

亚洲杯决赛罪人

2004年7月，在中国队6-0大胜黎巴嫩的热身赛中，李毅打进了国家队首粒进球。7月21日，2004年亚洲杯A组第二轮比赛，李毅打进了一球，帮助中国队5-0大胜印度尼西亚。7月25日，小组最后一轮对阵卡塔尔，李毅首发打满全场，帮助中国队1-0战胜对手，以小组第一晋级八强。之后，在1/4决赛和半决赛两场比赛中，李毅没有获得出场的机会。8月7日，中国队在决赛中面对日本队，李毅替补登场后错失了两次绝佳机会，最终中国队1-3不敌日本队，无缘夺冠。因为在决赛中的糟糕发挥，李毅在赛后成为了“全民公敌”，回到俱乐部后代表深圳队打客场比赛时，遭到了现场球迷的谩骂与攻击。

“换李毅”

2006年2月22日，中国队在广州天河体育中心迎来了与巴勒斯坦的世界杯亚洲区预选赛小组赛，在时任主教练朱广沪的安排下，李毅代表中国队首发出场。因为他此前长时间的不进球，在比赛尾声阶段，现场响起了铺天盖地的“换李毅”声，此呼声后不过5分钟，李毅在第81分钟被朱广沪换下。最终，中国队2-0击败了巴勒斯坦队。赛后，朱广沪谈到换下李毅的决定，表示自己并没有听到球迷的呼喊声，是因为身体方面的原因换下的李毅。对于现场球迷的呼声，李毅则表示：“以前是有些不习惯，时间长了，耳朵都磨出茧子了，也就没什么了。

2006年8月，李毅被中国队弃用，未能入选朱广沪执教的国家队备战2007亚洲杯集训名单。此后，李毅再没有为中国队出战过比赛。

2011年3月，李毅在深圳队开始了自己的执教生涯，担任时任主教练特鲁西埃的助理教练。2011赛季，李毅作为助理教练随深圳队降入中甲。2013年11月，在特鲁西埃三年合约到期离队后，李毅出任深足新任主教练。2014赛季，李毅率领深圳队获得中甲联赛第8名的成绩。2015年4月，在带队前四轮取得1负3平的战绩下，李毅被调离了深圳队主教练岗位，改任技术总监。对于这次突如其来的下课，李毅认为自己没有得到管理层最起码的尊重。

2019中超赛季中途，李毅加入河北华夏幸福，担任救主帅谢峰的助理教练。在球队前9轮只取得5分的情况下，李毅作为助理教练，帮助河北队最终提前三轮完成了赛季的保级。2020年7月21日，李毅宣布离开河北华夏幸福。

2020年7月22日，李毅出任中甲球队四川九牛新任主教练。10月11日晚，李毅在2020中甲联赛第一阶段第九轮比赛的赛后新闻发布会上，发表了不当言论（四川队在中甲比赛中补时阶段连丢2球被绝杀，主帅李毅在赛后新闻发布会上“调侃”球队的黄色球衣没有带来好运气），’伤害了四川球迷的感情，给俱乐部带来不良影响，俱乐部决定对李毅进行处罚，扣除李毅一个月工资并责令李毅即日起停职一周，认真学习并深刻领悟四川足球发展的辉煌历史以及黄色信仰的足球文化传承。2020年10月14日，中甲俱乐部四川九牛官方宣布，由于主教练李毅发表不当言论，伤害了四川球迷的感情，给俱乐部带来不良影响，俱乐部决定对李毅进行处罚。公告全文如下：

鉴于李毅在2020中甲联赛第一阶段第九轮比赛的赛后新闻发布会上，发表了不当言论（编者注：10月11日晚，四川队在中甲比赛中补时阶段连丢2球被绝杀，主帅李毅在赛后新闻发布会上“调侃”球队的黄色球衣没有带来好运气。），伤害了四川球迷的感情，给俱乐部带来不良影响，俱乐部决定对李毅进行处罚，扣除李毅一个月工资并责令李毅即日起停职一周，认真学习并深刻领悟四川足球发展的辉煌历史以及黄色信仰的足球文化传承。

2020中甲赛季前5轮，四川队3平2负进3球丢6球，网上针对李毅的执教水平骂声一片。一个赛季下来，李毅交出3胜8平4负进14球失17球的成绩，带领球队成功保级。2021年12月25日，李毅在与四川队合同到期后离任，过去的2021中甲赛季，他带领四川队中甲最终排名第八，足协杯打进8强。

2010赛季中途，李毅离开了陕西队，告别球场后的他在南非世界杯期间临时客串了一回解说员，被评价为：解说界踢球最好的。南非世界杯后，李毅受到在电视台工作的朋友邀请，又在深圳电视台担任了一段时间的西甲解说员。

李毅的妻子张丽丽是一名演员，与李毅同是蚌埠老乡。2007年，李毅与张丽丽在深圳补办了婚礼，当时女儿已有2岁多。

踢球之余，李毅是湖南卫视选秀节目《超级女声》的忠实观众，他喜欢2004届《超级女声》冠军张含韵。

“蚌埠回旋”：由于这一技巧由李毅首创，故使用其的家乡命名为“蚌埠回旋”。它是指在高速带球过程中用一只脚踩住球之后，360°转身并用另一只脚拉球，基本摆脱防守者，紧接着用左脚护住足球，右脚为轴，顺势再以一个360°转身彻底摆脱防守者。李毅曾在2004年与日本的亚洲杯决赛以及2009年4月12陕西在主场迎战上海申花的联赛中使用过。

李毅就是中国足球的缩影，当你满怀希望的时候他就哑火，当你冷眼相对的时候，他却爆发了。（深圳晚报评）

“天亮了”

在得知迟下课的消息后，正在进行训练的深圳队中当场响起了掌声，被外界视为“倒迟派”成员的李毅则赤裸裸地表示：“天亮了。”后来他解释到：其实他真的什么也没说，就是那句“天亮了”。他当时也是为了深圳足球，为了球队好，因为如果像那样的情况还耗下去的话，毁掉的将是深圳足球。还有媒体报道说过“我的护球像亨利”，其实从来都没有说过这样一句话，是那家报纸自己信口胡编的，但是就成了他的罪状。

吐槽球衣风波

2020年10月11日晚，李毅在2020中甲联赛第一阶段第九轮比赛的赛后新闻发布会上，发表了不当言论（四川队在中甲比赛中补时阶段连丢2球被绝杀，主帅李毅在赛后新闻发布会上“调侃”球队的黄色球衣没有带来好运气），’伤害了四川球迷的感情，给俱乐部带来不良影响，俱乐部决定对李毅进行处罚，扣除李毅一个月工资并责令李毅即日起停职一周，认真学习并深刻领悟四川足球发展的辉煌历史以及黄色信仰的足球文化传承。2020年10月14日，中甲俱乐部四川九牛官方宣布，由于主教练李毅发表不当言论，伤害了四川球迷的感情，给俱乐部带来不良影响，俱乐部决定对李毅进行处罚。公告全文如下：

鉴于李毅在2020中甲联赛第一阶段第九轮比赛的赛后新闻发布会上，发表了不当言论（编者注：10月11日晚，四川队在中甲比赛中补时阶段连丢2球被绝杀，主帅李毅在赛后新闻发布会上“调侃”球队的黄色球衣没有带来好运气。），伤害了四川球迷的感情，给俱乐部带来不良影响，俱乐部决定对李毅进行处罚，扣除李毅一个月工资并责令李毅即日起停职一周，认真学习并深刻领悟四川足球发展的辉煌历史以及黄色信仰的足球文化传承。

李毅吧

李毅吧创建于2004年，最初只是一个普通的球迷社区，吧友们在此交流足球明星李毅的情况。之后，因为李毅在球场内外产生的各种争议事端，李毅吧吸引了越来越多的网络用户，在发展壮大之后，交流内容上扩大为对于社会热点事件的关注与讨论，“李毅吧”从此成为了“帝吧”。帝吧吧友们以“屌丝”自居，口号为“帝吧出征，寸草不生”，在中国互联网历史上参与过多起的“爆吧”和“圣战”行为。对于李毅本人而言，虽然这个贴吧在过往很长一段时间里以抹黑他为主，但他也凭借李毅吧延续了人气，很难分辨这个贴吧给他带来的欢乐和创伤究竟哪个更多。