然而，至今可见的多种历史文献记载李涞为应天巡抚时因迫害正直为官的苏州知府石昆玉为推官袁可立所劾罢归。万历十九年，苏州知府石昆玉按治豪横触怒当朝首辅申时行，应天巡抚李涞迎合申时行之意寻端加罪构陷知府，推官袁可立犯颜雪其冤，李涞因此谢事归，袁可立以治行优异擢山西道监察御史，并成为明清两代近二百位苏州府推官中唯一被列入苏州府名宦祠祭祀的一位推官。涞与苏州籍宰辅申时行、王锡爵等苏州大宦交甚厚，江南史志及其乡人讳忌此事者殊多，书袁可立和石昆玉事者也多不直书李涞名讳。

被乾隆称为一代完人的黄道周在为袁可立所做的《节寰袁公传》中记载道：“又公（袁可立）为苏理时，郡守石昆玉以廉直忤中丞（李涞）。中丞露章劾之。事下四郡。四郡推公秉笔。公伸牍尽雪其冤。同列为缩项。公曰：‘吾自任之！吾奈何以上台故诬贤太守’？谳成，对中丞诵之，其声琅琅。中丞愧甚，举屏自障。公读法声益厉，中丞遂自劾去。”又见董其昌《容台集·石居士诗选序》明确记载道：“石居士诗选者，今大中丞楚阳石公作也。古不有开府，诗乎曷称居士？盖海内之知石居士久矣！公始为二千石守长，以强直失当途欢。中丞台（李涞）以乘墉而攻，无弗胜者。竟夺于，清议咋舌，（李涞）自免去。”（董其昌《容台集·石居士诗选序》）

汤显祖《寄石楚阳（石昆玉）苏州》称：“初某公（李涞）以吴宪拜中丞治吴，而明公（石昆玉）亦以吴漕使守吴。南都人皆疑之，弟（石昆玉）稍为不然。或二相（申时行、王锡爵）亦欲得高品抚牧其乡耳，公之品乃今无疑者矣。”

种种痕迹显示，首辅申时行因为庇护自己的家人申炳已经参与导演了这场轰动朝野的李涞迫害石昆玉事件，或是怨恨知府石昆玉秉公执法不留情面动了申时行宰辅家乡的奶酪，而这小小的推官袁可立昭雪此案可谓是在太岁头上动土，大智大勇不畏强权不是一般胆智。如下资料可窥见申时行干预和主谋该案痕迹斑斑。

“万历十九年（1591）五月戊寅,命御史陈唯芝勘应天巡抚李涞所参苏州知府石昆玉擅动吴县库银,事完方许交代。”（《大明神宗显皇帝实录》卷之二百三十六）

“万历十九年（1591）六月甲辰，大学士申时行辩南道李用中之揭言：‘臣不必辩者二，与臣无干者二。吏科杨文举资序自该掌印，臣何能私臣家人申炳？但给使令何能受贿鬻官？若抚臣李涞之参石昆玉以钱粮，而臣之行勘昆玉正以显明其心迹。吴县令周应鳌、抚院荐草具在，自应拟铨以被论调南，何与臣事？乞求放归，优诏答之。”（《大明神宗显皇帝实录》卷之二百三十七）

石昆玉被李涞署名发难立案一个月后，越查越没有问题，公论已经看不过去，朝野汹汹，南道御史李用中公开指责首辅申时行和巡抚李涞相互串通蓄意勾陷知府石昆玉，申时行也赶紧上疏自辩，说查处石昆玉有吴县县令周应鳌和应天巡抚李涞的揭发材料，我不过是秉公执法而已，并扬言说如果再有人这样胡说八道我这个总理就没法干了，干脆撤我的职算了，最后还是皇帝有大局意识，对首辅申时行进行了一番礼节上的安慰。

李涞为应天巡抚在石昆玉问题上大节有亏，是首辅申时行在苏州的利益代言人，有多种明确史料记载其制造了知府石昆玉冤案，为天下清议所不齿，早年弹劾张居正的建言余声为之挥霍败坏殆尽。石昆玉冤案被小推官袁可立昭雪后，李涞自劾去职。历史上苏州是个出过不少清官的地方，明清两代在此为官的督抚侍郎级官员有五十多名都入了苏州府名宦祠为官民祭祀，石昆玉、袁可立在苏州府名宦祠中是与况钟、海瑞、于成龙齐名的清官大吏，唯独找不到李涞的名字。他归隐后，潜心学问，做了很多为自己正名的事情，用心编写地方志，门人济济，也算老有所成。

李涞的理学由薛暄入门，而上溯朱熹，所谓近里着已，不影附宗门者。与李涞同时的明代理学家、吉安人邹元标说：“雩都县稍前有何廷仁、黄弘纲两位先生，为王阳明的高足弟子。晚年，刊刻薛暄的《读书录》和何廷仁、黄弘纲二人的文集，以训迪后学为已任。死后，既列祀郡、邑乡贤，继又奉配享濂溪、阳明二先生祠，门人又专祠邑中，置祭田，春秋举释菜礼不绝。

尽管李涞在苏州为官时留下劣迹，但归里雩邑后潜心学问，为自己进行了正名，雩之后学建祠纪念他。旧县城内十字街奎文馆，建有李养愚祠，祀李涞。

因李涞在苏州为宦因迫害石昆玉有明显劣迹，死后未有一处地方将其列入名宦祠。明清两代被列入苏州府名宦祠的督抚侍郎级人物多达五十名以上，但李涞是被排除在外的。而被李涞迫害的苏州知府石昆玉和为其平反昭雪的推官袁可立都在苏州府名宦之列，尤其是袁可立是明清两代近二百位苏州府推官中唯一被列入苏州府名宦祠的一位推官，成为和范仲淹、狄仁杰、况钟、海瑞、于成龙、林则徐等并列的清官廉吏。

万历二十二年，也就是被劾回籍后的第三年，李涞主持修《雩都县志》。后同乡举人易学实多方搜集其著述，编成《李中丞文集》。涞著有《中丞文集》二卷，《四库总目》评大抵皆应俗之作。