二年(1645)，清军豫亲王多铎部攻占南京，他随左梦庚投降清廷，清军命他巡抚江南安庆府。当时，南明唐王政权建立，许多小股明军还在依靠山寨抗击清军。他采取了征剿和招抚的两种策略，平定了许多山寨。

顺治三年（1646）正月，他向皇帝上疏，陈说太湖、潜山两县因10年战乱，民逃地荒，虽已减半征收田赋，但百姓仍难以缴纳规定数额，请予以减免。清廷准允。次年，他被改授天津巡按。当时的三河、西淀县有人自称为明熹宗之后，制造了旗帜印信，聚集武装力量抗击清军，攻占州府县城。巡抚罗国士向清廷奏说他堵剿不力，要加罪处治。清廷下旨命犹龙停俸督剿。时有几个县的多股武装力量同时进攻，使他无法应付，便以招抚谈判为名，与这些头领相聚宴。此事被朝廷侦知，认为他是通敌，即行撤职。后因无证据，没有加罪，闲住京城。