2004年9月，担任吉林农业大学教授、博士生导师。

2005年，被聘为俄罗斯农业科学院外籍院士。

2009年，当选为中国工程院院士（农业学部）。

2010年，被聘为中国科学院东北地理与农业生态研究所特聘研究员、博士生导师。

2022年2月，成为火炬手，参与2022年北京冬奥会火炬接力。

据2022年6月中国工程院官网显示，李玉建成了位居中国国内前列水平的菌类种质资源库，其中仅黏菌就报道了400余种，发表新种55个，此前尚无中国人命名的新种；在食用菌领域筛选培育出60个品种，6个通过国审；创新改进了全日光栽培黑木耳等8项关键技术，改变了传统栽培模式；累计推广50多亿袋（菌包），创造直接经济效益近60亿元。

据2022年6月中国工程院官网显示，李玉先后获国家自然科学二等奖1项、科技进步一等奖1项、吉林省科技进步一等奖3项；获得专利17项。

据2022年6月中国工程院官网显示，李玉在学术刊物上发表论文655篇，其中110篇被“SCI”收录或引用，出版著作25部。

据2022年6月吉林农业大学官网显示，李玉作为大会主席主持召开了国际和海峡两岸学术会议6次。

据2022年6月吉林农业大学官网显示，李玉先后主持并带领团队完成菌类科技与工程研究项目如国家科技部、农业部、“973”、 “863”、“948”以及国家自然科学基金国际合作重点及面上项目等国家和省部级项目50余项。

据2022年6月吉林农业大学植物保护学院官网显示，李玉培养了菌物学领域的硕士研究生100余名，博士研究生40余名，博士后40余名。

据2022年6月吉林农业大学植物保护学院官网显示，李玉创建了食用菌专科专业和应用生物科学（食药用菌方向）本科专业；2019年，李玉推动菌物科学与工程专业正式列入国家普通高等学校本科专业目录，成为中国首个菌物类本科专业。

据2022年6月吉林农业大学植物保护学院官网显示，李玉建立了“食药用菌教育部工程研究中心”、“吉林省食用菌创新中心”、“中俄菌物资源保育中心”、“中国白俄罗斯菌物资源保育中心”，建成相关的博士点和博士后流动站并成为省部级重点学科、国家重点实验室（培育基地），建设了21个产业化示范基地。

2005年，李玉的“高等农业院校产学研合作教育研究与实践”获国家级教学成果二等奖。

李玉在菌类资源发掘、保育及其工程化和产业化方面取得了突出成果，为中国生态菌业发展做出了重要贡献。（中国科学院东北地理与农业生态研究所评）

李玉院士是中国食药用菌领域唯一的中国工程院院士，多年来，他始终心系农民，不忘初心，砥砺前行在科教兴农、产业扶贫的路上。（《吉林日报》评）

李玉为推动中国食用菌产业及菌物学科的快速发展作出贡献。（中国网评）

2010年，李玉与浙江省庆元县签约，建立了“院士企业工作站”，他将政府奖励他个人的480万元无偿捐出，设立“李玉院士科技奖金”，用于奖励为庆元食用菌作出贡献的科技专家。