636年（贞观十年）正月，改封齐王，拜为都督齐、青、莱、密等五州诸军事、齐州刺史。

638年（贞观十二年），因为生病滞留长安，一直到641年（贞观十五年），才前往齐州封地。

李祐在京养病时，他的舅舅阴弘智以太宗多子为由，劝他招募壮士以自卫，并推荐自己妻子的哥哥燕弘信谒见李祐，李祐热情的接待他，并赐给他许多金钱布帛，让他招募死士。

李祐喜好游猎，结交奸邪之人。太宗认为长史薛大鼎对其管教无方，而将其免职。权万纪曾经是吴王李恪的长史，为人正直，被唐太宗任命为李祐的长史。权万纪看见李祐不守法度，多次犯颜劝谏。当时，昝君谟、梁猛彪因为善骑射而被李祐宠信。权万纪多次斥退此二人，李祐又立即将之召回，更加宠信。

唐太宗担心李祐不思悔改，多次写信责备他。权万纪担心一并获罪，就对李祐说：“大王是皇帝的爱子。陛下希望大王悔改，所以训诫教导。如果大王能约束自己承认错误，请让我入朝为大王请说。”李祐于是附表谢罪。权万纪入朝，表示李祐一定会悔改。唐太宗这才消除了怒意，并赏赐了权万纪以致谢，但是仍然以李祐以前的过错，下诏书责备他。李祐听说权万纪得到了赏赐但是自己却受到责备，以为权万纪出卖自己，心中愤愤不平，大怒道：“长史出卖我！劝我却自以此为功劳，我一定会杀了他。”皇帝以校尉京兆韦文振谨慎正直，任命其为李祐王府典军，韦文振多次谏言，李祐也很讨厌他。

然而权万纪天生心地狭隘，对李祐管教越发严厉，并放逐昝君谟、梁猛彪二人。李祐和昝君谟因此怀恨在心，阴谋杀死权万纪。事情败露后，权万纪将昝君谟等人收押入狱，并上报朝廷。唐太宗于是命令刑部尚书刘德威前往齐州处理。刘德威经查明属实，要求齐王与权万纪返京说明。

权万纪奉召先行，李祐非常恐惧，于是派燕弘亮等率20骑射杀权万纪，并将其肢解。事已至此，昝君谟等劝他起兵谋反。

于是643年（贞观十七年）三月，李祐征发城中十五岁以上的男子，私自任命自己的左右为上柱国、开府仪同三司等官职，开府库以行赏，并驱赶百姓入城为兵，布置官署，并封亲信为拓西王、拓东王等。唐太宗于是诏兵部尚书李勣发怀、洛、汴、宋、潞、滑、济、郓、海九州府兵，与刘德威讨伐平叛。

李祐每日与燕弘亮等五人和他的王妃们一同宴乐，以为得志。嬉笑之间，说到朝廷征讨的官军，燕弘亮说：“不用担心，我们右手端酒喝，左手为大王用刀砍杀。”李祐宠信燕弘亮，听到此言十分高兴。唐太宗亲手写诏书责备李祐：“我曾经告诫你不要亲近小人，就是因为这个原因。你素来性情乖戾缺少德行，被谄媚的言论所蛊惑，终于招致祸端自取覆灭。痛心啊，真是愚蠢到极致。你变成枭獍一样的人，忘记忠孝，扰乱齐州，死有余辜。不能做维护国家的人，反而如堆积的薪柴一样危险；破坏了盘石一样的血缘亲近，成为寻衅滋事的因子。你违背礼和义，为天地所不容；抛弃父兄背叛君主，为人神所共怒。你以前是我的儿子，今天是国家的仇人。权万纪存为忠烈，虽然死了，也不妨碍他成就大义；你生是贼臣，死是逆鬼。过往没有听说你有何好的名声，现在也只有无穷的劣迹。我听说郑叔、西汉戾太子都做过猖獗的事情，哪有父亲期望生出你这样的儿子？我因此上惭皇天，下愧后土，叹惋之致，不知道还能说什么。”太宗写完，为之流泪。

当时李勣等人率兵尚未到达齐州，而青、淄等数州的士兵已经不听从李祐的命令；李祐又将檄文传达到诸县，各县也不跟从。有人劝李祐虏走城中的民众入豆子冈（在今山东惠民）为盗匪，此事尚未确定之时，齐州兵曹杜行敏计划抓捕李祐，兵士大多愿意跟从他。三月三十日夜，杜行敏乃凿通围墙而入，李祐与燕弘亮等五人身着铠甲手拿弓箭，躲到室内以期抵抗。杜行敏布列兵士将其包围，从黎明对峙到中午，不能将李祐拿下，于是对他说：“你过去是皇帝的儿子，今天是国家的贼子。杜行敏为国讨伐贼子，没有多想，大王如果不速速投降，当会被烧死。”于是，杜行敏命人把堆积薪草打算点火，李祐隔着窗户说：“非是我不愿开门，而是担心燕弘亮兄弟二人的性命。”杜行敏回答：“我保证不伤害他们。”李祐等人于是才出来。

这时，有人抓住燕弘亮，挖出他的眼睛扔到地上，并用鞭打断他的大腿将他杀死。杜行敏抓住李祐，将其示众之后，关押在东边的厢房，齐州之乱于是平息。李祐被押送至长安，同党四十余人一并被诛杀，其余人等既往不咎。

643年（贞观十七年）四月六日，李祐以“谋反罪”被贬为庶人，赐死于长安太极宫内省，同年十月十五日以国公之礼安葬于长安高阳原。无子， 国除。其墓志今已出土，墓葬难考，恐已盗掘。

朝廷授杜行敏为巴州刺史，封南阳郡公，一起谋划抓住李祐的人也皆有赏赐，齐州平陵县（治今山东历城东平陵城）改名为全节县。

然而，历史的玩笑在于，李祐谋反直至被擒赐死，虽然失败，同时也间接导致太子李承乾谋反计划被发现。

《旧唐书.太宗诸子》《新唐书.太宗子》《资治通鉴 卷一百九十二、卷一百九十四、卷一百九十六》《全唐文 卷六 荆王元景等子孙代袭刺史诏》《全唐书 卷七 责齐王祐诏》有记载。

唐太宗

阴妃

京兆韦氏，太常卿、扶风郡开国男韦挺长女

《旧唐书.太宗诸子列传》：

子弟作籓，磐石维城。骄侈取败，身无令名。冲、撰愤发，视死如生。承乾、齐祐，愚弟庸兄。

唐太宗李世民：“汝素乖诚德，重惑邪言，自延伊祸，以取覆灭，痛哉何愚之甚也！为枭为獍，忘孝忘忠，扰乱齐郊，诛夷无罪。去维城之固，就积薪之危；坏盘石之基，为寻戈之衅。背礼违义，天地所不容；弃父无君，神人所共怒。往是吾子，今为国雠。”

《大唐国公礼葬故祐墓志铭》：

公讳祐，字为辅，陇西成纪人。

今上之第四子也。结灵根于弱木，沠重润于天潢。符采自然，神机独悟。被徽章于绮日，启土宇于髫年。初封宜阳郡王，食邑四千户。贞观之始，天睠弥隆。进封燕王，拜同州刺史。俄迁幽州都督、幽易等六州诸军事、幽州刺史。前后所授，竟不之藩。入侍丹墀，出游朱邸。绿车暂动，则麾旆成荫；玳筵才迾，而笙歌继响。暨我国家斯酌前王，创建侯之令典；分裂膏壤，垂世及之弘规。作镇东秦，匪亲莫可。于是改封齐王，拜齐州都督、齐青等五州诸军事、齐州刺史。四履之迹，庶吞若于前贤；六条之美，方贻厥于长世。岂期溺变诈之俗，争心俄逞；惑谗邪之口，弄兵成衅。以贞观十七年四月六日暴终于内侍省，春秋（空白）。皇帝听朝，不怡怆甸；人之遂往，下流轸念。顾思子而兴怀，因命所司，葬以公礼。即以其年十月丁未朔十五日辛酉安厝于高阳原。乃为铭曰：

天汉疏源，紫震流庆；地惟帝子，享兹嘉命。宠秩斯隆，徽章式映，剖符攸属，维城在咏。既荒幽蓟，奄有河济。朱绂斯煌，彤扉洞启。方期善乐，终骞置醴。数属祅氛，衅成藩邸。甸师遂往，江陵不归。泉扃永夕，庭露沾衣。皇情轸悼，崇兹等威。舟移谷徙，无泯玄扉。